genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  186  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51295030--51295054	13	1.9	13	100	0	50	0	40	0	60	0.97
51295651--51295687	18	2.1	19	90	10	60	10	18	43	27	1.83
51297151--51297185	17	2.1	17	88	0	52	42	17	17	22	1.88
51304863--51304935	37	2.0	37	100	0	146	34	5	13	46	1.67
51305506--51305533	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
51312006--51312170	47	3.5	46	83	9	185	27	18	28	26	1.98
51318451--51318493	22	2.0	22	86	9	61	18	13	27	39	1.89
51318892--51318923	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
51325973--51326016	22	2.0	22	90	0	70	22	13	29	34	1.93
51326412--51326439	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
51333437--51333481	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
51336244--51336371	40	3.2	40	86	1	177	27	28	21	23	1.99
51346043--51346193	67	2.2	68	80	11	177	33	16	28	21	1.95
51348599--51348640	16	2.7	16	85	3	59	47	19	23	9	1.78
51348873--51348996	28	4.4	28	77	13	137	26	15	33	24	1.95
51348852--51348996	57	2.6	54	80	13	143	26	13	33	26	1.94
51355029--51355176	40	3.7	40	79	8	156	25	22	26	26	2.00
51358942--51359121	40	4.5	40	81	4	193	25	23	26	25	2.00
51358943--51359121	80	2.2	81	82	3	218	25	23	26	24	2.00
51359064--51359147	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
51359469--51359496	8	3.5	8	100	0	56	0	10	14	75	1.06
51366509--51366537	11	2.5	12	94	5	51	17	6	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51381656--51381680	12	2.1	12	100	0	50	44	40	8	8	1.63
51382140--51382235	42	2.3	42	94	0	165	16	32	35	15	1.91
51382397--51382433	19	1.9	19	89	10	58	2	29	0	67	1.04
51384209--51384252	11	3.9	11	79	5	52	15	6	0	77	0.97
51384209--51384252	17	2.6	17	79	13	54	15	6	0	77	0.97
51384210--51384252	12	3.8	11	82	14	52	16	6	0	76	0.99
51387874--51388037	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
51387874--51388071	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
51396652--51396819	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
51404950--51405109	40	4.0	40	80	3	171	26	26	21	25	1.99
51409604--51409766	31	5.3	31	91	1	256	30	23	15	30	1.95
51409781--51409872	42	2.2	42	94	0	157	32	18	15	33	1.92
51410020--51410089	25	2.8	25	84	0	86	24	17	28	30	1.97
51410122--51410152	16	1.9	16	100	0	62	32	12	19	35	1.90
51411001--51411175	54	3.2	53	77	10	158	30	10	17	41	1.83
51411013--51411175	27	6.0	27	74	11	127	31	10	17	40	1.84
51411197--51411403	27	7.7	25	81	7	182	39	8	23	29	1.83
51411207--51411403	54	3.7	54	86	2	263	39	8	23	28	1.83
51411198--51411403	80	2.6	80	86	3	245	39	8	22	29	1.83
51411250--51411423	81	2.2	80	88	1	249	39	8	21	30	1.84
51413627--51413703	25	2.9	25	83	14	84	27	24	18	29	1.98
51413627--51413734	30	3.9	25	84	14	101	27	25	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51413653--51413759	30	3.5	31	94	5	193	28	25	17	28	1.98
51413781--51413872	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
51414007--51414088	24	3.4	24	89	5	112	24	23	24	28	2.00
51414895--51414959	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
51414992--51415223	27	8.6	26	76	9	164	30	9	20	39	1.84
51414998--51415256	53	4.8	54	77	8	197	30	10	18	39	1.85
51415255--51415370	27	4.3	27	90	4	162	38	7	25	28	1.83
51415255--51415436	54	3.1	54	84	10	186	40	8	23	28	1.83
51415376--51415436	27	2.4	26	89	8	90	40	9	21	27	1.85
51415305--51415436	66	2.0	68	92	4	223	40	9	22	27	1.84
51417901--51417953	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
51419426--51419481	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
51420202--51420259	28	2.1	28	100	0	116	17	27	13	41	1.87
51425620--51425672	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
51427144--51427199	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
51428915--51429021	53	2.0	53	98	0	205	41	0	19	39	1.52
51429697--51430309	54	11.6	54	74	11	450	35	15	24	24	1.94
