genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23919456--23919565	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
23921512--23921660	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
23921553--23921660	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
23930492--23930532	22	1.9	22	95	5	75	19	29	41	9	1.83
23937024--23937174	39	3.8	39	89	0	230	23	31	20	23	1.98
23937024--23937173	78	1.9	79	93	1	257	24	31	20	24	1.98
23941026--23941095	3	23.3	3	100	0	140	65	0	0	34	0.93
23941094--23941128	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
23943778--23943930	39	3.9	39	95	0	261	18	24	32	23	1.97
23958927--23958951	9	2.8	9	100	0	50	12	16	24	48	1.79
23962137--23962228	40	2.3	40	84	0	112	26	23	27	22	2.00
23981649--23981788	40	3.5	40	79	6	135	22	25	22	30	1.99
23984681--23984758	18	4.5	16	78	13	75	20	1	1	76	0.92
23984681--23984748	6	11.5	6	87	9	95	19	0	1	79	0.81
23989929--23990099	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
23989924--23990096	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
23990519--23990578	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23997485--23997655	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
23997480--23997652	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
23998075--23998134	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
24003856--24004025	46	3.7	46	78	13	204	28	28	21	21	1.99
24003861--24004031	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004451--24004510	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
24008508--24008560	14	3.7	14	79	20	65	22	22	11	43	1.85
24019260--24019364	43	2.4	43	95	0	183	35	14	20	30	1.92
24019303--24019626	132	2.5	131	87	0	468	30	16	23	30	1.96
24019567--24019670	44	2.4	44	85	0	127	29	16	24	29	1.96
24019454--24019866	176	2.4	176	90	2	625	30	15	25	28	1.96
24019587--24019708	44	2.7	47	81	11	139	32	16	26	24	1.96
24019478--24019760	88	3.2	88	71	15	303	27	15	24	31	1.96
24019755--24019877	44	2.8	44	88	4	178	34	13	26	26	1.93
24020940--24021079	24	5.4	25	67	27	71	33	6	0	59	1.28
24020993--24021064	23	3.1	23	80	4	83	31	4	1	62	1.23
24021013--24021112	34	2.9	35	79	16	88	33	5	3	59	1.34
24031473--24031577	32	3.4	33	74	20	127	24	27	21	25	2.00
24031452--24031754	60	5.2	60	89	7	455	26	26	19	28	1.99
24031603--24031702	32	3.2	32	73	21	122	28	25	20	27	1.99
24031482--24031708	113	2.0	113	99	0	445	25	26	19	27	1.99
24040589--24040798	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24050873--24051082	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24059003--24059212	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24068972--24069126	39	3.9	39	92	0	247	25	20	30	23	1.98
24076142--24076296	39	3.9	39	93	0	256	24	20	31	23	1.98
24076142--24076334	39	4.9	39	89	1	244	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078849--24079029	78	2.3	80	82	6	217	26	21	27	24	1.99
24078850--24079032	40	4.6	39	78	10	194	26	21	27	24	1.99
24080673--24080730	29	1.9	31	93	6	102	36	18	6	37	1.78
24080701--24080744	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
24087803--24087844	18	2.4	18	84	4	50	71	0	2	26	0.98
24087819--24087877	26	2.2	28	82	11	70	64	0	6	28	1.19
24093665--24093717	3	18.0	3	82	3	63	33	1	1	62	1.17
24093765--24093819	15	3.8	14	75	20	51	34	7	0	58	1.26
24093788--24093835	19	2.6	18	83	9	60	31	12	0	56	1.37
24093940--24094294	3	118.0	3	74	13	241	30	6	2	60	1.34
24094209--24094291	44	1.9	43	85	7	114	30	4	2	62	1.28
24094574--24094629	3	18.7	3	79	0	58	35	5	1	57	1.32
24094739--24094790	25	2.1	24	85	3	68	21	5	1	71	1.17
24094732--24094790	9	6.7	9	75	9	50	20	6	1	71	1.18
24097108--24097166	30	2.0	30	89	0	91	25	15	27	32	1.95
24102888--24103050	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
