genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  208  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58351439--58351502	20	3.2	20	65	20	53	21	9	15	53	1.70
58353404--58354048	106	6.2	105	91	3	986	34	7	4	53	1.48
58353404--58354048	211	3.1	210	90	4	1004	34	7	4	53	1.48
58353404--58354048	317	2.1	310	90	4	1019	34	7	4	53	1.48
58354149--58354358	9	22.7	9	68	19	60	48	14	1	34	1.55
58354152--58354321	18	9.0	18	70	11	83	48	14	2	35	1.56
58354147--58354340	78	2.6	74	83	8	246	48	14	2	34	1.55
58371007--58371073	31	2.2	31	83	0	80	17	8	16	56	1.65
58372330--58372437	29	3.8	29	86	6	139	28	28	15	26	1.96
58372662--58372708	16	2.9	16	87	0	67	10	23	21	44	1.83
58372662--58372712	24	2.1	24	85	0	66	9	21	19	49	1.77
58372674--58372708	8	4.4	8	85	0	52	11	25	25	37	1.90
58375741--58375909	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
58382941--58383109	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
58388801--58389147	49	7.2	48	94	2	549	32	8	29	28	1.87
58389945--58390061	58	2.0	58	98	0	225	25	13	19	41	1.88
58391217--58391331	29	4.0	29	82	6	128	28	27	15	27	1.96
58391208--58391318	58	1.9	58	87	1	161	27	28	16	27	1.97
58392994--58393161	40	4.2	40	89	2	232	26	28	21	23	1.99
58401198--58401238	20	2.0	20	100	0	82	29	19	0	51	1.47
58401295--58401320	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
58401550--58401638	39	2.3	39	84	0	115	23	22	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58403342--58403432	45	2.0	45	100	0	182	32	25	8	32	1.87
58409292--58409382	39	2.3	39	86	0	128	23	20	19	36	1.95
58421414--58421476	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
58425247--58425293	23	2.0	24	83	4	60	31	2	8	57	1.41
58432585--58432639	25	2.2	25	86	0	74	30	16	12	40	1.86
58437174--58437233	24	2.4	24	83	10	68	5	23	0	71	1.05
58441953--58441988	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
58442366--58442590	49	4.5	49	81	5	281	29	26	17	26	1.98
58442844--58442897	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
58455162--58455291	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
58455178--58455329	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
58455178--58455327	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
58457968--58458011	18	2.3	20	84	7	56	38	6	0	54	1.27
58458971--58459018	15	3.3	15	82	5	55	45	0	0	54	0.99
58460135--58460230	34	2.9	34	87	4	135	42	0	13	43	1.44
58460334--58460856	127	4.1	127	87	1	687	39	16	15	29	1.89
58468634--58468708	29	2.5	30	76	8	73	64	2	2	30	1.21
58474982--58475053	31	2.3	31	92	4	117	40	15	2	41	1.61
58476893--58476928	16	2.3	16	90	4	56	38	0	0	61	0.96
58476963--58477001	18	2.1	19	85	4	53	35	0	0	64	0.94
58478579--58478848	49	5.6	48	80	6	255	27	19	30	23	1.98
58478576--58478850	98	2.9	96	83	5	315	26	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58478579--58478848	146	1.9	143	82	6	339	27	19	30	23	1.98
58481355--58481435	32	2.6	32	84	5	94	33	8	18	39	1.81
58481438--58481519	30	2.7	31	75	16	82	31	8	15	43	1.77
58481482--58481590	53	2.1	52	94	5	193	49	8	7	34	1.61
58485332--58485464	35	3.8	35	79	4	142	22	11	27	39	1.88
58493574--58493711	41	3.3	42	85	3	181	33	13	25	28	1.93
58493618--58493736	41	2.9	41	85	7	127	31	11	27	28	1.92
58493920--58493951	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
58495297--58495569	47	5.8	47	80	9	265	23	30	17	28	1.97
58502734--58502939	40	5.2	40	92	2	303	28	26	21	22	1.99
58510769--58510933	40	4.2	40	93	3	248	27	27	22	22	1.99
58510769--58510945	79	2.2	80	86	9	249	26	27	22	23	1.99
58515962--58516127	40	4.2	40	92	2	230	27	27	22	22	1.99
58523995--58524160	40	4.2	39	91	3	235	27	27	24	21	1.99
58526501--58526532	12	2.7	12	100	0	64	46	0	31	21	1.52
58533903--58533934	12	2.7	12	100	0	64	46	0	31	21	1.52
