genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.424.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  424  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123519878--123519916	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
123520114--123520170	29	2.0	29	82	6	71	22	10	7	59	1.54
123520409--123520438	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
123522350--123522409	30	2.0	30	81	18	72	36	5	5	53	1.45
123526021--123526055	17	2.0	18	88	5	54	60	0	2	37	1.12
123526350--123526387	20	1.9	20	94	0	67	52	0	5	42	1.24
123527967--123528021	24	2.3	23	82	14	67	23	0	5	70	1.07
123528213--123528253	16	2.5	16	84	4	55	26	0	2	70	0.99
123529001--123529036	18	1.9	18	88	5	54	36	0	0	63	0.94
123530933--123531058	61	2.1	61	84	0	162	36	4	17	41	1.71
123534341--123534379	7	5.4	7	87	6	60	0	12	5	82	0.83
123534341--123534379	15	2.7	14	88	4	60	0	12	5	82	0.83
123539679--123539709	12	2.6	12	100	0	62	25	25	6	41	1.79
123546617--123546789	71	2.5	68	85	5	215	28	13	23	34	1.93
123546789--123546954	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
123546887--123547230	139	2.5	140	98	1	656	24	17	21	37	1.94
123547071--123547104	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
123547153--123547372	71	3.0	72	84	10	295	30	17	19	33	1.95
123547327--123547421	48	2.0	49	97	2	183	30	16	21	31	1.95
123547256--123547492	120	2.0	120	94	1	422	30	16	18	33	1.94
123547375--123547645	71	3.7	74	84	7	345	31	17	19	32	1.95
123547478--123547797	165	1.9	165	85	3	439	30	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123547810--123547978	88	1.9	89	86	3	243	25	17	19	37	1.93
123548003--123548064	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
123547408--123548232	255	3.4	246	81	10	815	28	17	18	35	1.93
123548886--123548950	29	2.3	29	81	2	87	66	27	3	3	1.22
123554266--123554323	24	2.5	22	78	13	64	25	3	5	65	1.29
123558178--123558408	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
123559327--123559390	6	10.7	6	88	11	96	82	0	1	15	0.74
123565354--123565527	46	3.8	46	78	13	203	20	19	29	29	1.97
123565349--123565520	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
123572664--123572839	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
123572661--123572832	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
123576147--123576194	20	2.4	20	100	0	96	37	20	18	22	1.94
123576641--123576719	41	1.9	41	94	0	140	32	3	24	39	1.73
123580042--123580099	23	2.6	23	86	10	77	32	8	0	58	1.28
123580089--123580141	25	2.2	23	83	12	63	28	11	1	58	1.43
123581025--123581056	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
123582768--123582939	75	2.4	74	84	11	216	31	11	23	33	1.90
123582773--123582937	35	4.6	35	84	9	174	31	11	23	33	1.90
123590266--123590436	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
123590269--123590434	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
123598276--123598310	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
123598465--123598534	24	3.0	23	81	6	88	57	5	5	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123598632--123598683	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
123598870--123598921	18	3.2	18	65	30	53	19	7	46	26	1.77
123598854--123598935	30	2.7	30	92	0	128	19	6	47	26	1.73
123600591--123600730	59	2.4	59	96	0	262	27	15	26	31	1.95
123601049--123601076	12	2.3	12	100	0	56	25	0	14	60	1.34
123601375--123601404	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
123602438--123602483	20	2.2	22	84	7	60	54	2	2	41	1.25
123608839--123608938	44	2.2	45	83	3	121	29	23	13	35	1.92
123608855--123608943	46	2.0	44	88	4	133	26	25	13	33	1.93
123618413--123618601	72	2.6	71	78	8	177	26	13	21	39	1.90
123618637--123618964	88	3.7	88	88	6	457	25	17	22	35	1.95
123618895--123619035	73	1.9	73	88	5	212	30	18	23	27	1.98
123618951--123619125	91	2.0	88	87	7	255	27	19	20	32	1.97
123619040--123619206	74	2.2	75	86	7	230	26	19	22	31	1.98
123618807--123619998	165	7.2	165	82	9	1297	28	18	19	33	1.95
