genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18051545--18051599	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
18051647--18051694	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18058141--18058170	12	2.5	12	100	0	60	10	26	50	13	1.73
18063335--18063382	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
18063430--18063483	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
18063425--18063483	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
18063534--18063676	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
18063534--18063676	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
18063534--18063677	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
18063868--18063931	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
18067927--18067974	25	1.9	25	91	0	78	35	25	12	27	1.92
18068018--18068081	20	3.2	20	93	0	101	34	10	23	31	1.89
18068126--18068270	24	6.0	24	88	5	195	29	22	21	26	1.99
18068462--18068525	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
18074125--18074260	44	3.2	43	80	11	129	25	17	25	32	1.97
18074125--18074283	43	3.7	43	76	10	155	25	18	25	31	1.97
18075509--18075633	21	6.0	21	83	3	162	17	20	16	46	1.84
18076959--18077032	30	2.5	30	90	0	112	17	37	27	17	1.92
18077891--18078193	106	2.9	105	82	4	369	27	24	28	20	1.99
18078351--18078388	20	1.9	20	88	0	58	36	15	0	47	1.46
18081171--18081440	143	1.9	143	92	0	459	34	16	17	31	1.92
18081520--18081726	69	3.0	68	82	3	245	22	6	24	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18092776--18093115	27	12.6	27	88	2	459	27	23	9	38	1.86
18092824--18093159	81	4.2	80	82	4	235	29	23	8	38	1.85
18093094--18093180	27	3.2	27	80	6	95	40	22	6	29	1.80
18094497--18094559	20	3.2	20	90	0	99	36	12	19	31	1.89
18094614--18094803	24	8.0	24	87	3	260	28	22	21	27	1.99
18094614--18094804	47	4.0	47	87	4	260	29	21	21	27	1.99
18094613--18094782	71	2.4	71	93	2	297	30	21	20	27	1.98
18094997--18095060	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
18096293--18096338	21	2.2	21	88	0	65	43	2	13	41	1.55
18098789--18098943	40	3.8	40	76	12	131	30	17	25	26	1.97
18103039--18103167	28	4.5	30	85	9	153	31	13	26	28	1.94
18103039--18103167	57	2.2	58	86	4	172	31	13	26	28	1.94
18110989--18111117	28	4.5	30	85	9	153	31	13	26	28	1.94
18110989--18111117	57	2.2	58	86	4	172	31	13	26	28	1.94
18113631--18113691	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
18113741--18113858	46	2.5	48	87	6	161	28	21	22	27	1.99
18113741--18113858	24	5.0	24	86	7	161	28	21	22	27	1.99
18114050--18114144	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
18120630--18120677	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
18120724--18120780	20	2.8	20	94	0	96	35	12	21	31	1.90
18120830--18120971	24	6.0	24	91	3	207	28	21	22	26	1.99
18120830--18120971	47	3.0	47	90	4	205	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18120830--18120972	71	2.0	71	89	2	216	29	21	22	26	1.99
18121163--18121257	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
18128470--18128546	38	2.0	38	94	0	136	28	27	15	28	1.96
18128515--18128648	48	2.8	48	82	3	164	30	20	14	33	1.93
18131328--18131399	28	2.6	28	80	4	74	20	27	30	20	1.98
18131578--18131658	27	3.1	26	82	8	101	37	20	18	23	1.94
18131795--18131993	27	7.4	27	81	3	204	25	22	17	35	1.95
18131794--18131993	81	2.5	81	83	3	233	25	22	18	35	1.96
18137712--18137757	22	2.1	22	95	0	83	39	13	19	28	1.89
18140881--18140936	26	2.2	26	100	0	112	51	19	10	17	1.74
18144679--18144786	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
18148507--18148549	22	1.9	23	90	4	70	44	20	16	18	1.87
18148722--18148777	23	2.4	23	85	5	69	51	35	1	10	1.47
18148742--18148836	28	3.6	24	81	13	93	47	32	4	15	1.65
18148754--18148839	28	3.0	28	89	1	136	47	29	4	18	1.68
18149842--18149898	29	2.0	29	89	0	87	31	33	12	22	1.91