58535675--58535890	46	4.6	48	78	10	207	22	31	18	28	1.97
58535680--58535849	92	1.8	96	83	7	235	23	31	17	27	1.97
58542584--58542610	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
58550793--58550829	13	2.8	13	87	0	56	16	32	32	18	1.93
58553200--58553563	46	7.7	45	74	11	191	24	29	18	27	1.98
58560827--58560975	38	3.8	38	86	5	183	31	26	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58560809--58560955	76	1.9	79	84	4	201	32	26	21	19	1.97
58560809--58560975	78	2.1	78	82	7	196	31	26	21	19	1.97
58567521--58567696	46	3.8	46	76	14	164	21	19	27	31	1.97
58579062--58579178	43	2.8	42	75	11	112	23	17	26	32	1.96
58582902--58583050	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58582943--58583050	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58588768--58588935	47	3.6	47	68	13	148	30	26	18	24	1.98
58588722--58588985	93	2.8	93	86	1	377	29	26	19	23	1.98
58588713--58588981	46	5.8	44	69	16	145	30	26	19	23	1.98
58591054--58591107	29	1.9	28	85	7	74	40	9	25	24	1.85
58592169--58592202	12	2.8	12	90	0	50	32	0	35	32	1.58
58600703--58600826	54	2.3	54	84	1	149	20	18	31	29	1.97
58625611--58625787	40	4.4	40	82	4	198	23	21	27	27	1.99
58625611--58625787	80	2.2	80	86	5	234	23	21	27	27	1.99
58632564--58632668	55	1.9	55	90	0	165	17	22	34	25	1.96
58632566--58632688	55	2.2	55	84	2	149	18	20	34	26	1.96
58657508--58657540	9	3.6	9	95	4	57	63	0	21	15	1.30
58657504--58657551	19	2.6	17	78	15	60	66	0	16	16	1.25
58658649--58659221	291	2.0	291	98	0	1110	32	19	9	38	1.84
58659777--58659984	53	3.9	54	80	4	213	22	25	16	36	1.94
58659963--58660085	47	2.6	47	93	0	210	25	25	13	36	1.92
58660061--58660102	18	2.3	18	91	0	66	21	21	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58660240--58660325	44	2.0	44	83	4	111	25	24	12	37	1.91
58663905--58663934	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
58663967--58664008	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
58668240--58668369	40	3.2	40	81	4	156	23	28	23	23	2.00
58670261--58670492	50	4.7	50	78	11	203	28	21	27	23	1.99
58671229--58671261	13	2.5	13	100	0	66	6	21	39	33	1.78
58675218--58675350	40	3.3	40	88	2	142	27	27	23	21	1.99
58675259--58675403	40	3.6	40	86	5	177	25	26	24	23	2.00
58694125--58694522	46	8.4	46	73	11	165	28	18	28	24	1.98
58694312--58694522	49	4.3	49	75	9	166	27	18	28	25	1.98
58694312--58694491	99	1.8	99	84	3	247	28	18	28	24	1.98
58703358--58703425	24	2.9	24	80	8	77	45	19	16	19	1.85
58709328--58709385	30	1.9	30	83	13	75	48	5	17	29	1.68
58713600--58713750	40	3.8	40	75	11	123	27	25	26	21	1.99
58713637--58713766	40	3.3	39	75	11	129	24	25	26	23	2.00
58716387--58716507	49	2.4	49	82	9	140	28	22	22	27	1.99
58716387--58716482	25	3.9	25	86	4	115	27	22	21	28	1.99
58716412--58716494	25	3.4	24	85	9	114	28	19	21	30	1.98
58716703--58716766	31	2.1	31	87	0	92	37	12	23	26	1.90
58724341--58724406	20	3.3	20	95	4	116	36	10	19	33	1.86
58724352--58724406	11	5.4	11	75	16	64	36	10	20	32	1.87
58724455--58724537	25	3.4	23	79	15	78	30	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58733873--58733926	6	8.8	6	76	11	56	50	12	20	16	1.78
58734043--58734159	27	4.3	27	90	5	166	35	21	23	19	1.96
58734361--58734501	27	5.2	27	86	3	176	28	21	15	34	1.94
58745236--58745367	29	4.6	29	93	0	210	27	15	32	25	1.95
58745236--58745424	87	2.2	86	80	5	202	24	15	33	25	1.95
58752624--58752755	29	4.6	29	93	0	210	27	15	32	25	1.95
58752624--58752812	87	2.2	86	80	5	202	24	15	33	25	1.95
58756329--58757948	522	3.1	522	98	0	3141	42	20	9	28	1.82
58758090--58758235	42	3.4	42	79	10	127	32	25	15	26	1.95
58758080--58758242	43	3.8	43	78	12	149	32	26	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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