24110815--24110977	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
24114156--24114234	19	4.2	19	87	9	117	37	11	16	34	1.85
24120140--24120240	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
24120169--24120240	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
24123239--24123299	7	9.0	7	80	10	65	83	0	13	3	0.76
24123228--24123292	19	3.3	19	85	8	94	83	0	13	3	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24123231--24123306	9	8.2	9	72	20	50	80	0	15	3	0.86
24123247--24123299	16	3.2	15	76	21	52	84	0	11	3	0.73
24124346--24124692	132	2.6	131	88	3	518	29	14	26	29	1.95
24124479--24124912	176	2.5	176	92	1	692	30	14	26	28	1.96
24124297--24124868	308	1.9	307	89	1	894	30	14	26	29	1.95
24124297--24124977	308	2.2	305	84	6	840	29	14	26	28	1.95
24124302--24125000	44	15.9	44	73	14	405	30	14	26	28	1.95
24124956--24125047	46	2.0	47	80	6	107	32	18	25	23	1.97
24125187--24125369	45	4.1	46	80	8	189	34	13	26	25	1.93
24125225--24125343	44	2.7	45	84	2	150	33	13	26	26	1.93
24125711--24125786	19	3.8	19	88	8	107	35	10	17	36	1.84
24127892--24128070	66	2.7	66	79	5	200	29	13	25	31	1.94
24130198--24130252	21	2.6	21	97	0	101	25	23	14	36	1.93
24143807--24143989	40	4.6	40	73	16	157	26	27	20	24	1.99
24143836--24143990	78	2.0	80	85	2	215	27	28	20	24	1.99
24152729--24152908	38	4.6	40	80	7	163	23	26	22	27	2.00
24160724--24160903	38	4.6	40	80	7	163	23	26	22	27	1.99
24164264--24164415	43	3.6	43	91	4	256	30	32	25	11	1.90
24164251--24164415	83	2.0	86	91	3	273	30	33	24	12	1.91
24164413--24164513	37	2.7	38	87	3	134	27	25	23	22	2.00
24169847--24169952	43	2.5	43	98	1	205	28	34	27	9	1.88
24169924--24169977	16	3.6	16	67	23	53	27	31	31	9	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169884--24170022	72	2.0	70	95	2	251	29	33	26	10	1.89
24170025--24170141	36	3.2	37	81	7	132	29	23	19	26	1.98
24174401--24174459	18	3.3	18	72	9	57	62	1	1	33	1.15
24174696--24174894	100	2.0	100	93	0	344	39	8	12	40	1.73
24176792--24176941	41	3.7	41	80	1	194	27	27	23	22	1.99
24184024--24184173	41	3.7	41	80	1	185	28	28	22	21	1.99
24187667--24187712	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
24193633--24193708	19	4.2	19	88	9	97	38	13	13	35	1.83
24193641--24193713	19	3.9	19	91	7	123	38	12	15	34	1.84
24193692--24193749	22	2.7	23	81	7	59	37	6	17	37	1.76
24196803--24196827	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
24199359--24199443	1	85.0	1	69	0	53	84	0	14	1	0.68
24199359--24199435	10	7.5	10	78	11	84	84	0	15	0	0.62
24199358--24199425	21	3.2	20	80	15	84	83	0	16	0	0.64
24199362--24199443	9	8.8	9	77	18	71	84	0	14	1	0.69
24199358--24199442	30	3.0	28	78	21	97	83	0	15	1	0.71
24199358--24199443	40	2.2	39	83	8	111	83	0	15	1	0.70
24199361--24199443	32	2.5	33	82	7	96	84	0	14	1	0.69
24199358--24199435	21	3.6	22	80	15	74	83	0	16	0	0.65
24199367--24199443	8	9.5	8	79	13	86	84	0	14	1	0.69
24200653--24200988	78	4.2	78	83	8	422	30	18	24	26	1.97
24200811--24200984	88	2.0	88	90	2	278	30	16	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24201186--24201351	87	1.9	88	86	5	237	31	15	29	24	1.95
24201096--24201367	45	6.1	45	75	8	232	31	15	28	24	1.96
24201702--24201757	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
24201700--24201778	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
24201700--24201771	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
24201700--24201794	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
24206297--24206334	19	2.0	20	84	5	51	26	23	0	50	1.50
24210507--24210938	48	9.0	48	91	0	675	30	27	7	35	1.84
24212029--24212073	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
24214831--24214870	17	2.2	17	91	8	62	75	0	25	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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