genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  127  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33793569--33793719	54	2.8	54	84	2	151	29	9	19	41	1.82
33793567--33793719	81	1.9	81	85	5	211	30	9	18	41	1.82
33793596--33793719	27	4.6	27	83	2	160	30	7	19	42	1.78
33793703--33793773	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
33793596--33793719	54	2.3	54	91	0	194	30	7	19	42	1.78
33798074--33798233	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
33798074--33798233	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
33807800--33807959	43	3.7	42	78	4	149	25	18	25	31	1.97
33807846--33807928	42	2.0	42	85	2	112	24	16	25	33	1.96
33812610--33812635	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
33815773--33816017	49	4.9	49	78	4	249	28	26	18	26	1.98
33816244--33816297	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
33819135--33819297	39	4.2	39	91	0	245	23	20	31	24	1.98
33826030--33826163	56	2.4	56	87	0	187	29	16	21	32	1.95
33830736--33830774	19	2.0	21	90	10	64	23	7	2	66	1.30
33835712--33835757	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
33849112--33849614	27	18.6	27	76	5	171	36	20	8	34	1.84
33849272--33849553	81	3.5	81	73	4	212	35	20	8	35	1.84
33849557--33849758	81	2.5	81	72	13	182	36	20	10	32	1.88
33849112--33849779	27	24.7	27	75	4	159	36	20	9	33	1.85
33850582--33850668	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
33850718--33850879	26	6.3	26	89	2	233	29	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33854938--33855130	40	4.8	40	82	4	230	26	28	18	25	1.98
33862724--33862907	40	4.7	40	85	3	221	29	27	17	25	1.98
33866929--33867031	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
33873911--33874013	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
33876309--33876480	46	3.7	47	76	6	179	30	18	27	23	1.97
33883106--33883192	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
33883261--33883621	49	7.4	49	93	0	560	31	29	7	32	1.85
33889893--33889932	21	2.0	20	85	5	53	17	37	22	22	1.94
33895924--33896094	93	1.8	93	85	0	243	22	21	26	29	1.99
33896324--33896361	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
33900797--33901061	80	3.3	81	84	6	328	25	20	26	28	1.99
33900798--33901080	40	7.1	39	84	6	227	25	20	26	27	1.99
33900797--33901093	159	1.9	159	80	10	349	26	20	25	27	1.99
33908744--33909005	40	6.6	40	88	4	341	25	19	27	27	1.99
33908744--33909038	120	2.5	119	80	10	332	26	19	26	27	1.99
33912363--33912496	48	2.9	46	78	5	144	29	19	26	24	1.98
33913857--33913896	21	2.0	21	90	5	64	17	40	22	20	1.92
33917958--33918098	40	3.5	40	83	2	169	25	24	24	25	2.00
33928468--33928568	29	3.5	29	97	2	195	32	14	27	24	1.95
33928555--33928627	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
33930464--33930503	21	2.0	21	90	5	64	17	40	22	20	1.92
33935073--33935157	27	3.2	26	80	5	98	36	21	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33935308--33935598	27	10.9	27	86	1	388	24	23	20	31	1.98
33935998--33936024	8	3.4	8	100	0	54	11	22	11	55	1.66
33939446--33939535	34	2.7	33	79	17	105	28	25	21	24	1.99
33939899--33940149	27	9.3	27	77	10	201	25	15	18	40	1.90
33939904--33940143	81	3.0	79	79	8	232	25	15	18	40	1.89
33940144--33940203	27	2.2	27	82	5	68	35	16	15	33	1.90
33940162--33940258	26	3.7	27	82	8	110	39	17	16	26	1.91
33944661--33944870	46	4.5	47	77	11	200	22	31	19	26	1.98
33948406--33948487	43	1.9	43	92	5	139	26	14	23	35	1.93
33948411--33948511	43	2.3	43	85	6	125	30	16	19	32	1.95
33948454--33948562	43	2.5	44	82	5	125	34	18	18	28	1.94
33953927--33953985	30	2.0	29	93	3	100	27	16	22	33	1.95
33954149--33954206	26	2.3	26	90	3	91	44	6	31	17	1.75
33955393--33955465	29	2.5	29	88	0	110	28	28	19	23	1.98
33961780--33961836	29	1.9	29	85	3	78	42	7	26	24	1.80
33963132--33963196	30	2.2	30	97	0	121	49	3	16	30	1.61
33967120--33967278	43	3.7	43	80	5	169	28	15	25	30	1.96
