genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  217  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61195511--61195665	42	3.7	42	86	1	220	29	25	15	29	1.96
61200507--61200618	47	2.4	47	83	4	136	48	19	11	20	1.80
61222866--61222897	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
61228501--61228532	13	2.5	13	100	0	64	0	28	40	31	1.57
61230064--61230104	21	2.0	21	95	0	73	9	36	29	24	1.87
61231476--61231605	50	2.6	49	86	3	172	26	17	26	29	1.98
61231428--61231617	49	3.8	48	79	6	191	27	18	25	28	1.98
61233685--61234018	40	8.5	40	92	3	536	24	22	27	25	1.99
61233685--61234018	79	4.2	80	92	3	536	24	22	27	25	1.99
61233685--61234018	119	2.8	118	92	3	539	24	22	27	25	1.99
61241811--61242184	40	9.5	40	90	3	564	24	21	27	25	1.99
61241807--61242184	158	2.4	158	91	4	586	25	21	27	25	1.99
61253385--61253544	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
61253385--61253544	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
61261298--61261457	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
61261298--61261457	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
61264033--61264137	40	2.6	40	86	3	140	24	21	28	24	1.99
61264076--61264184	40	2.7	40	84	0	119	28	22	28	20	1.99
61266825--61266892	34	2.0	34	100	0	136	26	17	17	38	1.92
61267830--61268000	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
61267825--61267997	46	3.7	46	79	10	190	30	27	19	22	1.98
61275823--61275847	10	2.5	10	100	0	50	8	44	40	8	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61277543--61277603	27	2.3	27	97	0	113	39	6	13	40	1.70
61280024--61280071	24	2.0	24	95	0	87	41	16	10	31	1.82
61286975--61287041	21	3.2	20	74	15	55	62	1	28	7	1.31
61290564--61290840	48	5.8	45	77	13	254	27	18	30	24	1.98
61290603--61290838	48	4.9	47	79	10	255	26	19	31	22	1.97
61298551--61298590	20	2.0	20	90	0	62	37	2	12	47	1.55
61298845--61298957	59	1.9	60	81	1	138	46	5	13	34	1.65
61299843--61299867	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
61303656--61303821	82	2.0	83	88	3	246	43	22	16	17	1.88
61303971--61304007	7	5.3	7	93	0	65	40	0	0	59	0.97
61305297--61305354	29	2.0	29	100	0	116	27	20	10	41	1.85
61308613--61308694	26	3.2	26	96	0	155	35	28	7	29	1.84
61312127--61312272	40	3.7	40	83	0	166	25	27	21	26	1.99
61314392--61314656	40	6.6	40	84	3	334	24	22	27	26	2.00
61314391--61314656	123	2.2	120	86	2	363	24	22	27	25	1.99
61318781--61318922	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
61318820--61318948	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
61330331--61330372	22	1.9	22	90	0	66	54	19	4	21	1.62
61339975--61340005	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
61344887--61345028	40	3.6	40	90	2	216	26	28	22	23	1.99
61351678--61351734	26	2.2	26	78	12	64	56	12	3	28	1.52
61351767--61351792	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61351791--61351936	3	48.0	3	78	14	140	65	2	1	30	1.15
61352089--61352138	12	4.2	12	79	5	57	62	0	2	36	1.07
61358403--61358474	31	2.3	31	90	4	110	37	13	9	38	1.78
61358956--61359195	129	1.9	127	88	1	363	31	12	25	30	1.92
61362225--61362391	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61364089--61364218	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
61364105--61364256	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
61364105--61364254	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
61367270--61367322	23	2.3	23	78	12	56	47	1	18	32	1.60
61370790--61370996	53	3.8	53	79	5	209	37	16	24	21	1.94
61375537--61375718	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98
61375567--61375718	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
61380538--61380659	39	3.1	40	79	4	140	28	24	24	22	1.99
61387195--61387349	40	4.0	40	79	5	149	27	23	26	22	2.00