51429604--51430299	209	3.3	209	94	0	1187	35	15	24	24	1.95
51430123--51430339	108	2.0	109	79	4	233	37	15	24	22	1.93
51433992--51434193	42	4.7	42	74	7	156	27	25	16	30	1.97
51433992--51434145	84	1.8	84	87	0	227	26	25	16	30	1.97
51437914--51438042	6	21.5	6	88	3	179	62	0	36	0	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51437914--51438042	9	14.3	9	87	3	179	62	0	36	0	1.01
51437914--51438042	15	8.6	15	91	3	179	62	0	36	0	1.01
51442156--51442218	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
51443385--51443449	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
51450054--51450116	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
51451281--51451345	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
51453059--51453255	42	4.5	42	76	6	162	32	15	24	27	1.95
51455618--51455739	47	2.6	47	90	0	190	36	14	22	25	1.93
51455718--51456129	53	7.9	54	74	12	313	35	16	24	23	1.95
51455721--51456116	54	7.6	53	71	12	221	35	16	24	23	1.95
51455665--51456106	204	2.1	204	90	2	706	35	16	23	23	1.94
51459078--51459238	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
51459020--51459238	87	2.5	87	82	2	244	26	33	15	25	1.95
51462364--51462438	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
51462422--51462495	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
51469846--51469920	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
51469904--51469977	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
51474990--51475030	2	20.5	2	89	0	64	51	4	0	43	1.23
51476470--51476514	20	2.3	20	84	3	65	28	26	15	28	1.96
51479760--51479843	42	2.0	42	100	0	168	40	4	9	45	1.58
51480966--51481049	31	2.7	31	88	1	125	28	26	15	29	1.96
51481077--51481206	42	3.1	42	93	0	224	33	18	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51481353--51481421	25	2.8	26	84	6	90	24	21	27	26	1.99
51482231--51482295	27	2.4	27	79	5	69	23	23	16	36	1.94
51482349--51482434	28	3.1	27	69	18	77	33	9	18	38	1.83
51482412--51482554	27	5.6	27	76	14	124	29	9	20	41	1.83
51482467--51482574	27	4.0	28	82	10	100	29	12	20	37	1.90
51482468--51482597	54	2.4	53	79	5	134	30	13	20	35	1.91
51484181--51484294	57	2.0	57	100	0	228	35	26	5	33	1.79
51485743--51485852	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
51487754--51487829	38	1.9	39	87	10	111	34	23	19	22	1.97
51495800--51495869	27	2.5	28	90	2	115	28	14	25	31	1.95
51495800--51495881	27	3.0	27	82	8	69	29	15	23	31	1.95
51498799--51498980	38	4.7	39	87	3	226	31	25	21	21	1.98
51506216--51506413	71	2.8	70	90	3	276	32	17	29	20	1.95
51506250--51506413	71	2.3	71	97	0	310	34	17	29	18	1.94
51513310--51513507	71	2.8	70	90	3	276	32	17	29	20	1.95
51513344--51513507	71	2.3	71	97	0	310	34	17	29	18	1.94
51523694--51523786	28	3.3	28	93	3	152	33	27	8	30	1.87
51523892--51523981	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
51524445--51524483	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
51525066--51525099	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
51531476--51531605	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
51534625--51534716	28	3.3	28	95	1	159	33	27	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51534821--51534910	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
51534821--51534935	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
51535374--51535412	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
51536249--51536282	14	2.4	14	90	0	50	50	29	0	20	1.49
51547715--51547880	40	4.2	40	79	3	158	23	27	22	26	1.99
51550537--51550592	30	1.9	28	89	7	85	62	17	10	8	1.52
51550534--51550588	15	3.8	14	77	17	58	63	18	10	7	1.49
51558513--51558537	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
51561614--51561791	46	3.8	47	79	10	186	24	30	19	25	1.98
51569070--51569124	21	2.6	21	97	0	101	27	30	30	10	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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