33970776--33970860	42	2.0	42	100	0	170	42	18	9	29	1.82
33974308--33974624	39	8.1	39	80	2	314	21	31	16	30	1.95
33976873--33977090	40	5.5	40	86	4	266	23	23	27	25	2.00
33989620--33989778	42	3.7	44	78	9	143	32	25	16	25	1.97
33989633--33989756	43	2.9	41	80	9	124	33	25	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33991349--33991442	28	3.3	28	83	2	125	28	31	14	24	1.95
33994428--33994634	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
33994428--33994633	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
34002474--34002681	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
34002474--34002680	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
34006007--34006040	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
34007236--34007329	28	3.3	28	85	2	125	28	31	13	25	1.94
34009721--34010167	27	16.6	27	83	4	442	30	10	20	38	1.87
34009721--34010167	134	3.3	134	82	4	517	30	10	20	38	1.87
34009773--34010186	107	3.8	104	76	13	335	30	10	19	38	1.86
34011702--34011752	8	6.5	8	80	10	61	50	21	21	5	1.69
34011975--34012081	29	3.8	28	77	10	110	27	14	33	24	1.95
34011967--34012079	58	2.0	57	85	5	156	29	14	31	24	1.94
34013818--34013881	28	2.3	28	86	0	92	26	37	15	20	1.92
34021256--34021493	40	5.9	40	92	3	367	25	25	20	28	1.99
34028038--34028097	31	1.9	31	89	0	93	20	15	20	45	1.86
34029978--34030020	23	1.9	22	85	4	59	48	25	2	23	1.62
34030792--34030938	43	3.4	41	74	10	116	34	23	16	26	1.95
34031617--34031679	6	10.3	6	77	16	67	49	15	15	19	1.80
34031799--34031849	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
34032086--34032338	27	9.4	27	86	0	326	40	6	22	30	1.80
34033066--34033222	27	5.7	27	74	10	113	32	10	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34045190--34045281	28	3.3	28	87	0	139	26	32	14	27	1.94
34047986--34048075	28	3.3	27	87	7	128	36	22	22	18	1.95
34048523--34048553	8	3.9	8	91	0	53	3	25	25	45	1.69
34085315--34085480	27	6.1	27	87	3	174	38	21	11	28	1.88
34085336--34085465	27	4.9	27	89	1	181	38	23	10	27	1.88
34085315--34085465	53	2.8	53	86	1	203	39	23	10	27	1.87
34085484--34085922	27	16.3	27	88	0	626	34	20	20	24	1.97
34086166--34086248	27	3.1	26	81	11	96	20	22	20	36	1.95
34086258--34086489	78	3.0	78	91	0	365	19	19	27	33	1.96
34086628--34086706	27	3.0	26	83	5	86	20	22	17	39	1.92
34086915--34086983	6	11.3	6	72	9	50	20	18	13	47	1.81
34086971--34087004	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
34087661--34087767	27	4.0	27	86	0	133	41	17	14	26	1.89
34089837--34089876	21	1.9	21	84	0	53	30	10	25	35	1.88
34090387--34090451	28	2.3	28	86	0	85	23	10	35	30	1.89
34090414--34090480	28	2.4	28	89	0	98	20	11	38	28	1.88
34094294--34094475	40	4.6	40	91	2	278	27	26	22	23	1.99
34099409--34099559	40	3.8	39	79	6	135	23	22	28	25	1.99
34108050--34108259	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
34118602--34118811	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
34126700--34126918	40	5.5	40	90	1	334	22	22	25	29	1.99
34146685--34146772	42	2.1	43	91	2	142	39	20	19	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34150016--34150197	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
34150016--34150197	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
34160277--34160345	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
34160268--34160355	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
34162735--34162910	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
34162731--34162902	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
34165667--34165834	40	4.2	39	79	5	160	25	26	22	25	2.00
34165667--34165834	80	2.1	80	83	3	205	25	26	22	25	2.00
34169697--34169769	34	2.1	34	90	5	112	26	21	23	28	1.99
34174077--34174321	43	5.7	42	78	7	219	24	17	25	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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