genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  230  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65165608--65165720	56	2.0	56	100	0	226	33	10	23	32	1.89
65166564--65166767	38	5.3	38	82	2	210	19	20	26	34	1.96
65167912--65168227	49	6.5	49	86	5	408	33	25	14	26	1.95
65173669--65173732	32	2.0	32	93	6	112	35	17	21	25	1.95
65180559--65180645	27	3.2	27	85	0	93	29	22	5	41	1.77
65180682--65180806	27	4.7	26	77	10	119	41	19	8	31	1.80
65180682--65180795	54	2.1	55	82	8	144	41	18	7	32	1.79
65180702--65180806	54	1.9	54	88	3	158	40	19	8	31	1.81
65180706--65180861	27	5.7	27	75	10	104	41	18	8	30	1.81
65180910--65180986	27	2.9	25	79	9	82	35	22	20	22	1.96
65181796--65181865	25	2.8	25	86	0	95	27	24	21	27	1.99
65185858--65186470	310	2.0	310	98	0	1172	38	13	12	36	1.82
65188052--65188108	27	2.2	26	78	12	62	28	15	21	35	1.94
65188062--65188248	27	7.0	26	87	3	187	20	14	20	44	1.86
65188060--65188262	54	3.8	53	81	7	214	20	16	19	43	1.88
65188062--65188248	81	2.3	81	80	5	209	20	14	20	44	1.86
65189165--65189205	12	3.4	12	90	6	57	17	41	0	41	1.49
65189909--65189942	15	2.3	15	94	0	59	14	5	11	67	1.39
65192143--65192192	24	2.0	25	85	11	68	56	0	36	8	1.29
65192815--65192859	21	2.2	20	77	11	56	40	6	0	53	1.27
65194304--65194337	17	2.0	17	88	11	52	58	11	2	26	1.47
65196509--65196587	33	2.4	33	85	4	97	22	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65204228--65204448	40	5.6	40	77	6	209	23	25	24	26	2.00
65207675--65208028	49	7.3	49	93	0	554	32	7	30	29	1.86
65216678--65216859	40	4.6	40	83	4	244	23	28	24	24	2.00
65219318--65219502	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65219319--65219510	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65219318--65219535	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65229341--65229418	29	2.7	29	89	0	93	25	32	16	25	1.96
65230588--65230643	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
65233080--65233264	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65233081--65233272	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65233080--65233297	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65237681--65237783	29	3.6	29	89	2	145	26	31	15	27	1.96
65238307--65238333	13	2.1	13	100	0	54	48	22	7	22	1.75
65243890--65244053	40	4.1	39	86	6	213	23	23	28	25	2.00
65243890--65244053	80	2.0	80	88	4	242	23	23	28	25	2.00
65246707--65246843	50	2.7	50	86	6	181	25	16	27	31	1.96
65258915--65259085	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65266932--65267102	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65272941--65273059	29	4.2	29	82	2	143	29	13	26	31	1.94
65278382--65278553	40	4.3	39	80	5	168	26	26	21	26	2.00
65278373--65278553	80	2.3	80	82	2	213	25	25	21	26	2.00
65280426--65280565	40	3.5	40	91	0	217	26	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65280423--65280607	40	4.6	40	85	4	203	28	22	25	22	1.99
65280536--65280619	40	2.1	40	84	4	107	27	26	26	20	1.99
65283120--65283270	29	5.3	29	76	7	123	28	31	13	26	1.94
65283125--65283270	57	2.6	54	80	14	152	28	32	13	26	1.93
65290929--65291041	29	3.9	29	79	5	131	25	33	14	26	1.94
65290938--65291065	57	2.2	57	81	10	138	23	35	14	27	1.93
65292849--65293009	43	3.7	43	77	12	152	32	26	17	23	1.97
65294016--65294048	17	1.9	17	93	0	57	6	27	0	66	1.15
65294966--65295023	26	2.2	27	78	12	66	34	29	10	25	1.89
65295127--65295242	27	4.3	27	76	5	90	20	23	20	35	1.96
65298132--65298233	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
65306124--65306225	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
65311200--65311367	40	4.2	40	76	7	162	26	23	26	23	2.00
65319073--65319110	14	2.7	14	88	8	51	57	21	0	21	1.40
65320879--65321032	43	3.6	43	78	12	165	31	25	18	24	1.98
65322078--65322157	34	2.4	34	78	2	90	25	23	21	30	1.99