123619191--123619217	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
123619192--123619225	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
123619116--123619303	92	2.1	90	83	7	229	24	21	19	34	1.96
123619205--123619998	77	9.7	77	70	17	401	28	18	17	35	1.94
123619283--123619629	91	4.0	89	84	7	444	29	18	15	36	1.92
123619850--123619885	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
123619794--123619955	88	1.8	88	85	2	227	27	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123619980--123620040	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
123618873--123620080	411	2.9	396	74	14	1035	28	17	18	34	1.94
123619619--123620209	254	2.4	247	85	5	757	28	16	18	37	1.92
123618807--123620258	659	2.2	653	81	8	1546	28	17	19	34	1.95
123620858--123620918	22	2.8	22	77	2	79	60	36	0	3	1.13
123621688--123621789	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
123630047--123630089	20	2.2	20	86	0	59	76	6	11	4	1.13
123630298--123630335	16	2.4	16	95	0	67	13	5	13	68	1.37
123630539--123630623	28	2.9	29	76	15	77	36	5	22	35	1.78
123632191--123632271	40	2.0	40	92	0	135	44	18	9	27	1.81
123632307--123632341	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
123637974--123638010	14	2.6	14	95	0	65	24	0	2	72	0.97
123641219--123641253	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
123643957--123644037	34	2.4	34	95	0	144	18	13	6	61	1.52
123648789--123648816	13	2.2	13	100	0	56	21	0	7	71	1.09
123648814--123648845	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
123651053--123651112	11	5.2	11	75	16	50	33	3	3	60	1.30
123651054--123651117	25	2.6	25	76	11	69	34	3	3	59	1.29
123651146--123651187	23	1.9	23	85	9	61	35	9	2	52	1.47
123654772--123654813	2	21.5	2	90	4	68	47	0	2	50	1.14
123655470--123655632	39	4.2	39	88	0	200	23	22	30	23	1.99
123663422--123663553	39	3.4	39	95	0	228	25	23	28	22	1.99
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123668734--123668910	50	3.5	50	89	3	250	36	15	20	27	1.93
123668886--123669065	31	5.8	31	93	0	270	27	19	27	26	1.99
123669184--123669298	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
123671727--123671779	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
123678418--123678634	88	2.5	88	81	5	224	37	18	15	28	1.92
123678706--123678734	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
123678505--123679189	146	4.3	160	83	8	788	32	22	18	27	1.97
123678864--123678898	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
123678788--123678952	90	1.8	90	89	2	260	30	22	18	27	1.97
123678878--123679263	73	5.3	73	94	1	623	32	23	17	27	1.96
123679212--123679317	54	2.0	54	85	7	144	38	20	12	28	1.89
123679266--123679438	71	2.4	73	85	4	226	33	26	14	25	1.94
123679460--123679486	14	1.9	14	100	0	54	51	7	14	25	1.68
123679134--123679818	374	1.8	374	90	3	1108	34	22	16	27	1.95
123679512--123679743	126	1.8	128	87	3	353	32	21	15	29	1.95
123679640--123679900	81	3.4	75	89	5	318	29	23	16	29	1.96
123679903--123679933	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
123679837--123680096	89	2.9	88	89	2	405	36	20	16	26	1.94
123679266--123680406	458	2.4	458	80	12	1160	34	21	16	27	1.95
123680006--123680606	75	7.9	74	77	10	504	31	20	17	29	1.96
123679671--123680801	164	7.0	160	80	12	993	33	19	17	28	1.95
123680166--123680601	72	5.9	72	90	2	550	31	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123680533--123680782	88	2.9	87	80	5	272	34	19	20	26	1.96
123680801--123681151	74	4.9	71	80	4	373	33	22	15	28	1.95
123683243--123683302	14	4.3	13	75	10	57	1	13	5	80	0.96
123687752--123687789	16	2.3	17	95	4	69	47	10	5	36	1.61
123687943--123687993	21	2.4	21	83	0	57	62	11	1	23	1.39
123690744--123690781	20	1.9	20	89	10	60	36	21	0	42	1.53
123693562--123693722	46	3.6	44	85	8	184	24	31	20	23	1.98
123693605--123693767	46	3.6	43	82	6	166	22	32	19	25	1.97
123695392--123695429	20	1.9	20	89	10	60	36	21	0	42	1.53
123697783--123697869	43	2.0	43	100	0	174	28	18	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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