genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  272  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78504363--78504440	38	2.0	39	97	2	149	50	14	12	23	1.77
78512767--78512799	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
78513023--78513062	11	3.6	11	82	0	53	57	2	15	25	1.50
78517817--78517853	18	2.1	18	94	0	65	32	24	29	13	1.93
78521483--78521517	13	2.7	13	90	0	61	31	28	34	5	1.81
78521403--78521590	99	1.9	99	91	0	304	27	19	28	23	1.99
78537837--78538021	40	4.7	40	82	6	207	25	27	22	24	2.00
78537837--78538021	79	2.3	80	79	8	189	25	27	22	24	2.00
78539909--78540054	40	3.7	38	76	8	123	26	27	22	23	1.99
78539947--78540056	40	2.7	40	84	1	130	25	27	22	24	2.00
78549135--78549319	40	4.7	40	84	6	216	25	27	22	24	2.00
78549135--78549319	79	2.3	80	80	8	198	25	27	22	24	2.00
78558456--78558584	46	2.8	46	86	1	177	21	22	24	31	1.99
78577995--78578171	40	4.4	40	94	2	304	24	30	23	22	1.99
78583310--78583399	5	17.8	5	78	17	73	17	4	1	76	1.01
78583311--78583399	25	3.5	25	79	15	94	17	4	1	76	1.02
78583310--78583379	31	2.3	30	85	9	88	17	4	0	78	0.90
78592846--78592878	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
78599013--78599275	48	5.5	45	72	15	140	28	18	30	22	1.97
78599050--78599335	48	5.9	48	73	10	224	27	19	30	22	1.98
78599010--78599225	94	2.3	94	82	9	244	28	18	29	22	1.98
78605232--78605357	40	3.2	40	86	0	171	34	16	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78609236--78609317	41	2.0	41	88	4	121	31	15	23	29	1.95
78610760--78610791	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78611557--78611601	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
78616572--78616696	39	3.3	38	80	6	130	23	28	25	23	2.00
78616595--78616693	37	2.6	39	85	7	132	19	28	27	25	1.98
78624607--78624736	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
78627743--78627907	39	4.2	39	78	9	158	23	27	24	24	2.00
78627743--78627867	40	3.2	39	84	7	137	21	28	26	23	1.99
78635589--78635718	40	3.3	39	79	4	145	23	26	25	24	2.00
78640468--78640558	45	2.0	45	100	0	182	24	19	19	36	1.95
78642301--78642476	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.99
78642298--78642469	93	1.8	93	92	0	290	22	22	28	27	1.99
78645058--78645175	59	2.0	59	98	0	227	38	22	2	36	1.68
78646344--78646397	23	2.3	24	81	12	67	50	0	3	46	1.19
78650359--78650401	19	2.3	18	84	4	50	46	6	11	34	1.67
78652069--78652115	24	1.9	25	86	4	69	55	4	4	36	1.39
78652438--78652480	1	43.0	1	85	0	59	93	6	0	0	0.37
78653198--78653238	21	2.0	21	85	9	57	53	12	2	31	1.51
78653264--78653306	10	4.3	10	84	0	59	65	11	0	23	1.25
78654041--78654085	18	2.4	18	85	10	56	22	0	8	68	1.16
78654756--78654780	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
78666108--78666345	49	4.8	49	80	4	262	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78666125--78666352	100	2.3	98	84	4	296	29	26	18	25	1.98
78671563--78671793	49	4.7	50	83	5	290	29	26	18	25	1.98
78671563--78671793	100	2.3	98	86	5	322	29	26	18	25	1.98
78675302--78675337	2	17.5	2	94	5	63	47	0	2	50	1.15
78678510--78678579	35	2.0	35	97	0	131	32	5	28	32	1.81
78694830--78695031	39	5.2	39	92	3	169	20	24	30	24	1.98
78694885--78695057	39	4.4	39	95	0	310	19	25	31	24	1.98
78700917--78700946	15	2.0	15	100	0	60	20	26	26	26	1.99
78711202--78711266	25	2.5	26	75	12	71	69	3	9	18	1.29
78712821--78712943	44	2.8	44	81	0	138	30	13	19	35	1.91
78713030--78713429	45	8.8	45	71	11	269	28	23	18	29	1.98
78712950--78713384	188	2.3	185	79	5	430	28	21	19	30	1.97
78713251--78713423	89	1.9	89	85	0	238	25	24	19	30	1.98
78713206--78713428	44	5.0	44	76	2	194	27	23	19	29	1.98
78719725--78719761	18	2.1	18	94	0	65	40	8	21	29	1.82
78734188--78734268	3	27.0	3	85	5	101	62	4	1	30	1.24
78734314--78734374	23	2.5	26	72	20	69	77	1	6	14	1.05
