Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  57  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13939730--13939776
20
2.3
21
85
3
60
29
2
2
65
1.15
13946066--13946113
22
2.2
22
100
0
96
60
0
8
31
1.26
13950603--13950658
22
2.7
20
81
13
67
19
1
8
69
1.24
13953356--13953466
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
13960609--13960719
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
13962202--13962253
6
8.7
6
77
8
52
28
23
34
13
1.92
13962202--13962247
12
3.8
12
91
0
74
28
21
34
15
1.94
13965063--13965257
39
5.0
39
94
1
338
20
23
31
24
1.98
13965063--13965257
77
2.5
78
93
1
338
20
23
31
24
1.98
13976085--13976117
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
13986952--13986990
7
5.6
7
93
0
69
38
12
17
30
1.88
13997660--13997691
14
2.1
16
88
11
50
68
0
0
31
0.90
14011752--14011793
2
21.0
2
100
0
84
50
0
0
50
1.00
14015411--14015495
41
2.1
41
93
0
143
22
8
27
42
1.82
14016665--14016719
9
6.1
9
84
0
74
30
12
12
43
1.80
14016673--14016719
18
2.6
18
96
0
85
27
12
14
44
1.82
14020206--14020260
25
2.2
25
96
0
101
25
16
34
23
1.95
14021960--14022003
22
2.0
22
82
8
54
27
2
4
65
1.23
14022028--14022093
3
22.0
3
100
0
132
33
0
0
66
0.92
14022300--14022378
22
3.2
24
69
18
65
35
1
6
56
1.32
14022373--14022447
23
3.3
24
83
10
95
34
1
4
60
1.24
14022373--14022499
21
5.8
21
75
18
82
36
3
3
57
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14024020--14024064
20
2.3
20
92
3
74
35
0
2
62
1.08
14029284--14029351
30
2.3
31
80
17
81
54
7
4
33
1.48
14029280--14029366
27
3.2
26
79
11
77
54
5
5
34
1.48
14029433--14029475
18
2.4
17
81
11
50
60
2
4
32
1.30
14029820--14029871
3
17.3
3
100
0
104
67
0
0
32
0.91
14031627--14032012
87
4.4
86
78
8
372
37
19
16
26
1.93
14031838--14031869
14
2.3
14
94
0
55
75
0
9
15
1.05
14031922--14031956
14
2.5
14
90
0
52
57
5
20
17
1.60
14031627--14032095
175
2.7
171
81
9
494
36
20
16
26
1.94
14031936--14032089
77
2.0
77
93
0
263
32
22
18
25
1.97
14032882--14033005
44
2.8
44
80
10
130
17
20
12
49
1.79
14044001--14044038
16
2.4
16
86
4
51
60
5
2
31
1.33
14044635--14044702
30
2.3
31
80
17
81
54
7
4
33
1.48
14044769--14044802
14
2.3
15
90
5
52
55
5
8
29
1.54
14045435--14045531
3
32.3
3
100
0
194
67
0
0
32
0.91
14046662--14046721
27
2.2
27
82
5
68
43
21
8
26
1.81
14046680--14046887
27
7.7
26
76
10
141
40
18
8
32
1.81
14046680--14046860
54
3.3
54
80
8
170
41
18
7
32
1.79
14046647--14046802
81
1.9
81
82
7
192
41
19
9
30
1.83
14046907--14046984
27
2.9
28
78
14
76
37
21
19
21
1.95
14047794--14047876
25
3.4
24
85
8
96
28
21
22
26
1.99
14048083--14048165
31
2.7
31
96
3
152
28
16
26
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14048179--14048231
28
1.9
27
85
11
72
22
22
28
26
1.99
14049272--14049318
11
4.1
11
81
8
58
46
0
53
0
1.00
14049272--14049318
22
2.0
24
88
8
71
46
0
53
0
1.00
14051242--14051355
43
2.7
43
80
4
115
30
27
14
27
1.95
14052821--14053143
35
9.3
35
83
1
326
31
24
13
29
1.94
14052817--14053143
104
3.1
104
82
1
350
31
24
14
29
1.94
14052821--14053143
139
2.3
138
83
2
387
31
24
13
29
1.94
14053414--14053486
35
2.1
35
97
0
137
31
17
9
41
1.82
14055263--14055311
24
2.1
23
85
11
64
65
4
2
28
1.22
14056892--14056940
13
3.5
13
77
20
53
16
46
30
6
1.71
14062389--14062442
23
2.3
23
96
0
99
59
0
31
9
1.29
14064779--14067043
758
3.0
758
99
0
4503
37
8
17
35
1.81
14068905--14069012
21
5.1
21
86
5
128
14
23
25
36
1.93
14069167--14069209
18
2.3
18
84
4
59
51
0
23
25
1.49
14070094--14070280
46
3.8
46
71
14
133
26
15
27
29
1.96
14075114--14075214
27
3.6
27
79
