genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16885465--16885581	58	2.0	58	98	0	225	18	13	23	44	1.85
16888844--16888885	9	4.7	9	85	8	50	78	2	19	0	0.86
16888844--16888885	14	3.2	13	80	16	50	78	2	19	0	0.86
16888847--16888885	13	2.9	14	85	14	55	79	2	17	0	0.84
16888894--16888920	6	4.5	6	100	0	54	14	0	70	14	1.17
16891946--16891973	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16915847--16915920	29	2.5	29	86	4	94	48	12	16	22	1.79
16918445--16918482	6	6.5	6	93	3	60	50	36	0	13	1.42
16920147--16920190	20	2.2	20	80	4	54	77	0	15	6	0.97
16925866--16925958	28	3.3	27	74	12	89	48	19	15	17	1.81
16928162--16928253	44	2.0	46	89	4	143	39	0	7	53	1.30
16937889--16937930	21	2.0	21	86	4	59	38	30	2	28	1.70
16939068--16939117	21	2.5	20	81	9	59	24	0	4	72	1.02
16939064--16939133	28	2.3	31	83	14	83	30	0	4	65	1.11
16940337--16940407	22	3.1	22	71	18	65	53	0	5	40	1.24
16942794--16942840	23	2.0	24	87	4	69	46	10	6	36	1.64
16942860--16942886	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
16942955--16942989	14	2.6	14	95	4	63	77	0	17	5	0.96
16944611--16944724	42	2.7	42	87	4	158	28	25	14	31	1.95
16944696--16944815	47	2.6	45	81	6	141	29	25	15	29	1.96
16944844--16945016	31	5.8	31	81	9	225	27	26	19	27	1.99
16944955--16945003	24	2.0	24	92	0	80	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16944961--16945009	24	2.0	24	88	0	71	28	22	24	24	1.99
16944992--16945120	50	2.5	51	86	5	181	24	22	17	35	1.95
16945236--16945264	14	2.0	15	93	6	51	55	10	6	27	1.59
16947485--16947534	24	2.1	24	92	0	82	28	4	26	42	1.73
16950718--16950746	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16952845--16952883	20	1.9	21	89	5	62	71	0	7	20	1.10
16953937--16954046	49	2.3	48	82	7	125	27	17	29	26	1.97
16953983--16954048	24	2.8	24	90	0	105	24	16	33	25	1.96
16959508--16959551	23	1.9	23	81	9	54	77	4	9	9	1.12
16959575--16959616	17	2.4	18	80	15	52	71	0	23	4	1.05
16962088--16962268	40	4.5	39	79	6	168	24	25	23	25	2.00
16962124--16962268	40	3.6	40	84	4	184	24	24	23	26	2.00
16962977--16963008	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
16966193--16966411	40	5.5	40	92	1	350	16	22	29	31	1.96
16966193--16966411	79	2.8	80	91	1	350	16	22	29	31	1.96
16967669--16967699	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
16970159--16970214	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
16970148--16970214	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
16970265--16970353	25	3.6	25	96	1	162	28	21	23	26	1.99
16978196--16978251	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
16978185--16978251	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
16978300--16978420	24	5.0	24	90	7	183	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16978300--16978420	49	2.5	47	90	6	181	28	20	22	28	1.99
16978613--16978675	31	2.0	31	84	0	81	34	15	25	23	1.95
16981541--16981645	32	3.2	32	76	9	113	32	11	20	35	1.89
16981541--16981645	33	3.2	33	78	6	124	32	11	20	35	1.89
16991885--16992056	93	1.8	93	92	0	290	27	30	22	20	1.98
16991877--16992052	46	3.8	46	81	4	210	28	29	21	20	1.98
17006156--17006194	16	2.4	16	82	0	51	48	20	20	10	1.78
17006295--17006341	19	2.5	19	86	3	60	27	17	36	19	1.93
17006413--17006527	29	4.0	29	72	1	88	31	12	28	27	1.92
17011457--17011639	39	4.6	39	86	0	231	22	30	22	24	1.99
17015385--17015434	21	2.4	21	100	0	100	30	18	36	16	1.92
17015521--17015556	16	2.2	17	90	5	56	52	16	5	25	1.65
17016897--17016932	9	3.9	9	92	3	54	33	11	36	19	1.87
17017025--17017125	29	3.5	29	80	6	116	26	16	31	24	1.97
17017387--17017440	27	2.1	25	86	6	72	46	24	16	12	1.82
17022010--17022181	31	5.5	31	97	0	317	27	24	17	30	1.97
