genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  16  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4496225--4496332	25	4.2	26	95	2	184	37	24	4	34	1.76
4496225--4496332	51	2.1	51	93	3	182	37	24	4	34	1.76
4500058--4500343	136	2.1	137	98	0	547	31	25	19	24	1.98
4500590--4500642	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
4502122--4502229	26	4.2	26	94	3	184	37	25	4	33	1.76
4502122--4502229	50	2.1	50	93	3	164	37	25	4	33	1.76
4512251--4512286	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
4512330--4512401	37	1.9	37	83	10	94	58	5	5	30	1.44
4512936--4512988	23	2.3	23	100	0	106	73	3	7	15	1.20
4516048--4516183	26	5.2	26	91	0	218	34	5	24	36	1.78
4516854--4516917	3	20.7	3	79	17	53	60	0	3	35	1.12
4517752--4517786	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
4518429--4519006	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
4518597--4518658	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
4518754--4518788	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
4518806--4519336	72	6.8	73	74	14	395	33	18	17	30	1.95
4519176--4519336	75	2.1	74	84	8	211	32	20	18	28	1.96
4519003--4519643	164	3.9	165	93	2	1015	31	20	18	28	1.96
4518429--4519479	406	2.6	399	77	11	1025	34	19	17	28	1.95
4519251--4519424	91	2.0	88	88	6	262	33	20	19	27	1.96
4519340--4519480	73	1.9	74	92	2	239	27	23	19	29	1.98
4519341--4519500	73	2.1	74	87	6	234	31	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4519003--4519643	329	1.9	326	90	3	1023	31	20	18	28	1.96
4519504--4519643	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
4519708--4519873	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
4519873--4520136	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
4519873--4520136	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
4519711--4520303	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
4529589--4529624	16	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
4531257--4531309	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
4531618--4531698	32	2.4	34	75	8	85	27	19	23	29	1.98
4533631--4533729	3	33.3	3	70	13	53	27	5	3	64	1.29
4533789--4533817	13	2.1	14	93	6	51	27	0	6	65	1.18
4534002--4534043	22	1.9	22	90	0	66	23	7	2	66	1.28
4546533--4546743	86	2.4	86	81	3	237	36	21	19	22	1.95
4547578--4547607	10	2.9	10	95	5	51	76	3	0	20	0.92
4548119--4548166	12	3.8	12	76	10	51	27	6	4	62	1.38
4548336--4548376	21	1.9	22	90	5	66	24	7	2	65	1.30
4551263--4551304	22	1.9	22	90	0	66	66	2	7	23	1.28
4551471--4551518	12	3.8	12	81	10	60	64	4	4	27	1.30
4551471--4551528	26	2.2	25	79	8	62	63	3	6	25	1.35
4552732--4552839	25	4.2	26	92	2	175	34	4	23	37	1.75
4552732--4552839	51	2.1	51	91	3	173	34	4	23	37	1.75
4554455--4554567	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4554453--4554567	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
4554629--4554668	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
4558527--4558636	26	4.2	26	94	2	168	33	5	22	38	1.77
4558596--4558636	13	3.2	13	75	25	50	34	4	17	43	1.70
4560255--4560367	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
4560253--4560367	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
4561267--4561371	25	4.2	25	85	7	142	34	5	22	37	1.78
4562977--4563018	22	1.9	22	85	9	59	19	14	19	47	1.82
4563210--4563482	135	2.0	136	92	6	466	25	19	24	31	1.98
4569975--4570185	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
4569941--4570225	137	2.1	135	97	1	534	31	25	18	24	1.98
4572006--4572140	26	5.2	26	92	1	227	37	24	5	33	1.78
4575899--4576183	135	2.1	137	96	1	520	31	25	18	24	1.97
4577966--4578101	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
4580047--4580181	26	5.2	26	91	0	218	36	25	5	33	1.78