61395243--61395400	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
61395243--61395430	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
61398001--61398028	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
61399376--61399475	50	2.0	50	92	0	164	40	4	21	35	1.72
61402609--61402652	13	3.5	13	78	15	56	40	0	9	50	1.34
61403058--61403127	25	2.8	25	80	2	77	24	25	17	32	1.96
61420170--61420313	46	3.1	46	67	21	104	29	27	19	24	1.98
61422216--61422265	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61422227--61422274	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
61425173--61425302	46	2.8	45	78	6	145	30	27	20	22	1.98
61425178--61425321	46	3.1	46	69	19	120	29	27	20	22	1.98
61430462--61430639	40	4.5	40	82	4	182	25	28	20	25	1.99
61431743--61431772	12	2.6	11	90	10	51	30	46	0	23	1.52
61433944--61433976	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
61437278--61437574	48	6.1	48	76	7	253	26	17	27	27	1.98
61437264--61437543	96	2.9	96	87	2	375	25	16	28	29	1.97
61437275--61437550	144	1.9	144	86	4	396	26	17	28	27	1.98
61440276--61440396	3	39.7	3	72	17	81	35	2	0	61	1.09
61440261--61440395	25	5.4	24	70	20	89	34	2	0	62	1.11
61440340--61440399	29	2.1	29	90	6	95	35	3	0	61	1.12
61440425--61440499	11	6.1	12	73	23	59	34	2	1	61	1.18
61440534--61440589	21	2.7	20	71	15	51	28	1	1	67	1.10
61440528--61440592	26	2.5	26	84	2	76	29	3	1	66	1.16
61440841--61440905	18	3.4	19	72	16	53	32	1	1	64	1.12
61443444--61443657	46	4.6	45	78	9	191	23	29	18	28	1.98
61443444--61443665	94	2.4	92	82	8	274	24	29	18	27	1.98
61445056--61445111	28	2.0	28	82	0	67	28	26	26	17	1.98
61453080--61453252	46	3.7	47	74	11	160	28	20	27	23	1.99
61460387--61460480	25	3.8	25	95	1	163	26	23	23	26	2.00
61460374--61460480	50	2.2	50	88	6	157	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61460685--61460929	27	9.1	27	80	7	228	25	19	17	37	1.94
61460684--61460929	54	4.6	54	84	2	287	25	19	18	36	1.94
61460685--61460929	81	3.0	81	81	5	280	25	19	17	37	1.94
61460915--61461122	27	7.7	27	77	4	170	29	8	21	40	1.82
61460915--61461121	81	2.6	80	83	5	222	29	8	21	40	1.82
61461115--61461458	27	12.7	27	89	0	490	40	9	21	28	1.83
61460997--61461147	81	1.9	81	81	2	187	31	7	21	39	1.81
61463643--61463818	46	3.8	45	77	14	180	26	21	30	21	1.99
61463833--61463959	50	2.6	49	83	6	150	28	18	29	24	1.98
61466008--61466072	10	6.2	10	74	13	51	64	10	9	15	1.49
61466016--61466079	31	2.1	31	100	0	128	59	14	6	20	1.56
61467053--61467158	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
61467559--61467636	33	2.4	32	83	10	104	64	17	6	11	1.47
61468451--61468502	22	2.3	23	90	6	88	38	0	7	53	1.30
61468448--61468502	2	29.0	2	78	10	53	40	0	7	52	1.29
61473389--61473458	36	2.0	35	97	2	131	25	21	28	24	1.99
61478952--61479540	70	8.2	70	92	5	971	32	15	19	31	1.94
61479146--61479518	77	5.0	77	92	4	603	31	15	19	32	1.93
61478952--61479540	147	4.1	140	92	4	971	32	15	19	31	1.94
61478952--61479540	217	2.7	217	96	2	1084	32	15	19	31	1.94
61479004--61479641	147	4.4	142	85	10	682	31	16	20	32	1.95
61479591--61479745	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61480451--61480556	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
61480958--61481019	19	3.8	17	70	23	60	64	19	6	9	1.45
61481819--61481870	22	2.3	23	86	6	88	40	0	5	53	1.25
61481812--61481870	2	31.0	2	80	10	61	40	0	6	52	1.28
61483412--61483472	30	2.0	30	100	0	122	40	6	39	13	1.70
61490538--61490795	46	5.6	46	70	16	156	23	18	26	31	1.98
61490584--61490750	47	3.6	47	74	8	169	25	18	26	29	1.98
61490534--61490795	93	2.8	93	85	0	362	23	19	25	31	1.98
61492662--61492721	15	4.0	15	75	0	66	11	11	16	60	1.60
61492663--61492722	30	2.0	30	90	0	93	11	13	16	58	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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