17022393--17022573	26	7.1	26	78	10	178	30	20	20	27	1.98
17022393--17022573	52	3.5	52	88	2	269	30	20	20	27	1.98
17022393--17022573	78	2.4	77	83	10	237	30	20	20	27	1.98
17022623--17022689	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
17023383--17023447	27	2.4	28	80	14	75	29	23	16	30	1.96
17023395--17023459	27	2.4	27	82	5	78	24	24	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17023510--17023732	27	8.2	27	72	7	119	32	8	17	40	1.81
17023577--17023732	81	1.9	81	83	5	199	29	8	19	41	1.82
17023731--17023874	27	5.3	27	87	0	198	39	9	24	27	1.85
17025112--17025162	22	2.3	22	75	0	57	56	11	13	17	1.66
17025971--17026067	49	2.0	49	87	4	142	23	25	7	43	1.79
17027419--17027462	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
17027404--17027489	43	2.0	43	88	0	127	20	23	0	55	1.43
17031266--17031301	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17039890--17039935	10	4.6	10	78	10	58	13	6	2	78	1.04
17039892--17039936	19	2.4	18	82	10	54	15	6	2	75	1.11
17039890--17039956	30	2.3	29	80	14	75	16	4	4	74	1.14
17040428--17040471	22	1.9	22	86	9	61	63	0	0	36	0.95
17042674--17042770	43	2.3	43	89	5	144	31	5	13	49	1.64
17047405--17047497	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
17048228--17048252	10	2.5	10	100	0	50	16	8	0	76	1.02
17048300--17048332	9	3.7	9	88	12	50	21	3	0	75	0.93
17048339--17048421	20	3.7	21	77	17	78	49	1	3	45	1.27
17048454--17048527	23	3.2	23	83	9	80	55	4	0	40	1.19
17048506--17048547	18	2.2	19	87	8	59	54	2	0	42	1.13
17048506--17048652	20	7.3	18	68	24	64	52	3	1	42	1.26
17048582--17048616	18	1.9	18	88	0	52	45	5	0	48	1.26
17048613--17048652	21	2.0	21	90	5	64	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17048613--17048682	24	3.1	22	80	15	72	58	1	0	40	1.07
17048612--17048673	23	2.8	22	81	16	67	59	0	0	40	0.97
17056626--17057042	35	12.0	35	84	1	381	31	14	23	30	1.95
17056599--17057044	173	2.5	172	80	4	455	31	14	23	31	1.94
17060434--17060473	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
17062628--17062682	21	2.7	21	94	2	94	27	5	32	34	1.80
17064851--17064893	20	2.2	20	95	0	77	32	30	0	37	1.58
17081786--17081829	21	2.0	22	82	4	54	52	4	2	40	1.34
17081917--17081989	29	2.4	30	75	8	69	20	12	6	60	1.55
17088954--17089002	22	2.2	22	96	0	89	30	12	26	30	1.92
17089887--17089927	8	4.7	9	85	14	59	21	0	0	78	0.76
17089883--17089921	15	2.8	14	88	7	53	20	0	0	79	0.73
17089883--17089927	17	2.8	17	87	12	60	22	0	0	77	0.76
17090453--17090478	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17090693--17090803	45	2.5	45	86	2	152	43	18	17	21	1.88
17091840--17091878	13	2.9	13	80	3	51	15	7	0	76	0.99
17091885--17091927	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
17092197--17092246	23	2.3	20	86	10	64	56	2	0	42	1.11
17092202--17092256	20	2.7	20	75	16	58	58	1	1	38	1.20
17093674--17093811	54	2.6	54	90	4	208	29	19	19	31	1.97
17099185--17099246	27	2.3	27	97	2	115	64	4	6	24	1.37
17099448--17099547	52	1.9	52	95	0	182	47	5	8	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17102299--17102413	57	2.0	57	100	0	230	28	8	24	38	1.85
17104980--17105047	34	2.0	34	100	0	136	32	20	14	32	1.93
17105153--17105194	21	2.0	21	100	0	84	19	28	14	38	1.90
17105862--17106274	204	2.0	204	99	0	817	25	19	18	36	1.95
17113094--17113133	21	1.9	21	84	0	53	20	22	25	32	1.98
17115950--17115976	14	1.9	14	100	0	54	92	0	7	0	0.38
17118355--17118416	21	3.0	21	88	2	90	12	22	9	54	1.67
17121231--17121337	34	3.1	34	86	0	151	27	20	19	32	1.97
17121725--17121784	29	2.1	29	96	0	111	48	20	1	30	1.59
17122823--17122867	17	2.6	17	80	13	56	40	8	11	40	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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