4585757--4585794	18	2.1	19	90	5	60	55	0	0	44	0.99
4589278--4589491	81	2.6	80	83	4	277	29	20	20	29	1.98
4589444--4589577	63	2.1	63	87	2	189	24	21	22	31	1.98
4589365--4589632	144	1.9	144	87	0	392	25	21	22	30	1.99
4589507--4589955	81	5.5	81	91	1	695	28	21	21	28	1.99
4589282--4589955	225	2.9	230	85	7	812	28	21	21	28	1.98
4594835--4595376	162	3.3	162	85	2	748	28	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4594840--4595376	81	6.6	81	81	0	617	28	18	22	30	1.97
4605416--4605446	15	2.1	15	100	0	62	22	12	19	45	1.84
4605795--4605824	15	2.1	15	93	6	53	43	0	13	43	1.43
4609893--4609950	31	1.9	30	85	3	80	51	5	10	32	1.58
4610063--4610232	88	1.9	88	80	4	200	44	10	12	33	1.75
4620798--4620847	3	16.7	3	95	0	91	68	2	0	30	1.01
4621379--4621423	24	1.9	24	86	4	65	46	2	2	48	1.26
4624977--4625033	30	1.9	30	100	0	114	33	3	0	63	1.12
4625821--4625846	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
4628026--4628052	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
4628339--4628369	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
4630313--4630345	17	1.9	17	100	0	66	39	0	0	60	0.97
4635281--4635459	30	6.0	30	89	1	236	26	48	3	21	1.67
4635282--4635334	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
4636024--4636097	2	39.5	2	73	17	52	39	2	1	56	1.22
4635965--4636093	56	2.3	54	79	14	138	36	3	3	55	1.36
4636116--4636174	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
4636132--4636180	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
4636337--4636379	8	5.5	8	83	5	52	30	2	2	65	1.18
4636337--4636379	16	2.8	16	89	3	61	30	2	2	65	1.18
4644853--4644902	21	2.4	20	77	9	55	30	4	18	48	1.66
4645727--4645774	20	2.4	20	86	13	64	56	8	0	35	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4645744--4645781	19	2.1	18	85	14	51	55	5	0	39	1.23
4645781--4645816	18	1.9	19	88	5	56	58	2	2	36	1.27
4647327--4647365	19	2.1	19	85	0	51	23	30	25	20	1.98
4650014--4650437	137	3.1	136	95	1	749	25	18	24	32	1.97
4651264--4651304	20	2.0	22	85	9	59	39	31	4	24	1.76
4651805--4651872	21	3.2	21	81	8	84	47	16	19	17	1.83
4666497--4666627	69	1.9	69	88	3	201	30	16	22	29	1.96
4666653--4666785	71	1.9	71	90	0	212	30	16	23	29	1.96
4666250--4667099	315	2.7	319	96	3	1566	29	17	21	32	1.96
4666250--4667098	159	5.4	160	96	2	1566	29	17	21	32	1.96
4666812--4667139	71	4.5	71	74	13	277	31	16	21	30	1.96
4666875--4667028	83	1.8	84	88	4	240	29	16	21	33	1.95
4667109--4667300	52	3.7	54	85	9	249	30	13	17	38	1.88
4671139--4671339	66	2.9	70	86	10	288	28	14	21	34	1.93
4671374--4671637	71	3.7	69	82	6	314	25	14	21	38	1.91
4671139--4671799	263	2.5	260	91	2	1048	26	14	21	37	1.92
4671516--4671762	122	2.0	124	89	3	383	24	13	22	39	1.90
4671637--4672077	72	6.1	71	68	10	279	25	16	21	36	1.93
4671867--4672078	74	2.9	74	82	4	241	26	16	23	32	1.96
4672068--4672102	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
4672083--4672774	73	8.8	77	72	16	314	29	18	19	32	1.96
4671921--4672578	165	4.0	165	89	3	922	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4672435--4672942	72	6.5	73	74	13	381	29	16	19	34	1.94
4672434--4673152	88	9.0	76	72	14	402	28	16	19	35	1.93
4672924--4672985	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
4672574--4673153	255	2.3	249	84	6	739	27	16	18	36	1.93
4673800--4673835	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
4673831--4673868	17	2.3	17	81	4	51	60	31	0	7	1.25
4674677--4674706	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
4679208--4679327	42	2.9	42	82	2	143	17	19	15	48	1.81
4679235--4679357	42	2.9	42	80	4	142	17	20	16	45	1.85
4681698--4681758	24	2.5	26	75	22	69	39	6	1	52	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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