genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  221  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62448695--62448755	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
62456615--62456665	18	2.8	18	77	14	52	17	21	41	19	1.91
62457197--62457273	34	2.3	34	79	4	84	24	22	20	32	1.98
62470610--62470667	24	2.5	24	94	2	100	29	8	29	32	1.87
62471422--62471598	40	4.4	40	84	0	212	25	21	25	26	1.99
62478513--62478538	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
62488835--62488920	25	3.5	24	83	3	100	46	12	19	20	1.83
62489044--62489155	28	4.2	25	80	7	80	34	21	21	22	1.97
62489068--62489155	28	3.2	28	84	6	110	34	23	21	20	1.97
62489389--62489459	27	2.6	27	88	4	99	26	25	16	30	1.97
62491743--62491787	20	2.3	20	84	3	65	28	26	15	28	1.96
62496535--62496698	40	4.1	40	80	4	161	26	28	20	25	1.99
62498927--62498985	24	2.5	24	97	2	111	11	11	3	72	1.23
62504386--62504430	20	2.3	20	81	14	58	28	28	15	26	1.96
62504397--62504440	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
62508368--62508540	46	3.7	46	75	7	188	28	28	20	21	1.98
62508376--62508544	93	1.8	93	93	0	293	27	30	20	21	1.98
62515903--62516072	46	3.7	46	75	13	168	29	28	19	22	1.98
62525068--62525296	48	4.9	48	77	9	222	29	24	18	27	1.98
62526589--62526639	27	1.9	26	84	4	66	11	19	25	43	1.85
62526903--62526979	28	2.7	29	73	16	81	25	33	12	27	1.93
62526903--62526980	29	2.7	29	78	11	90	26	33	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62531440--62531517	29	2.7	29	93	0	138	29	30	14	25	1.94
62532448--62532497	23	2.2	23	89	3	75	30	6	32	32	1.82
62537536--62537742	48	4.3	48	80	8	215	32	28	18	19	1.96
62537507--62537744	96	2.5	96	78	6	259	32	27	18	21	1.97
62542229--62542452	116	1.9	116	97	0	421	34	15	24	25	1.95
62544484--62544668	40	4.7	40	84	6	225	25	28	22	23	1.99
62544484--62544668	79	2.3	80	81	8	207	25	28	22	23	1.99
62557502--62557553	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62557604--62557663	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
62560465--62560595	40	3.2	40	81	6	158	22	29	24	23	1.99
62568501--62568630	40	3.2	40	83	4	165	23	29	24	23	1.99
62572384--62572605	48	4.6	48	76	1	203	36	27	15	20	1.93
62574245--62574274	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
62578447--62578728	40	7.1	40	83	7	292	22	23	28	25	1.99
62578486--62578707	118	1.9	120	85	5	317	22	23	27	26	1.99
62578443--62578728	120	2.4	120	80	9	334	23	23	27	25	2.00
62585779--62586080	40	7.6	40	90	3	405	22	24	27	25	2.00
62594089--62594331	40	6.1	39	87	4	285	23	24	28	24	2.00
62594129--62594331	79	2.5	80	86	3	284	23	24	28	24	2.00
62595820--62595870	22	2.3	22	89	0	75	33	17	19	29	1.95
62595833--62595881	22	2.2	22	92	0	80	28	16	18	36	1.92
62595833--62595894	22	2.8	22	87	0	61	30	16	19	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62597631--62597664	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
62599477--62599512	16	2.2	16	100	0	72	27	11	8	52	1.65
62601398--62601440	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
62602351--62602453	41	2.5	42	84	7	133	26	26	22	25	2.00
62602383--62602465	41	2.0	41	90	2	132	25	24	24	26	2.00
62605008--62605215	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
62605010--62605215	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
62612819--62612958	40	3.5	40	83	4	131	25	27	22	24	2.00
62612860--62613010	40	3.8	39	87	6	180	23	27	23	24	2.00
62617657--62617712	24	2.3	24	100	0	112	12	32	33	21	1.91
62618507--62618714	40	5.2	39	81	3	193	25	25	22	25	2.00
62618507--62618713	80	2.6	80	80	6	215	26	25	22	25	2.00
62625495--62625548	26	2.0	26	82	3	63	27	29	16	25	1.97
62625516--62625579	32	2.0	32	90	0	101	31	25	17	26	1.97
62629102--62629146	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
