genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22959263--22959474	27	7.9	27	84	5	241	28	23	8	39	1.85
22959374--22959675	27	11.1	27	76	10	116	37	19	8	34	1.83
22959263--22959500	81	2.9	81	80	4	196	29	22	8	38	1.85
22959425--22959681	27	9.4	27	77	7	144	37	19	8	33	1.83
22959466--22959704	27	8.8	27	79	3	203	39	19	9	31	1.83
22959722--22959798	27	2.9	27	81	9	95	36	22	20	20	1.95
22961042--22961118	9	7.9	9	70	16	55	33	9	22	35	1.85
22961051--22961122	11	7.1	11	67	17	57	34	12	20	31	1.90
22961040--22961122	20	4.2	20	93	0	148	34	12	20	32	1.89
22961177--22961366	24	8.0	24	88	3	260	29	22	21	26	1.99
22961177--22961345	47	3.6	47	91	1	275	30	21	20	27	1.98
22961176--22961366	71	2.7	71	86	5	260	29	21	21	26	1.99
22961560--22961623	31	2.1	31	90	0	101	39	15	20	25	1.92
22963338--22963415	40	2.0	40	87	5	113	20	10	33	35	1.86
22973636--22973705	21	3.2	21	66	25	54	21	11	25	41	1.86
22973628--22973715	45	2.0	45	93	0	149	22	11	26	39	1.88
22976181--22976291	54	2.1	54	100	0	222	48	8	18	25	1.75
22991491--22991558	27	2.5	28	92	2	111	27	13	27	30	1.94
22998593--22998764	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
22998585--22998760	46	3.8	46	80	11	216	29	29	20	20	1.98
23001036--23001086	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
23001847--23001931	30	2.8	31	85	3	129	23	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23002123--23002196	25	3.0	23	80	11	67	27	21	21	29	1.99
23010300--23010404	29	3.6	30	77	11	103	30	15	28	25	1.96
23010313--23010424	58	1.9	58	83	3	145	29	16	29	25	1.96
23010704--23010755	27	2.0	27	84	3	70	44	21	15	19	1.87
23012380--23012414	17	2.1	17	94	0	61	28	11	20	40	1.87
23014743--23014965	39	5.6	39	85	4	263	23	21	28	26	1.99
23022983--23023204	39	5.7	40	86	7	280	23	22	28	25	1.99
23022983--23023202	77	2.8	79	86	6	295	24	22	28	25	2.00
23028102--23028139	17	2.2	17	100	0	76	28	7	28	34	1.85
23030841--23030872	16	2.0	16	93	0	55	46	31	9	12	1.73
23050033--23050208	46	3.8	46	74	16	175	21	19	28	30	1.98
23050030--23050199	93	1.8	93	91	2	279	21	20	28	30	1.98
23053920--23054050	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
23059866--23059966	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23097244--23097441	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
23097310--23097427	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23097278--23097441	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23100299--23100388	27	3.3	27	87	3	110	40	17	10	32	1.83
23100299--23100404	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
23100394--23100576	27	6.8	27	83	0	224	28	22	7	40	1.82
23100394--23100576	54	3.4	54	89	0	260	28	22	7	40	1.82
23100394--23100577	81	2.3	82	86	2	257	28	22	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23100428--23100605	81	2.2	81	83	0	212	29	20	8	41	1.83
23101801--23101848	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
23101890--23101973	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
23101894--23101968	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
23102019--23102184	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
23102019--23102184	47	3.5	47	91	4	246	28	22	22	26	1.99
23102019--23102185	71	2.3	70	89	5	246	29	22	22	26	1.99
23105122--23105198	27	2.8	27	82	5	84	40	16	10	32	1.83
23105131--23105235	27	4.0	27	81	8	110	39	20	10	29	1.86
23105225--23105404	27	6.8	26	86	5	222	28	23	7	40	1.82
23105225--23105404	53	3.4	53	89	3	256	28	23	7	40	1.82
23106632--23106679	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
23106723--23106806	20	4.2	20	92	0	141	34	10	22	32	1.89
23106727--23106801	11	7.4	11	68	17	54	36	12	21	30	1.90
23106853--23107019	24	7.0	24	91	3	248	28	22	22	26	1.99
23118260--23118294	7	5.0	7	92	0	61	2	28	11	57	1.48
23135800--23135946	27	5.4	27	78	2	134	40	21	17	20	1.91
