genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68732139--68732193	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
68732244--68732361	24	5.0	24	88	4	168	28	21	22	27	1.99
68732244--68732361	47	2.5	48	88	4	168	28	21	22	27	1.99
68732553--68732615	30	2.1	30	96	0	117	38	15	22	23	1.93
68735730--68736108	47	8.0	47	90	2	526	32	11	29	26	1.91
68735825--68735949	25	5.2	25	62	24	72	29	10	31	28	1.90
68736082--68736218	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
68737244--68737312	26	2.7	26	93	0	120	34	26	5	33	1.80
68742116--68742145	12	2.5	12	100	0	60	13	50	26	10	1.73
68743628--68743680	26	2.0	26	82	7	63	28	9	20	41	1.83
68746449--68746624	46	3.8	46	78	14	200	21	20	28	29	1.98
68746446--68746617	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
68747933--68748092	26	6.2	26	88	2	241	34	24	6	34	1.82
68747933--68748092	52	3.1	52	94	1	268	34	24	6	34	1.82
68764915--68765066	42	3.6	42	81	3	171	31	16	23	28	1.96
68765812--68765877	28	2.4	28	89	2	98	36	24	22	16	1.94
68768255--68768296	22	2.0	21	81	13	50	47	26	11	14	1.78
68768937--68768979	20	2.2	19	83	4	50	6	18	2	72	1.19
68768896--68768961	6	10.2	6	74	11	51	6	19	1	72	1.13
68774292--68774358	28	2.4	28	80	9	75	32	22	25	19	1.97
68775058--68775099	17	2.5	17	96	0	75	16	30	30	21	1.95
68777420--68777595	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68777416--68777588	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
68779890--68779955	28	2.4	28	89	2	98	36	24	22	16	1.94
68780777--68780810	17	1.9	18	88	5	52	17	35	29	17	1.93
68786626--68786723	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68794303--68794400	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68801505--68801668	42	3.9	42	81	4	188	34	17	21	27	1.95
68805724--68805944	40	5.6	41	81	9	255	25	23	26	24	2.00
68812657--68812813	43	3.7	43	83	7	203	30	24	19	25	1.98
68812657--68812819	86	1.9	85	87	6	240	31	24	19	25	1.98
68817724--68817877	67	2.3	67	93	0	254	31	25	22	20	1.98
68819008--68819055	26	2.0	24	84	12	62	31	18	4	45	1.68
68820897--68821115	51	4.3	51	76	4	129	29	24	16	29	1.97
68822380--68822536	43	3.7	42	80	10	160	29	26	19	24	1.98
68823948--68824005	30	1.9	31	82	3	73	39	12	17	31	1.86
68832080--68832436	48	7.6	48	79	5	309	29	18	27	24	1.98
68832080--68832436	94	3.8	93	76	8	321	29	18	27	24	1.98
68832080--68832432	140	2.5	140	82	4	397	30	18	27	24	1.98
68838948--68838990	18	2.5	17	82	14	52	44	0	20	34	1.52
68845511--68845535	13	1.9	13	100	0	50	12	24	24	40	1.88
68845648--68845716	30	2.3	30	94	0	120	17	33	28	20	1.95
68850930--68851107	46	3.8	46	77	5	189	29	28	20	21	1.98
68850937--68851109	93	1.9	93	88	2	267	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68857490--68857578	43	2.1	43	100	0	178	32	19	30	17	1.95
68866837--68867014	40	4.5	40	90	0	259	24	23	26	24	2.00
68872167--68872383	46	4.7	45	79	11	192	23	28	18	28	1.98
68872213--68872383	94	1.8	92	86	7	247	23	28	18	29	1.98
68872024--68872382	48	7.6	46	74	15	199	24	28	18	28	1.98
68877184--68877400	46	4.7	46	79	8	183	25	29	18	26	1.98
68881171--68881217	15	3.2	14	85	8	58	8	12	14	63	1.50
68886022--68886075	18	2.9	18	91	2	81	20	24	42	12	1.87
68889066--68889235	48	3.6	46	77	6	162	27	25	18	28	1.98
68889014--68889242	96	2.4	98	81	2	268	24	27	19	28	1.98
68895759--68896107	175	2.0	175	98	0	680	43	8	18	30	1.79
68896954--68897207	55	4.8	54	77	9	240	35	18	25	20	1.95
68896961--68897161	108	1.8	110	86	4	291	33	18	25	21	1.97
68897277--68897330	23	2.3	23	90	0	81	51	5	24	18	1.67
68897421--68897460	20	2.0	20	90	0	62	42	0	20	37	1.52
68897427--68897457	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
68910747--68910821	29	2.5	29	86	4	78	24	30	16	29	1.96
68916654--68916688	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
