genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.344.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  344  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100236761--100236820	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
100236798--100236868	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
100236882--100236954	2	37.5	2	74	15	55	54	1	4	39	1.28
100236887--100236952	25	2.6	25	79	11	80	54	1	4	39	1.30
100236980--100237031	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
100237508--100237606	30	3.3	30	94	0	180	17	6	50	26	1.69
100238260--100238554	88	3.4	88	80	10	329	35	19	15	29	1.93
100238242--100238557	175	1.8	174	83	8	426	33	19	16	30	1.94
100238486--100239036	71	7.3	75	80	9	523	34	20	16	28	1.95
100238519--100239011	154	3.3	146	81	10	464	32	21	17	29	1.96
100239014--100239047	13	2.7	13	90	4	52	64	0	14	20	1.28
100239131--100239514	77	4.9	77	80	10	392	33	20	17	29	1.95
100239206--100239849	335	1.9	334	89	6	1000	34	20	17	27	1.95
100239541--100239782	73	3.3	73	90	1	367	33	21	17	26	1.96
100240647--100240761	44	2.6	44	90	4	171	17	26	13	42	1.86
100246803--100246837	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
100246987--100247057	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
100246965--100247088	48	2.5	50	77	12	121	58	4	5	31	1.43
100247066--100247130	14	4.6	14	75	19	55	56	1	4	36	1.29
100247074--100247162	25	3.6	25	80	5	85	52	4	6	35	1.48
100247002--100247111	29	4.0	28	74	13	97	58	4	5	31	1.41
100247485--100247514	16	1.9	15	93	6	51	40	36	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100252673--100252707	7	4.9	7	96	3	61	57	28	0	14	1.38
100257857--100257971	23	4.9	23	80	8	117	25	21	19	33	1.97
100257849--100257961	46	2.5	45	86	5	147	24	21	20	33	1.97
100259613--100259658	11	3.8	11	88	11	56	26	10	2	60	1.41
100259712--100259755	15	3.0	15	90	3	63	31	11	0	56	1.35
100261096--100261156	22	2.7	24	75	17	67	60	3	8	27	1.41
100261496--100261535	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
100264278--100264324	25	2.0	23	87	8	67	27	0	8	63	1.23
100264363--100264397	5	6.8	5	87	6	52	2	40	54	2	1.30
100267583--100267804	40	5.6	40	90	1	340	22	22	26	27	1.99
100275638--100275761	23	5.3	22	77	14	101	25	22	18	33	1.97
100275638--100275761	46	2.6	46	84	14	164	25	22	18	33	1.97
100286370--100286445	38	2.0	38	100	0	152	39	21	10	28	1.86
100286370--100286434	22	3.2	22	67	24	70	41	20	10	27	1.85
100291484--100291603	62	2.1	53	82	14	132	35	14	3	46	1.61
100293691--100293718	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
100303292--100303334	23	1.9	22	85	4	59	34	4	0	60	1.17
100309080--100309130	26	2.0	25	81	11	59	49	9	0	41	1.36
100309426--100309522	40	2.5	40	80	5	101	29	22	18	28	1.97
100310475--100310555	36	2.2	37	80	17	96	41	6	1	50	1.35
100314464--100314524	18	3.4	18	72	17	63	24	27	0	47	1.52
100314996--100315021	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100315111--100315143	15	2.1	16	94	5	59	18	9	12	60	1.57
100317932--100318027	44	2.2	44	88	3	140	31	12	9	46	1.73
100320402--100320439	5	7.4	5	96	3	67	42	0	0	57	0.98
100321696--100321752	15	3.9	15	83	2	80	35	0	14	50	1.42
100321688--100321746	30	2.0	29	93	3	100	35	0	15	49	1.45
100322135--100322216	21	3.8	21	90	3	119	14	25	26	32	1.95
100322122--100322227	42	2.5	43	79	3	142	16	22	25	35	1.94
100323540--100323583	22	2.0	22	86	8	63	25	47	18	9	1.77
100323976--100324003	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
100325444--100325559	50	2.3	50	83	2	135	18	30	19	31	1.96
100325444--100325518	25	3.0	25	98	0	141	20	32	18	29	1.96
100325454--100325599	25	5.9	25	80	7	100	18	29	21	30	1.97