9
94
41
1
5
50
1.38
14075749--14075778
9
3.3
9
100
0
60
40
0
0
60
0.97
14075747--14075796
20
2.6
19
84
6
66
46
0
0
54
1.00
14079155--14079214
27
2.2
27
84
3
75
38
3
11
46
1.57
14079880--14079949
27
2.6
28
88
4
99
42
1
7
48
1.39
14079906--14079955
14
3.6
14
74
15
50
50
0
6
44
1.26
14079880--14079953
28
2.7
29
83
10
93
44
1
6
47
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14083356--14083388
11
2.9
11
95
4
57
90
0
9
0
0.44
14083354--14083388
17
2.1
17
94
0
61
91
0
8
0
0.42
14087311--14087346
19
1.9
18
88
5
54
41
2
2
52
1.30
14088795--14088888
48
2.0
48
100
0
188
11
18
31
38
1.86
14089027--14089138
40
2.8
40
81
10
120
29
19
26
24
1.98
14092826--14093108
135
2.1
135
97
1
532
31
25
18
24
1.97
14094887--14094970
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
14098713--14098996
136
2.1
135
97
0
541
31
25
18
24
1.97
14100779--14100861
26
3.2
26
93
3
141
37
24
4
33
1.77
14101606--14101635
14
2.2
13
94
5
51
50
0
13
36
1.42
14102092--14102120
15
1.9
15
100
0
58
24
6
20
48
1.74
14102394--14103051
272
2.4
273
98
0
1284
35
14
13
36
1.85
14103143--14103210
24
2.8
24
84
8
93
26
19
7
47
1.75
14103531--14103756
9
24.6
9
76
8
143
47
12
0
38
1.48
14103531--14103766
18
12.7
18
74
9
163
47
12
0
38
1.48
14103559--14103780
114
1.9
114
85
3
304
47
12
0
39
1.48
14109412--14109462
21
2.4
21
80
0
66
29
19
49
1
1.60
14109716--14109782
31
2.2
31
83
0
80
17
4
17
59
1.53
14109862--14110148
43
6.7
41
91
3
376
24
32
19
23
1.98
14109862--14110163
86
3.5
86
92
0
487
24
32
18
23
1.97
14109862--14110144
129
2.2
129
94
0
494
24
32
19
22
1.97
14112965--14113003
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14116162--14116198
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
14120213--14120241
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
14126645--14126679
17
2.0
18
94
5
63
48
0
0
51
1.00
14129476--14129669
105
1.8
106
83
1
255
39
19
9
31
1.84
14130779--14130987
96
2.2
98
84
6
282
38
1
17
41
1.61
14131072--14131610
126
4.3
126
89
0
810
33
17
21
26
1.96
14134367--14134397
15
2.1
15
93
0
53
70
0
6
22
1.09
14134424--14134473
20
2.4
22
86
10
77
40
0
30
30
1.57
14134424--14134475
11
4.9
11
83
9
72
42
0
28
28
1.56
14134424--14134487
31
2.1
31
85
5
85
42
0
26
31
1.56
14135466--14135502
17
2.2
17
90
0
56
51
2
0
45
1.15
14149224--14149254
3
10.3
3
100
0
62
67
0
0
32
0.91
14150228--14150283
25
2.2
26
84
15
82
75
0
12
12
1.06
14150975--14151025
25
2.0
25
100
0
102
56
7
0
35
1.28
14157774--14157799
6
4.3
6
100
0
52
19
15
50
15
1.79
14158722--14158780
31
1.9
31
92
0
100
54
6
3
35
1.44
14158724--14158795
16
4.6
16
80
15
78
50
8
2
38
1.47
14162095--14162216
60
2.0
60
91
0
199
38
15
19
26
1.92
14183854--14183887
9
3.8
9
100
0
68
20
0
0
79
0.73
14188311--14188348
5
7.6
5
88
11
60
18
0
0
81
0.69
14188390--14188421
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
14188391--14188421
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14192786--14192818
5
6.8
5
93
6
59
81
0
0
18
0.68
14192787--14192817
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
14192786--14192818
14
2.3
15
94
5
59
81
0
0
18
0.68
14205644--14205699
24
2.3
25
82
14
73
66
0
25
8
1.21
14206138--14206175
20
2.0
19
85
10
51
60
0
23
15
1.35
14206373--14206435
24
2.6
24
87
2
90
71
3
20
4
1.18
14206574--14206640
30
2.2
32
82
12
88
26
7
20
44
1.78
14212070--14212174
43
2.4
43
91
0
165
30
20
16
32
1.95
14214158--14214204
23
2.0
23
100
0
94
48
21
8
21
1.76
14214158--14214211
23
2.5
22
91
8
76
50
18
7
24
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427