68921248--68921442	97	2.0	97	96	2	365	36	23	7	31	1.83
68924966--68925095	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
68933078--68933207	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
68937110--68937428	48	6.6	48	74	7	200	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68937103--68937428	96	3.4	94	75	8	291	25	27	19	28	1.98
68944572--68944700	47	2.7	48	84	3	172	34	27	14	24	1.94
68949868--68949938	25	2.9	25	71	21	69	49	1	7	42	1.38
68950680--68950728	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
68951132--68951215	43	1.9	44	85	2	116	48	3	26	21	1.66
68955143--68955213	30	2.4	30	92	0	115	33	29	22	14	1.93
68957411--68957516	27	3.9	28	90	2	146	19	23	20	35	1.96
68957410--68957516	55	2.0	54	87	5	153	19	23	20	36	1.95
68958537--68958689	50	3.1	50	63	3	119	37	18	20	23	1.94
68959217--68959258	4	10.8	4	79	5	50	78	2	0	19	0.86
68959217--68959259	12	3.7	12	84	6	61	79	2	0	18	0.85
68960374--68960417	23	2.0	22	86	4	61	25	15	4	54	1.60
68968889--68968926	17	2.2	17	90	0	58	60	13	5	21	1.52
68968907--68969002	39	2.4	40	76	8	99	62	17	4	15	1.48
68969965--68969997	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
68977827--68977900	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
68977884--68977959	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
68977827--68977959	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
68985683--68985756	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
68985740--68985815	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
68985683--68985815	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
68992561--68992670	33	3.3	33	94	2	193	30	0	28	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68994378--68994516	42	3.3	42	80	3	154	32	17	22	28	1.96
68996968--68997258	27	10.8	26	83	5	224	30	12	19	37	1.88
68997080--68997258	27	6.6	27	87	0	250	31	8	20	39	1.82
69000914--69001204	27	10.8	26	82	5	197	31	12	18	37	1.88
69000902--69001204	81	3.7	81	80	7	233	31	13	17	37	1.89
69001026--69001204	27	6.6	27	84	0	223	32	8	18	39	1.82
69004567--69004601	18	1.9	18	88	0	52	28	34	0	37	1.58
69006085--69006117	7	4.9	7	85	7	50	69	3	12	15	1.30
69013838--69013899	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
69013880--69013979	27	3.7	27	85	6	116	28	6	21	45	1.75
69013882--69013993	27	4.2	27	84	5	106	28	6	22	42	1.77
69013972--69014181	27	7.8	27	83	4	237	41	8	21	29	1.81
69013973--69014174	81	2.5	80	89	2	289	42	8	19	29	1.80
69014187--69014276	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
69014170--69014276	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
69014187--69014291	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
69018116--69018177	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
69018195--69018275	27	3.0	27	85	7	94	28	6	22	43	1.77
69018254--69018462	27	7.8	27	83	3	219	41	9	21	28	1.83
69018254--69018462	54	3.9	54	84	3	246	41	9	21	28	1.83
69018255--69018456	81	2.5	80	89	4	291	42	9	19	29	1.82
69018468--69018557	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69018452--69018557	54	2.0	54	81	9	128	31	10	19	38	1.86
69018468--69018572	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
69022394--69022455	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
69022436--69022535	27	3.7	27	85	6	116	28	6	21	45	1.75
69022438--69022549	27	4.2	27	84	5	106	28	6	22	42	1.77
69022528--69022737	27	7.8	27	82	4	228	41	8	20	28	1.82
69022529--69022730	81	2.5	80	87	2	280	43	8	18	29	1.81
69022743--69022832	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
69022500--69022791	81	3.6	81	81	2	273	38	8	20	31	1.84
69022726--69022832	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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