genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19081153--19081190	19	2.0	19	100	0	76	36	5	0	57	1.21
19085039--19085074	17	2.1	18	90	10	58	66	5	16	11	1.40
19086864--19086888	7	3.6	7	100	0	50	60	0	16	24	1.36
19103256--19103305	24	2.1	24	100	0	100	60	8	16	16	1.58
19107127--19107161	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
19114940--19115077	27	5.2	26	92	4	204	36	23	24	14	1.93
19116486--19116538	24	2.2	24	96	0	97	20	43	3	32	1.70
19135957--19135998	22	1.9	22	100	0	84	38	26	9	26	1.87
19141448--19141517	31	2.3	31	84	0	95	27	25	22	24	2.00
19141472--19141563	46	2.0	46	89	0	139	26	22	25	26	2.00
19141518--19141576	31	1.9	31	96	0	109	25	25	20	28	1.99
19141556--19141732	50	3.5	50	92	0	273	25	22	15	36	1.93
19149784--19149837	27	2.0	27	88	0	81	35	22	16	25	1.95
19162822--19162858	13	2.8	13	91	0	56	8	27	35	29	1.85
19163372--19163410	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
19164072--19164175	39	2.6	39	83	4	120	40	25	17	16	1.90
19176523--19176566	19	2.2	21	77	22	51	56	4	6	31	1.46
19182089--19182135	23	2.0	23	100	0	94	38	31	12	17	1.87
19186052--19186094	19	2.2	20	80	12	54	34	18	0	46	1.50
19186455--19186523	33	2.2	32	84	10	88	40	20	0	39	1.52
19187245--19187274	16	1.9	16	93	6	53	0	26	6	66	1.16
19187539--19187579	21	2.0	21	85	0	55	46	4	0	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19188904--19188945	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
19189351--19189435	44	1.9	44	97	0	161	38	23	12	24	1.90
19189358--19189427	20	3.3	20	68	14	59	38	25	12	22	1.90
19189368--19189439	20	3.4	20	69	14	63	37	26	13	22	1.92
19190738--19190790	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19192269--19192333	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
19197154--19197196	12	3.6	12	100	0	86	13	51	25	9	1.71
19198784--19198836	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19200315--19200379	32	2.0	32	96	0	121	36	24	6	32	1.80
19202095--19202160	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
19202112--19202209	19	5.2	19	85	7	128	35	16	8	39	1.78
19202112--19202202	36	2.4	37	87	7	121	36	15	8	39	1.78
19207152--19207302	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
19214667--19214817	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
19219258--19219290	13	2.6	13	90	4	50	75	0	0	24	0.80
19222170--19222216	2	23.5	2	95	0	85	46	0	0	53	1.00
19225172--19225206	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
19227509--19227542	16	2.1	16	88	0	50	41	5	8	44	1.60
19229657--19229726	29	2.4	29	85	4	88	45	0	1	52	1.09
19231557--19231600	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05
19231746--19231784	7	5.7	7	96	3	71	0	0	10	89	0.48
19231748--19231793	20	2.2	21	84	3	58	4	2	13	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19241151--19241205	27	2.0	28	92	3	94	34	0	10	54	1.36
19250369--19250420	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
19254260--19254385	66	1.9	67	85	4	175	42	7	2	47	1.45
19254222--19254378	74	2.1	74	77	9	158	45	8	2	43	1.47
19257085--19257120	17	2.1	17	90	10	56	5	2	11	80	0.98
19266030--19266075	23	2.0	23	83	8	58	73	0	26	0	0.83
19267618--19267676	17	3.3	17	72	21	57	38	0	23	37	1.55
19267607--19267677	37	1.9	37	97	0	133	40	0	22	36	1.54
19267728--19267810	35	2.4	34	80	9	80	19	20	22	37	1.94
19267797--19267963	75	2.2	75	82	8	198	22	22	21	33	1.97
19273083--19273448	46	8.0	46	87	1	475	21	23	12	42	1.86
19276423--19276447	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
19276512--19276553	11	3.8	11	87	12	59	66	0	2	30	1.04
19276540--19276589	24	2.1	24	85	3	66	56	6	0	38	1.24
19279581--19279642	30	2.1	30	93	0	106	29	3	9	58	1.46
