genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  234  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66266874--66267001	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
66270549--66270582	17	1.9	18	94	5	61	11	23	44	20	1.84
66271216--66271248	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
66278859--66278949	45	2.0	45	84	0	119	36	21	13	28	1.91
66282453--66282654	53	4.0	52	81	10	197	25	17	28	28	1.97
66286049--66286081	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
66286651--66286712	30	2.1	30	100	0	124	64	16	6	12	1.47
66290430--66290498	28	2.5	28	81	13	72	75	0	4	20	0.97
66290440--66290499	5	12.4	5	78	19	65	78	0	3	18	0.89
66290440--66290499	28	2.1	29	90	6	95	78	0	3	18	0.89
66293717--66294245	263	2.0	263	98	0	1022	23	19	17	38	1.93
66300429--66300543	31	3.7	31	92	1	178	28	22	17	31	1.97
66300567--66300658	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
66300802--66300947	49	2.9	50	87	5	208	28	23	21	26	1.99
66300802--66300947	25	5.8	26	85	5	194	28	23	21	26	1.99
66301748--66301831	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
66301883--66301935	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
66301893--66302214	27	11.9	27	75	8	152	31	9	18	40	1.83
66301890--66302188	54	5.5	54	78	4	244	31	9	18	40	1.83
66301980--66302214	81	2.9	80	87	4	276	30	8	20	40	1.82
66302118--66302255	27	5.2	26	78	7	102	32	7	21	38	1.81
66302090--66302239	80	1.9	80	80	5	178	32	8	20	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66302207--66302336	27	4.9	27	90	0	190	42	8	20	29	1.81
66302202--66302375	81	2.2	80	76	4	179	38	8	18	34	1.81
66304126--66304193	28	2.4	28	87	0	91	30	29	11	27	1.92
66317227--66317378	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
66323751--66323784	17	2.0	17	100	0	68	41	29	11	17	1.85
66331361--66331481	42	2.8	43	72	5	111	28	21	23	26	1.99
66334848--66335003	79	2.0	80	94	1	278	29	15	5	49	1.68
66344691--66344854	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66344691--66344888	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
66347137--66347186	26	2.0	26	84	4	66	52	2	0	46	1.12
66349485--66349602	39	3.0	39	89	0	182	21	23	30	24	1.99
66355444--66355615	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
66355468--66355651	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
66375313--66375424	40	2.8	41	87	6	158	21	28	25	24	1.99
66386102--66386214	27	4.2	26	86	8	145	36	23	23	16	1.94
66386102--66386214	55	2.1	54	88	5	165	36	23	23	16	1.94
66388445--66388660	40	5.4	40	92	2	314	25	27	22	24	2.00
66394588--66394694	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
66394594--66394723	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
66402651--66402757	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
66402657--66402786	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
66402656--66402821	79	2.1	79	78	6	176	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66403347--66403378	16	2.0	16	100	0	64	25	12	37	25	1.91
66405732--66405844	27	4.2	26	84	12	138	37	23	23	16	1.94
66405732--66405844	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
66412090--66412250	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
66416593--66416632	19	2.1	19	100	0	80	25	0	20	55	1.44
66418664--66418870	53	3.8	54	77	4	222	38	17	23	19	1.93
66420312--66420462	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
66420312--66420461	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
66425260--66425316	29	2.0	29	92	0	96	38	8	29	22	1.85
66427096--66427141	24	1.9	24	86	8	67	21	30	30	17	1.96
66440608--66440759	40	3.8	40	77	6	139	23	26	23	27	2.00
66440608--66440757	80	1.9	80	84	8	207	22	26	23	27	2.00
66450568--66450836	47	5.7	47	76	10	198	30	18	27	23	1.98
66451208--66451233	12	2.2	12	100	0	52	15	7	23	53	1.67
66455140--66455249	39	2.8	41	83	12	133	23	25	29	21	1.99
66455137--66455265	40	3.2	40	80	6	156	23	24	28	24	1.99
