genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.378.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  378  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109955713--109955812	49	2.0	49	100	0	200	51	4	4	41	1.39
109957585--109957633	18	2.6	18	78	18	55	63	0	4	32	1.13
109962011--109962039	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
109963363--109963419	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
109963782--109963868	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
109968088--109968121	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
109971653--109971734	27	2.9	29	71	14	71	28	3	3	64	1.27
109974839--109975018	95	1.9	95	89	0	279	25	18	8	46	1.78
109980201--109980255	3	18.3	3	96	0	101	32	0	1	65	1.03
109980360--109980389	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
109990434--109990803	130	2.8	133	76	8	355	35	16	17	30	1.92
109991679--109991720	21	1.9	21	90	9	66	64	14	4	16	1.45
109993963--109994010	24	2.0	25	87	4	71	79	0	18	2	0.84
109997478--109997554	39	2.0	39	92	0	127	29	2	12	54	1.52
110005650--110005702	15	3.5	15	89	0	88	33	0	13	52	1.40
110006099--110006139	21	2.0	21	100	0	82	17	29	24	29	1.97
110006078--110006162	21	4.0	21	79	3	71	15	22	25	36	1.93
110012483--110012619	71	1.9	71	86	0	193	27	14	13	45	1.82
110013731--110013767	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
110013819--110013851	9	3.7	9	84	15	50	42	24	9	24	1.83
110020250--110020285	16	2.2	17	95	5	65	58	0	8	33	1.28
110022997--110023023	9	3.0	9	100	0	54	77	0	11	11	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110024169--110024245	21	3.6	21	67	18	59	53	9	18	19	1.71
110024177--110024245	21	3.2	21	66	18	61	50	10	18	20	1.75
110024170--110024255	43	2.0	43	100	0	172	53	9	18	18	1.70
110024613--110024655	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
110024616--110024659	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
110027103--110027130	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
110027200--110027228	14	2.1	14	100	0	58	75	0	24	0	0.80
110028941--110028978	20	2.0	19	90	10	60	50	15	28	5	1.66
110037408--110037571	42	3.7	42	80	8	168	29	26	14	29	1.95
110037478--110037614	49	2.8	49	89	4	190	29	26	14	29	1.95
110037636--110037696	31	2.0	31	86	0	86	29	27	16	26	1.97
110037712--110037874	50	3.2	50	92	0	281	25	22	14	36	1.93
110038936--110038988	18	3.1	18	94	5	92	37	13	3	45	1.61
110042001--110042029	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
110043096--110043218	41	2.9	43	83	8	144	22	18	26	31	1.97
110044927--110044953	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
110046997--110047052	22	2.5	23	83	11	73	66	3	10	19	1.37
110046997--110047072	23	3.5	22	77	13	70	67	3	7	21	1.33
110056696--110056871	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
110056693--110056864	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
110062187--110062362	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
110062184--110062355	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110066292--110066326	18	1.9	18	94	0	61	74	0	25	0	0.82
110068404--110068537	46	2.9	46	92	0	214	39	14	23	22	1.91
110068419--110068594	46	3.7	47	85	7	207	42	14	22	20	1.89
110073462--110073576	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
110073487--110073576	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
110073682--110073746	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
110073992--110074024	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
110080515--110080653	68	2.0	68	94	0	242	47	2	8	41	1.46
110085200--110085261	31	2.0	31	87	0	88	37	0	4	58	1.20
110087274--110087497	46	4.9	46	94	0	360	39	14	24	21	1.91
110088686--110088714	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
110089709--110089879	45	4.0	43	79	13	174	24	16	28	30	1.97
110096270--110096379	41	2.7	40	69	9	98	21	20	26	31	1.98
110099259--110099309	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
110100576--110100607	16	1.9	17	93	6	57	15	0	0	84	0.63