19279973--19280050	36	2.2	36	92	0	129	50	10	0	39	1.37
19279996--19280050	13	4.5	13	80	13	71	49	10	0	40	1.38
19280008--19280059	23	2.3	23	93	0	86	50	11	0	38	1.39
19286113--19286163	18	2.8	18	84	0	66	25	29	19	25	1.99
19290496--19290590	47	2.0	47	93	0	163	26	29	15	28	1.96
19298991--19299044	4	13.8	4	80	3	56	24	5	1	68	1.21
19302297--19302372	30	2.5	30	87	4	100	27	23	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19302358--19302433	29	2.5	30	85	6	118	23	27	7	40	1.82
19302358--19302582	30	7.5	30	72	10	129	24	24	12	39	1.89
19302570--19302637	30	2.3	30	82	7	86	29	22	11	36	1.89
19302570--19302645	30	2.6	30	79	10	77	28	22	11	36	1.90
19304939--19304975	14	2.5	15	83	16	51	59	0	0	40	0.97
19304908--19304978	24	3.0	24	75	19	78	57	4	1	36	1.27
19310353--19310377	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
19316542--19316734	18	10.7	18	84	0	224	20	22	21	36	1.95
19323045--19323115	27	2.5	29	76	13	85	53	4	1	40	1.29
19323094--19323144	23	2.3	22	73	6	59	56	1	0	41	1.10
19323919--19323985	21	3.0	23	77	18	61	70	1	0	28	0.96
19323948--19323988	6	6.5	6	89	10	64	80	0	0	19	0.71
19323940--19323983	20	2.1	21	95	4	81	72	0	0	27	0.85
19323948--19323990	20	2.2	20	91	0	68	81	0	0	18	0.69
19324003--19324053	9	5.7	9	83	6	68	29	9	15	45	1.79
19324002--19324053	27	1.9	27	92	7	88	30	9	15	44	1.78
19335997--19336030	16	2.2	15	94	5	59	44	0	0	55	0.99
19344519--19344569	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
19346664--19346771	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
19352436--19352542	43	2.4	45	84	7	121	28	23	14	33	1.93
19352455--19352542	46	2.0	43	88	6	131	28	25	13	32	1.94
19353812--19353903	44	2.1	44	87	4	132	19	21	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19354087--19354144	18	3.4	18	68	18	61	32	6	17	43	1.75
19361289--19361365	38	2.0	38	100	0	154	48	12	23	15	1.80
19364535--19364629	47	2.0	47	95	0	172	34	13	18	32	1.90
19365921--19365970	24	2.0	25	85	11	68	50	2	0	48	1.12
19365929--19365969	12	3.5	11	84	15	55	51	0	0	48	1.00
19366961--19367033	22	3.4	21	81	9	76	69	2	0	27	1.02
19371107--19371170	13	4.9	13	70	0	56	35	20	6	37	1.78
19377676--19377758	41	2.0	41	97	0	157	37	13	16	32	1.88
19379262--19379309	26	2.0	24	88	12	71	64	6	0	29	1.18
19379376--19379434	28	2.1	29	83	3	75	66	0	5	28	1.13
19379397--19379443	23	2.0	23	87	0	67	68	0	2	29	1.02
19380399--19380457	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
19380428--19380477	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
19381478--19381684	42	4.9	42	77	1	207	21	16	20	41	1.90
19381479--19381752	85	3.2	85	89	5	369	22	17	19	40	1.92
19381479--19381784	43	7.2	43	74	6	230	22	16	19	41	1.90
19382232--19382296	30	2.2	30	86	5	87	46	1	3	49	1.27
19402821--19402865	18	2.6	17	82	6	54	75	2	4	17	1.07
19403728--19403759	5	6.2	5	92	7	55	81	0	0	18	0.70
19403719--19403759	16	2.6	16	88	3	57	78	0	2	19	0.87
19414343--19414371	13	2.1	14	93	6	51	68	6	6	17	1.34
19414703--19414764	30	2.1	30	96	0	115	27	3	11	58	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19432463--19432495	3	11.7	3	87	12	52	27	0	0	72	0.85
19432463--19432510	12	4.3	11	82	12	62	29	0	0	70	0.87
19434312--19434431	53	2.3	53	80	0	141	41	24	16	17	1.89
19435175--19435225	25	2.0	25	100	0	102	29	27	7	35	1.85
19438209--19438272	28	2.3	28	78	10	69	39	1	4	54	1.31
19447941--19448030	43	2.1	43	91	0	144	32	33	21	13	1.92
19449571--19449736	38	4.3	38	78	4	145	33	25	19	21	1.97
19449571--19449736	78	2.1	78	79	6	185	33	25	19	21	1.97
19452901--19452935	17	2.0	18	94	5	63	31	28	22	17	1.96
19455135--19455159	13	1.9	13	100	0	50	56	24	4	16	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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