100327101--100327231	57	2.3	57	82	4	147	31	22	16	29	1.96
100334045--100334109	27	2.4	27	78	0	67	29	29	18	23	1.98
100339557--100339606	25	2.0	25	100	0	100	48	0	4	48	1.20
100339561--100339617	25	2.3	25	87	0	78	56	1	1	40	1.20
100346705--100346778	24	2.9	25	82	8	96	32	14	9	43	1.78
100349293--100349347	20	2.7	19	78	10	56	67	3	1	27	1.17
100351464--100351805	44	7.6	44	71	12	205	27	22	20	29	1.98
100351605--100351804	45	4.6	44	76	8	174	28	23	19	29	1.98
100355598--100355784	48	3.8	48	84	6	214	25	18	28	28	1.98
100358768--100358832	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100358764--100358832	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
100360501--100360685	50	3.7	49	80	7	176	27	17	25	28	1.98
100360554--100360686	49	2.7	50	84	4	162	27	17	26	29	1.97
100372156--100372244	46	2.0	44	86	4	124	28	25	14	31	1.95
100376767--100376853	42	2.1	42	95	2	158	40	9	11	39	1.73
100377187--100377223	16	2.3	16	90	0	56	62	21	10	5	1.48
100377214--100377286	15	4.7	15	71	6	65	64	17	10	6	1.47
100377145--100377286	63	2.3	62	89	6	207	61	19	11	8	1.54
100377209--100377327	47	2.5	47	90	0	184	63	17	10	8	1.49
100378322--100378374	17	3.4	17	70	20	60	41	11	24	22	1.86
100378319--100378378	30	2.0	30	100	0	120	40	10	26	23	1.86
100378665--100378733	34	2.0	35	94	2	122	33	1	20	44	1.60
100380496--100380559	3	21.3	3	96	0	119	65	0	1	32	1.02
100384491--100384589	35	2.8	34	71	8	83	29	10	19	41	1.84
100388422--100388446	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
100392062--100392096	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
100393729--100393853	35	3.6	35	86	2	162	32	24	12	30	1.92
100401155--100401279	35	3.6	36	81	4	139	35	22	10	32	1.88
100401226--100401302	35	2.2	35	81	4	84	37	24	6	31	1.81
100405452--100405508	27	2.1	27	87	6	80	57	0	7	35	1.26
100407124--100407178	18	3.1	17	72	10	56	61	7	0	30	1.23
100407128--100407188	18	3.4	18	72	17	54	63	6	0	29	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100407257--100407301	19	2.4	19	85	7	56	57	0	6	35	1.25
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100407437--100407474	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
100407436--100407502	12	4.9	14	74	22	54	61	0	1	37	1.05
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100407436--100407504	9	7.2	9	72	21	52	60	0	1	37	1.06
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100409268--100410120	416	2.0	418	90	2	1327	29	21	18	30	1.97
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100421445--100421494	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
100425196--100425250	18	3.1	17	72	10	56	61	7	0	30	1.23
100425200--100425260	18	3.4	18	72	17	54	63	6	0	29	1.19
100425329--100425373	19	2.4	19	85	7	56	57	0	6	35	1.25
100425384--100425441	23	2.5	22	83	13	64	63	1	5	29	1.25
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100425676--100425738	24	2.7	23	73	4	56	66	4	1	26	1.20
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100433355--100433390	14	2.6	14	95	0	63	36	0	30	33	1.58
100433697--100433815	61	2.0	61	89	3	186	50	4	1	43	1.31
100435726--100435785	31	1.9	31	86	0	84	25	20	10	45	1.81
100436718--100436765	20	2.3	20	78	3	60	27	14	8	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100443308--100443351	21	2.2	21	88	8	65	25	6	0	68	1.14
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100471377--100471410	17	2.1	16	88	5	50	58	0	2	38	1.13
100472681--100472709	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
100476607--100476644	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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