110113948--110113992	21	2.1	21	83	0	54	22	28	26	22	1.99
110115283--110115337	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
110115769--110115803	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
110115740--110115841	51	2.0	50	96	1	186	24	3	7	63	1.38
110118239--110118289	25	2.0	25	84	0	66	23	25	15	35	1.94
110118292--110118334	22	2.0	22	90	9	70	16	18	18	46	1.84
110119417--110119453	19	1.9	19	88	0	56	64	5	2	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110120005--110120092	43	2.0	43	97	0	167	47	12	12	27	1.77
110129665--110130182	125	4.1	126	88	2	673	28	15	17	38	1.90
110131046--110131112	30	2.3	31	84	7	86	38	0	5	55	1.25
110132652--110132724	24	2.9	25	69	17	62	52	1	4	42	1.29
110134089--110134118	15	2.1	15	93	6	53	33	20	0	46	1.51
110134396--110134436	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
110134845--110134905	26	2.3	26	82	0	68	18	21	29	31	1.96
110135705--110135788	42	2.0	41	86	2	114	14	22	26	36	1.92
110137858--110138016	42	3.7	43	76	7	153	28	26	18	26	1.98
110140391--110140426	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
110159195--110159238	22	1.9	24	86	9	65	22	20	0	56	1.42
110171676--110171721	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
110181200--110181261	30	2.1	30	90	0	97	27	3	11	58	1.48
110181367--110181412	22	2.0	24	83	8	60	60	0	4	34	1.16
110182564--110182595	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
110184863--110184902	21	1.9	21	89	0	62	40	5	0	55	1.22
110184959--110184999	18	2.4	17	87	4	55	19	2	4	73	1.13
110184956--110184999	17	2.4	19	82	17	58	20	2	6	70	1.21
110185188--110185247	31	1.9	31	93	6	104	35	10	10	45	1.71
110185967--110186019	22	2.4	21	84	9	70	73	18	1	5	1.12
110185985--110186045	26	2.4	26	91	2	97	70	22	3	3	1.17
110188580--110188615	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110192497--110192633	65	2.1	65	95	1	247	32	23	23	21	1.98
110195511--110195703	72	2.6	72	81	7	228	25	14	24	35	1.94
110195721--110196798	80	12.9	84	75	15	694	26	18	20	34	1.96
110195726--110196298	90	6.7	86	78	13	553	26	17	21	34	1.96
110196048--110197026	76	12.2	75	68	20	470	28	18	19	33	1.95
110196200--110196226	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
110196201--110196234	14	2.4	14	90	0	50	17	17	8	55	1.66
110196214--110197159	156	5.9	155	74	14	695	28	18	18	34	1.95
110196519--110196553	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
110196443--110196796	91	4.0	88	80	9	418	28	17	16	37	1.91
110196444--110197159	88	8.6	83	75	12	470	29	17	17	35	1.93
110196387--110197159	167	4.7	166	78	11	696	28	17	18	35	1.94
110195956--110197079	492	2.3	480	84	5	1413	28	18	19	33	1.95
110196707--110197370	88	8.2	77	72	16	406	28	16	18	36	1.93
110196533--110197159	317	1.9	320	85	6	861	29	17	17	36	1.93
110196707--110197161	79	5.8	76	76	12	350	29	16	18	36	1.93
110197011--110197046	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
110197141--110197202	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
110196780--110197370	254	2.4	247	85	5	766	27	16	18	37	1.92
110198025--110198075	22	2.3	22	93	0	84	76	19	0	3	0.94
110198025--110198089	26	2.7	26	86	13	86	70	24	1	3	1.10
110198037--110198100	26	2.4	27	82	10	87	70	26	1	1	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110198853--110198953	37	2.6	36	75	20	89	32	3	4	58	1.38
110203232--110203294	27	2.3	29	81	13	71	66	4	0	28	1.12
110204948--110204974	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
110205195--110205294	48	2.0	51	86	9	145	52	10	7	31	1.62
110210181--110210205	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
110212944--110213000	24	2.5	22	81	13	62	21	5	3	70	1.22
110214426--110214487	21	2.8	23	78	7	83	41	24	19	14	1.88
110223709--110223879	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
110223712--110223875	35	4.5	35	83	10	170	32	10	23	32	1.90
110225078--110225107	10	3.0	10	90	0	51	26	60	13	0	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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