18153933--18153965	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
18154288--18154313	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
18157899--18158037	40	3.4	40	83	10	140	28	28	13	28	1.94
18165377--18165463	40	2.2	40	79	10	97	28	21	14	34	1.94
18171214--18171463	124	2.0	124	99	0	491	24	12	11	52	1.71
18171994--18172018	11	2.3	11	100	0	50	40	0	8	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18182764--18182801	12	3.2	12	85	3	51	36	0	10	52	1.36
18186651--18186753	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
18194449--18194551	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
18198486--18198693	40	5.2	40	87	1	267	23	20	28	27	1.99
18201878--18201945	35	1.9	35	84	0	91	50	19	14	16	1.79
18205245--18205275	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
18218503--18218713	40	5.3	40	87	0	242	26	23	24	26	2.00
18226486--18226752	40	6.7	40	82	0	282	27	22	24	25	2.00
18226487--18226753	80	3.3	80	87	3	335	26	23	24	25	2.00
18228710--18228932	43	5.2	43	79	3	209	39	21	16	22	1.92
18228772--18228932	86	1.9	85	88	1	241	40	21	14	22	1.90
18230070--18230134	29	2.2	29	83	10	78	47	12	16	23	1.80
18233032--18233078	21	2.1	23	88	11	71	72	0	6	21	1.07
18236794--18236901	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
18244176--18244283	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
18245505--18245692	42	4.5	42	88	0	268	30	23	13	32	1.93
18246003--18246035	17	1.9	17	93	0	57	39	15	6	39	1.72
18246494--18246523	14	2.1	14	100	0	60	20	6	6	66	1.38
18247748--18247797	21	2.4	21	89	0	73	28	18	8	46	1.77
18257924--18257962	19	2.1	19	95	0	69	28	10	15	46	1.78
18260219--18260284	32	2.1	32	91	5	107	42	7	22	27	1.80
18262347--18262405	28	2.1	28	96	0	109	30	16	8	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18262352--18262410	13	4.5	13	81	10	66	30	13	8	47	1.73
18267227--18267337	26	4.2	26	91	4	170	34	4	24	36	1.76
18267227--18267337	53	2.1	52	90	5	170	34	4	24	36	1.76
18268818--18268866	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
18273001--18273109	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
18276909--18276955	24	2.0	24	87	8	69	40	6	6	46	1.55
18281264--18281310	24	2.0	24	87	8	69	38	6	8	46	1.60
18282831--18282900	25	2.8	26	81	14	92	25	17	8	48	1.75
18285774--18285873	20	5.0	20	74	7	87	10	32	21	37	1.86
18287988--18288042	26	2.1	26	96	0	101	29	18	20	32	1.96
18288753--18288794	20	2.0	21	86	4	59	50	11	11	26	1.74
18289925--18290242	39	8.1	39	83	4	381	34	32	17	15	1.91
18289925--18290242	78	4.1	78	87	1	422	34	32	17	15	1.91
18296035--18296169	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
18297655--18297706	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
18301836--18301970	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
18303454--18303504	25	2.0	25	85	7	68	39	23	11	25	1.89
18305962--18306123	43	3.8	43	93	0	270	29	20	27	22	1.99
18306701--18306733	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
18306997--18307046	16	3.6	16	65	34	51	34	0	12	54	1.38
18307001--18307059	25	2.4	25	100	0	118	28	0	13	57	1.37
18314995--18315050	30	2.0	27	86	10	76	44	8	3	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18315740--18315823	40	2.1	40	86	4	116	29	17	29	22	1.97
18316648--18316690	21	2.0	21	82	8	52	46	18	0	34	1.50
18316661--18316751	21	4.0	21	68	11	56	45	24	3	27	1.69
18316693--18316722	15	2.0	15	93	0	51	53	30	0	16	1.44
18316813--18316869	21	2.7	21	88	2	78	50	26	0	22	1.49
18317034--18317090	29	2.0	29	89	6	89	35	8	1	54	1.42
18317225--18317289	3	21.7	3	96	0	121	66	0	1	32	1.01
18320811--18320938	9	13.6	9	75	9	112	47	21	0	30	1.56
18320824--18320936	57	2.0	57	87	0	163	46	23	0	29	1.58
18326479--18326523	21	2.1	21	95	0	81	22	20	57	0	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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