genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  156  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42893758--42893819	26	2.3	27	83	2	72	30	12	17	38	1.88
42893785--42893869	26	3.3	26	79	9	84	27	9	21	42	1.83
42895642--42895667	13	2.0	13	100	0	52	30	46	7	15	1.74
42899410--42899461	16	3.1	16	83	16	61	19	0	5	75	1.01
42903836--42903889	21	2.5	21	77	19	58	16	37	25	20	1.93
42906481--42906598	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
42906449--42906612	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
42914064--42914181	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
42914032--42914195	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
42917152--42917318	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
42924287--42924335	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
42925158--42925324	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
42931866--42932051	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
42931919--42932074	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
42939893--42940078	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
42939946--42940101	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
42945522--42945632	24	4.6	23	73	17	73	58	3	8	29	1.44
42945581--42945633	27	2.0	27	85	7	74	60	1	9	28	1.38
42945696--42945768	28	2.6	28	84	0	92	57	2	5	34	1.36
42946037--42946084	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
42950140--42950194	2	27.5	2	92	7	94	49	1	0	49	1.11
42953986--42954023	18	2.1	18	95	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42966048--42966169	42	2.9	42	79	7	129	29	14	26	29	1.95
42970433--42970481	23	2.1	23	100	0	98	42	8	8	40	1.64
42974163--42974372	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
42982298--42982507	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
42993947--42994025	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
42993897--42994217	49	6.7	48	92	2	477	28	29	8	33	1.87
43007289--43007456	40	4.2	38	80	6	160	23	26	22	28	1.99
43007306--43007456	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
43017202--43017372	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
43017194--43017369	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
43022720--43022894	46	3.8	46	77	7	192	29	28	20	21	1.98
43022728--43022898	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
43022725--43022914	46	4.1	46	69	18	117	28	28	20	22	1.98
43028036--43028187	50	3.1	49	82	2	180	25	17	26	29	1.98
43042903--43043007	43	2.5	42	80	10	115	26	25	18	29	1.98
43048334--43048363	15	1.9	16	93	6	53	86	0	0	13	0.57
43049000--43049184	28	6.5	28	80	7	194	23	20	26	30	1.98
43049000--43049184	85	2.2	85	89	1	273	23	20	26	30	1.98
43049057--43049180	57	2.2	56	89	4	187	22	18	25	33	1.97
43057150--43057222	29	2.5	29	81	0	83	27	32	17	21	1.96
43057112--43057222	58	1.9	57	81	1	132	27	33	14	24	1.94
43058684--43058715	16	2.0	16	100	0	64	6	6	37	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43061945--43061986	21	2.0	22	85	4	59	30	19	26	23	1.98
43066515--43066560	18	2.4	20	92	7	78	26	32	0	41	1.56
43068750--43068816	29	2.3	29	79	7	73	31	11	5	50	1.63
43071345--43071404	2	31.0	2	93	6	106	48	0	0	51	1.00
43071420--43071455	14	2.6	14	90	0	54	50	0	13	36	1.43
43090418--43090581	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
43090418--43090615	71	2.8	70	91	3	258	20	27	17	34	1.95
43104433--43104474	17	2.5	17	84	3	59	69	0	9	21	1.17
43111922--43112051	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
43111938--43112089	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
43111938--43112087	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
43114011--43114056	22	2.1	22	84	4	58	15	30	32	21	1.94
43114615--43114648	16	2.1	17	88	5	52	11	5	29	52	1.61
43116054--43116278	43	5.3	43	80	1	148	27	28	16	26	1.97