66458623--66458884	27	9.7	27	86	4	251	31	24	7	37	1.83
66458648--66458884	54	4.4	54	84	3	316	30	24	7	37	1.82
66458623--66458884	81	3.2	81	86	3	357	31	24	7	37	1.83
66458603--66458948	27	12.9	27	80	6	150	34	23	6	34	1.82
66458603--66458913	54	5.8	54	78	4	261	33	23	7	36	1.82
66458648--66458913	107	2.5	107	83	3	345	31	24	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66458905--66459018	54	2.1	54	85	6	151	40	24	8	26	1.84
66458877--66459018	27	5.3	27	77	6	135	41	23	7	27	1.81
66460445--66460519	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
66460503--66460576	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
66468309--66468383	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
66468367--66468440	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
66471541--66471691	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
66479553--66479703	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66479590--66479719	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66493808--66493991	40	4.6	40	83	5	212	25	23	26	25	2.00
66503304--66503368	26	2.3	28	85	15	82	70	3	9	16	1.26
66510532--66510556	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
66511290--66511329	21	1.9	21	100	0	80	42	5	22	30	1.75
66514119--66514221	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
66514089--66514221	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
66519052--66519227	29	6.1	29	85	3	187	27	30	14	27	1.95
66519057--66519221	87	1.9	86	83	6	217	26	30	15	27	1.96
66519445--66519487	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
66523126--66523180	27	2.0	27	96	0	101	27	18	36	18	1.94
66536068--66536099	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
66536416--66536445	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
66536769--66537212	222	2.0	222	94	0	782	38	9	16	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66540508--66540565	30	1.9	30	92	0	98	34	13	25	25	1.93
66540905--66541109	46	4.4	45	79	8	173	27	20	29	22	1.98
66544307--66544407	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
66549530--66549660	29	4.6	29	87	1	165	29	15	31	24	1.95
66549531--66549651	57	2.1	58	87	1	172	31	15	28	23	1.96
66552604--66552652	25	2.0	25	87	0	71	36	4	2	57	1.30
66552597--66552707	10	10.7	10	69	20	52	31	6	1	60	1.32
66552616--66552660	7	6.7	7	78	17	51	40	2	0	57	1.11
66552684--66552717	7	4.7	7	85	7	50	29	0	0	70	0.87
66552623--66552717	33	3.0	29	69	24	68	31	5	1	62	1.24
66557778--66557838	29	2.1	28	90	3	95	29	14	27	27	1.95
66557785--66557901	29	4.0	29	85	0	135	28	13	30	27	1.94
66560815--66560853	16	2.4	16	95	0	69	51	35	5	7	1.53
66561171--66561317	29	5.2	29	81	5	133	29	12	31	25	1.93
66574589--66574639	19	2.7	19	90	6	77	27	17	3	50	1.63
66578256--66578330	27	2.9	27	80	4	91	24	25	21	29	1.99
66581483--66581800	94	3.3	93	80	10	299	25	18	30	25	1.98
66581621--66581803	50	3.7	50	73	15	168	23	19	32	24	1.97
66581486--66581800	47	6.7	47	71	14	195	26	18	30	25	1.98
66585959--66586002	20	2.2	20	95	0	79	18	25	34	22	1.96
66585966--66586010	20	2.2	20	88	0	63	15	24	35	24	1.94
66599560--66599919	46	7.6	47	72	11	217	27	19	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66599560--66599919	47	7.6	48	70	16	177	27	19	28	24	1.98
66601108--66601134	11	2.5	11	100	0	54	25	33	7	33	1.84
66602318--66602391	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
66610256--66610329	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
66633181--66633294	44	2.6	44	76	2	122	30	15	22	30	1.95
66634420--66634453	11	3.1	11	100	0	68	73	0	26	0	0.83
66634420--66634452	6	5.8	6	86	13	52	72	0	27	0	0.85
66638536--66638612	25	3.1	25	84	0	109	29	16	22	31	1.96
66638530--66638649	50	2.4	50	81	2	152	32	20	20	26	1.97
66640479--66640538	30	2.0	30	93	0	102	43	13	18	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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