65325355--65325466	27	4.2	26	86	6	134	19	22	19	38	1.94
65331920--65331992	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
65339850--65339922	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
65344301--65344389	27	3.3	27	82	7	108	20	20	21	38	1.94
65344299--65344389	28	3.3	27	84	6	103	19	19	21	38	1.94
65344348--65344407	27	2.3	26	79	2	66	25	21	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65352176--65352235	26	2.4	25	80	5	75	31	23	21	23	1.98
65352186--65352247	26	2.4	26	88	0	88	24	25	19	30	1.98
65352465--65352544	31	2.6	31	87	0	115	33	21	25	20	1.97
65360143--65360202	26	2.4	25	80	5	75	31	23	21	23	1.98
65360153--65360214	26	2.4	26	88	0	88	24	25	19	30	1.98
65360432--65360510	31	2.5	31	79	0	95	35	18	24	21	1.96
65365430--65365495	33	2.0	33	90	0	105	25	30	22	21	1.99
65365463--65365594	40	3.3	41	76	7	144	25	27	22	24	2.00
65373574--65373757	40	4.6	40	84	4	246	22	28	24	24	2.00
65373574--65373757	79	2.3	79	87	5	255	22	28	24	24	2.00
65381844--65381944	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
65381874--65381951	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
65391340--65391492	83	1.8	83	92	2	263	23	21	30	24	1.99
65391318--65391520	40	5.0	40	84	9	252	23	21	28	26	1.99
65395557--65395617	30	2.0	30	87	6	88	29	24	6	39	1.80
65397166--65397215	12	4.2	12	85	10	75	46	14	0	40	1.44
65397159--65397218	24	2.5	24	79	17	70	46	13	0	40	1.43
65407216--65407337	39	3.1	39	96	0	217	22	31	23	21	1.98
65407318--65407354	17	2.2	17	95	0	65	27	35	16	21	1.94
65407279--65407393	56	2.1	56	98	0	221	22	32	22	22	1.98
65407335--65407509	39	4.5	39	92	0	287	23	29	23	24	1.99
65407240--65407432	95	2.0	95	93	0	332	23	31	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65407216--65407471	134	1.9	134	94	0	449	23	30	23	22	1.99
65411936--65412042	52	2.1	52	89	3	162	35	23	14	26	1.94
65424298--65424479	50	3.7	49	81	3	204	32	25	15	26	1.95
65427680--65427766	20	4.3	20	85	2	122	39	9	17	34	1.81
65427689--65427766	11	7.6	11	68	16	60	39	8	16	34	1.80
65427687--65427766	31	2.6	31	75	16	87	38	8	17	35	1.81
65427814--65427908	26	3.8	25	79	4	95	26	22	22	29	1.99
65427812--65427921	51	2.2	48	85	6	139	29	20	21	29	1.98
65428130--65428223	31	3.1	31	96	3	181	34	11	25	28	1.91
65435845--65435891	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
65435964--65436040	25	3.2	24	76	8	77	28	14	22	35	1.93
65435963--65436023	25	2.5	25	83	2	79	26	11	24	37	1.89
65436254--65436317	31	2.1	31	90	0	101	37	14	21	26	1.92
65437801--65437876	40	1.9	40	86	10	111	35	30	15	18	1.92
65440203--65440370	24	7.0	24	91	2	266	28	22	20	28	1.98
65440420--65440486	20	3.3	20	87	0	89	35	20	10	32	1.87
65440523--65440570	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65451062--65451218	42	3.7	43	74	9	133	26	19	25	28	1.98
65451609--65451989	206	1.8	206	96	0	708	30	7	18	43	1.79
65454651--65454870	42	5.1	42	73	8	154	29	28	17	25	1.97
65457115--65457207	40	2.3	40	81	7	109	31	26	16	25	1.96
65459358--65459525	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65459374--65459523	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
65467360--65467526	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
65467376--65467524	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
65470903--65471030	25	4.9	25	80	9	105	43	11	21	22	1.85
65470903--65471003	31	3.5	31	81	14	142	45	11	21	20	1.83
65470908--65471050	50	2.9	50	82	10	168	45	11	20	21	1.83
65470933--65471043	25	4.4	25	80	4	116	45	10	20	22	1.82
65472710--65472795	36	2.3	36	92	7	138	26	33	18	20	1.96
65472864--65473449	49	11.4	49	75	14	376	29	30	9	31	1.88
65472844--65473449	98	5.9	98	77	13	509	29	30	9	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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