43117728--43117763	18	2.1	17	89	5	54	8	13	0	77	0.98
43119074--43119118	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
43119208--43119260	28	1.9	27	88	3	79	28	20	26	24	1.99
43119139--43119283	61	2.4	61	82	8	161	26	19	26	27	1.99
43125722--43125759	13	2.8	13	85	14	51	39	0	0	60	0.97
43126672--43126724	24	2.2	24	80	6	63	20	49	3	26	1.66
43131201--43131254	21	2.5	21	75	3	63	44	33	0	22	1.53
43131240--43131343	21	4.9	22	71	12	83	39	42	0	17	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43134266--43134585	154	2.1	155	93	1	554	32	8	15	42	1.78
43136881--43136910	14	2.2	14	94	5	53	30	0	6	63	1.20
43139376--43139421	5	8.8	5	85	4	56	78	0	2	19	0.86
43148518--43148750	39	6.0	39	91	2	355	31	27	20	21	1.98
43154470--43154505	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
43154638--43154870	39	6.0	39	92	3	355	31	27	21	20	1.98
43157237--43157286	26	1.9	26	92	8	84	16	4	14	66	1.40
43157302--43157334	16	2.0	17	88	5	50	21	3	0	75	0.93
43161967--43162034	30	2.3	30	94	0	118	23	38	22	16	1.93
43166717--43166780	20	3.3	19	84	2	74	35	12	1	50	1.50
43184506--43184697	40	4.8	40	80	5	190	26	22	25	25	2.00
43187952--43188103	44	3.5	43	69	6	128	36	22	21	19	1.95
43187924--43188144	86	2.6	87	88	0	309	37	22	22	18	1.94
43187988--43188145	44	3.6	44	72	10	144	35	24	23	16	1.95
43188607--43188973	44	8.4	44	92	1	603	28	16	30	24	1.96
43193621--43193826	40	5.2	40	82	3	218	24	25	23	26	2.00
43193621--43193828	80	2.6	80	83	3	240	24	25	23	26	2.00
43201581--43201787	40	5.2	40	83	4	231	25	25	22	27	2.00
43201581--43201787	79	2.6	80	83	3	249	25	25	22	27	2.00
43210676--43210822	27	5.4	27	80	0	141	25	23	17	32	1.97
43210664--43210822	54	2.9	54	79	9	162	27	23	18	31	1.97
43213074--43213122	24	2.0	24	96	0	89	38	6	20	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43214663--43214775	27	4.2	26	87	5	145	37	22	23	16	1.94
43214663--43214775	54	2.1	54	88	3	165	37	22	23	16	1.94
43216466--43216641	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
43216463--43216633	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
43219138--43219299	26	6.2	26	95	0	270	36	24	5	33	1.79
43219138--43219299	78	2.1	78	97	0	306	36	24	5	33	1.79
43224328--43224459	27	4.9	27	88	3	151	34	20	24	20	1.96
43224321--43224459	54	2.6	54	86	5	176	35	20	23	20	1.96
43226694--43226937	49	4.9	50	81	2	276	25	18	27	29	1.98
43229595--43229633	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
43232161--43232401	49	4.9	49	80	5	259	24	18	27	29	1.98
43232163--43232401	100	2.4	98	86	2	325	24	18	27	29	1.98
43233227--43233311	42	2.0	42	100	0	170	29	2	21	47	1.63
43238736--43238880	40	3.6	39	80	5	130	28	23	26	22	1.99
43238734--43238884	80	1.9	80	83	0	194	27	23	26	22	1.99
43243903--43244006	27	3.9	26	77	5	109	37	22	22	18	1.94
43256015--43256053	17	2.3	17	86	0	60	25	5	10	58	1.51
43262964--43262997	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
43263181--43263300	53	2.3	53	86	0	159	20	16	19	44	1.87
43263288--43263318	6	5.2	6	100	0	62	16	16	16	51	1.77
43263434--43263594	18	8.5	18	67	14	74	34	11	13	40	1.80
43263508--43263590	36	2.3	36	85	0	103	39	8	12	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43266125--43266353	40	5.8	40	86	8	292	26	27	21	23	1.99
43266125--43266353	118	1.9	120	84	9	308	26	27	21	23	1.99
43274250--43274473	79	2.8	79	84	6	283	26	27	21	23	1.99
43274250--43274473	40	5.7	40	86	6	271	26	27	21	23	1.99
43280821--43280872	16	3.4	16	82	15	65	55	0	11	32	1.36
43280981--43281005	12	2.1	12	100	0	50	16	16	20	48	1.82
43281036--43281136	47	2.2	47	83	5	125	18	19	19	41	1.91
43281145--43281175	6	5.2	6	92	0	53	16	12	19	51	1.76
43281288--43281351	18	3.5	18	71	12	58	31	10	10	46	1.74
43281375--43281438	18	3.6	18	78	0	74	40	10	9	39	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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