23138991--23139175	29	6.4	29	80	12	186	37	12	25	23	1.91
23138990--23139234	115	2.1	117	87	5	363	38	12	25	23	1.90
23139040--23139296	29	8.8	29	79	9	238	37	12	26	23	1.90
23139042--23139296	58	4.4	58	82	8	288	38	11	26	23	1.89
23139042--23139336	59	5.1	59	81	9	265	37	12	26	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23148386--23148490	27	3.9	26	81	9	113	18	26	21	33	1.96
23148386--23148498	54	2.1	54	86	6	158	16	25	23	34	1.95
23155732--23155761	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
23156178--23156282	27	3.9	26	84	9	122	17	26	20	35	1.95
23156178--23156289	54	2.1	54	85	6	147	16	25	21	35	1.95
23159041--23159181	48	2.9	48	85	2	158	21	14	27	36	1.93
23163956--23164119	40	4.1	40	80	2	179	25	26	21	25	2.00
23169396--23169434	18	2.1	18	85	4	51	38	28	0	33	1.57
23179186--23179317	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
23179186--23179317	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
23180616--23180651	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
23181746--23181926	40	4.5	40	79	2	166	28	23	23	24	2.00
23181752--23181926	80	2.2	81	81	3	201	28	23	23	24	1.99
23187122--23187171	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
23188514--23188570	28	2.1	27	83	3	69	54	8	0	36	1.32
23188595--23188626	8	3.9	8	92	8	55	71	0	0	28	0.86
23188595--23188629	17	2.1	17	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23188643--23188723	19	4.2	20	67	16	53	58	2	6	33	1.36
23188736--23188772	19	1.9	19	88	0	56	51	2	2	43	1.30
23188907--23188962	13	4.5	13	74	17	55	44	7	1	46	1.41
23188894--23188969	37	2.1	37	100	0	152	46	5	2	46	1.39
23201389--23201466	39	2.0	39	97	0	147	32	15	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23214592--23214661	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
23222322--23222391	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
23227285--23227352	26	2.5	28	86	11	106	30	26	14	27	1.95
23229732--23229756	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
23231449--23231525	39	2.0	39	92	0	127	36	19	15	28	1.92
23234475--23234523	18	2.7	19	72	15	50	38	14	0	46	1.44
23243140--23243174	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
23243334--23243376	20	2.2	20	100	0	86	51	11	9	27	1.69
23244227--23244318	29	3.2	29	79	1	105	27	29	14	29	1.95
23244222--23244332	29	3.9	29	72	5	91	28	30	13	27	1.94
23244557--23244607	24	2.1	24	85	0	66	11	21	15	50	1.76
23245712--23245749	16	2.3	16	90	4	58	15	5	28	50	1.66
23248023--23248071	22	2.2	22	86	10	73	24	2	4	69	1.17
23249782--23250056	43	6.4	43	90	2	412	29	32	23	14	1.94
23250028--23250111	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
23256719--23256763	23	2.0	23	90	0	72	20	13	11	55	1.68
23259506--23259589	44	1.9	44	95	0	150	29	7	14	48	1.70
23262847--23262963	23	5.0	23	71	16	80	22	21	20	35	1.96
23264538--23264709	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
23264531--23264706	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
23272118--23272289	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
23272111--23272286	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23275174--23275330	43	3.7	43	77	7	158	31	24	17	26	1.97
23282835--23282960	43	2.9	44	75	10	118	34	22	15	27	1.94
23289085--23289126	21	2.0	21	100	0	84	38	28	14	19	1.90
23298810--23298861	26	2.0	26	100	0	104	26	34	11	26	1.91
23301030--23301196	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
23305770--23305915	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
23316625--23316769	40	3.6	39	83	1	155	25	22	28	23	1.99
23323386--23323443	25	2.3	25	100	0	116	39	3	18	37	1.68
23324299--23324360	27	2.3	27	88	0	88	20	16	6	56	1.62
23327658--23327706	20	2.5	19	83	9	62	46	10	8	34	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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