78735691--78735736	21	2.1	23	88	8	69	19	2	28	50	1.60
78742145--78742376	76	3.1	74	78	9	225	29	19	23	28	1.98
78742178--78742431	76	3.3	76	79	3	260	29	20	23	27	1.98
78759429--78759641	76	2.8	76	81	1	257	28	19	25	26	1.99
78759753--78759778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78762344--78762413	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
78762344--78762425	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
78768692--78768730	17	2.3	17	86	0	51	46	10	0	43	1.37
78772126--78772164	20	1.9	21	85	15	55	56	12	2	28	1.50
78790493--78790560	33	2.1	33	100	0	136	33	36	2	26	1.72
78794344--78794571	40	5.7	40	87	4	282	23	28	24	23	2.00
78802426--78802678	40	6.5	40	83	6	261	23	28	24	23	2.00
78802459--78802678	78	2.8	77	82	6	241	24	28	24	23	1.99
78807028--78807062	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78807241--78807271	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
78807513--78807559	24	2.0	24	91	0	76	36	0	2	61	1.08
78807592--78807659	26	2.5	26	78	17	68	33	5	4	55	1.44
78811057--78811089	11	3.1	11	91	4	50	63	0	0	36	0.95
78811830--78811914	39	2.2	39	79	8	93	42	1	1	55	1.15
78811828--78811914	38	2.2	40	80	9	99	42	1	1	55	1.15
78815356--78815393	20	1.9	20	89	10	60	13	10	7	68	1.39
78816924--78816992	30	2.3	31	94	2	122	11	20	44	23	1.83
78835469--78835699	48	4.8	48	83	2	293	24	29	19	27	1.98
78835469--78835699	96	2.4	97	92	1	383	24	29	19	27	1.98
78840678--78840885	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
78840679--78840885	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
78848837--78849044	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78848838--78849044	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
78853604--78853670	31	2.1	31	86	8	89	25	23	19	31	1.98
78855424--78855688	27	9.8	27	90	0	359	28	23	8	39	1.84
78855386--78855635	81	3.1	81	86	0	203	30	22	9	37	1.86
78855324--78855890	27	20.9	27	80	7	170	35	20	8	34	1.84
78855640--78855832	81	2.4	80	79	8	219	40	21	7	30	1.81
78855949--78856041	27	3.4	27	85	2	116	35	19	24	20	1.96
78857288--78857344	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
78857286--78857348	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
78857403--78857569	24	7.0	23	86	6	219	29	23	21	25	1.99
78857403--78857569	47	3.5	47	86	4	221	29	23	21	25	1.99
78857403--78857554	71	2.1	71	92	1	250	29	23	21	25	1.99
78861561--78861630	28	2.5	28	90	4	106	27	15	27	30	1.96
78864528--78864908	48	7.9	48	80	2	406	26	26	17	29	1.97
78864528--78864904	96	3.9	96	90	1	540	25	26	17	29	1.97
78871524--78871707	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78871564--78871746	80	2.3	81	78	4	183	23	24	29	22	1.99
78878832--78879015	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78878872--78879060	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78884289--78884433	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
78884290--78884478	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78889881--78889919	17	2.3	17	90	0	60	20	10	12	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78892687--78892905	40	5.5	40	93	1	359	25	28	23	22	2.00
78901070--78901107	6	6.3	6	84	9	51	23	0	0	76	0.79
78901074--78901145	17	3.9	17	71	18	63	23	5	0	70	1.08
78910003--78910036	15	2.3	15	95	5	61	76	0	23	0	0.79
78910793--78910903	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
78918859--78918911	18	3.0	18	86	2	72	18	28	37	15	1.91
78919352--78919465	41	3.0	39	80	9	105	31	18	21	28	1.97
78921633--78921693	30	2.0	30	96	0	113	31	24	8	36	1.85
78926840--78926882	22	2.0	22	85	0	59	58	6	4	30	1.45
78927134--78927183	24	2.2	24	85	7	68	60	6	10	24	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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