62630316--62630437	58	2.1	58	98	0	235	43	3	27	26	1.70
62634152--62634195	21	2.1	21	83	8	54	52	15	11	20	1.74
62650691--62651693	47	21.4	47	94	0	1713	32	9	29	28	1.88
62651577--62651648	22	3.0	25	67	19	71	34	6	29	29	1.83
62653760--62654001	120	2.0	120	91	1	387	27	19	26	26	1.99
62653760--62653969	40	5.2	40	97	0	393	28	19	25	27	1.99
62658563--62658713	79	1.9	79	83	5	198	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62658536--62658661	40	3.2	40	83	5	141	21	26	26	25	1.99
62669995--62670155	29	5.6	29	86	1	198	24	16	32	26	1.96
62675320--62675463	39	3.6	39	86	0	180	22	31	22	23	1.99
62677882--62678027	78	1.9	79	82	7	190	24	27	21	26	2.00
62677842--62678032	40	4.8	39	72	10	136	24	27	23	24	2.00
62679719--62680420	47	15.0	47	93	0	1172	33	9	29	27	1.88
62692514--62692565	26	2.0	27	85	11	72	26	25	17	30	1.97
62692619--62692675	24	2.4	24	87	0	87	19	22	17	40	1.91
62698341--62698525	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
62698334--62698525	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
62706400--62706584	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
62706393--62706584	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
62713253--62713475	39	5.7	39	84	7	283	23	21	28	26	1.99
62713253--62713475	118	1.9	119	85	6	310	23	21	28	26	1.99
62713253--62713508	79	3.3	78	84	7	313	25	21	27	25	1.99
62721012--62721236	40	5.7	40	86	5	260	24	22	28	25	1.99
62721012--62721234	79	2.8	80	88	5	317	24	22	27	25	2.00
62721012--62721236	119	1.9	120	86	6	323	24	22	28	25	1.99
62726798--62726841	20	2.2	20	100	0	88	31	25	18	25	1.97
62727161--62727379	79	2.8	78	87	5	300	23	21	28	26	1.99
62727161--62727381	39	5.7	40	83	7	285	23	21	28	26	1.99
62727161--62727414	79	3.3	78	82	10	288	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62734823--62734939	40	2.9	40	84	0	126	33	25	16	24	1.96
62741502--62741623	42	2.9	42	75	7	129	31	13	23	31	1.93
62746766--62746843	27	2.9	27	82	1	95	38	21	19	20	1.94
62746991--62747076	27	3.2	26	80	3	91	25	15	17	41	1.88
62747003--62747076	26	2.8	26	87	2	103	24	16	20	39	1.92
62747057--62747294	27	8.9	26	76	6	156	31	10	18	40	1.84
62747055--62747299	80	3.1	79	76	4	267	30	10	20	39	1.85
62747055--62747299	53	4.6	53	83	2	276	30	10	20	39	1.85
62751023--62751127	43	2.5	42	76	4	111	37	24	11	26	1.90
62753797--62753892	40	2.4	40	89	1	140	32	27	18	21	1.97
62757147--62757276	40	3.2	40	84	7	167	23	26	23	26	2.00
62765094--62765226	40	3.3	40	83	5	144	25	25	21	27	2.00
62768794--62768839	22	2.1	22	92	8	76	19	28	17	34	1.94
62786654--62786696	22	2.0	22	90	0	68	20	23	20	34	1.96
62787640--62787978	27	12.6	27	82	1	333	39	19	8	32	1.82
62787631--62787888	107	2.4	108	88	1	376	39	18	8	33	1.80
62788006--62788468	27	17.2	27	87	1	581	33	18	22	25	1.97
62788894--62788958	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
62789142--62789218	27	2.9	27	88	3	93	23	23	19	33	1.97
62789368--62789420	25	2.1	25	89	0	79	20	20	13	45	1.84
62789406--62789458	18	3.0	18	78	13	56	22	11	15	50	1.75
62791380--62791673	27	11.0	27	81	1	286	40	19	8	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62791389--62791648	54	4.8	54	86	1	353	41	19	7	31	1.79
62791519--62791716	27	7.4	27	76	11	106	38	18	9	33	1.83
62791770--62792041	27	10.1	27	83	2	269	34	18	20	25	1.96
62792468--62792532	22	3.0	22	80	8	78	20	20	23	36	1.95
62792691--62792779	27	3.3	27	81	6	99	17	21	21	39	1.93
62794490--62794708	40	5.4	40	84	2	242	25	21	26	25	2.00
62794490--62794708	120	1.8	121	84	3	298	25	21	26	25	2.00
62799135--62799161	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62799359--62799383	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
62800169--62800224	19	3.1	19	63	31	50	25	7	10	57	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427