genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  145  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39433152--39433193	19	2.2	20	95	4	77	33	11	9	45	1.73
39433945--39433978	16	2.1	17	88	5	52	32	26	0	41	1.56
39439993--39440019	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
39455774--39455845	34	2.2	33	85	7	92	33	22	22	22	1.97
39457979--39458069	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
39458109--39458356	48	5.2	48	96	0	442	32	28	6	32	1.83
39458348--39458497	47	3.1	47	94	1	255	28	28	8	34	1.85
39472206--39472231	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
39472560--39472704	49	3.0	48	77	2	146	27	21	22	28	1.99
39477938--39478037	42	2.4	42	77	5	112	31	21	21	27	1.98
39485214--39485258	23	2.0	22	82	8	54	42	13	35	8	1.75
39493204--39493229	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
39499389--39499441	28	2.0	26	85	7	70	13	28	11	47	1.77
39502209--39502433	49	4.6	49	80	9	230	28	18	28	24	1.98
39502209--39502419	98	2.2	95	85	5	280	27	18	28	24	1.98
39517992--39518061	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
39518069--39518175	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
39527169--39527315	43	3.4	43	80	1	143	31	24	15	27	1.96
39534645--39534723	39	2.0	39	100	0	158	51	5	25	17	1.65
39540481--39540540	27	2.2	27	82	5	77	38	10	10	41	1.72
39540496--39540752	27	9.6	27	81	5	265	31	10	19	38	1.87
39547660--39547729	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39547660--39547741	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
39555582--39555651	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
39555582--39555663	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
39558496--39558677	93	1.9	94	89	1	285	29	17	25	27	1.97
39558496--39558712	48	4.6	48	86	3	269	28	17	25	28	1.98
39558665--39558755	42	2.2	42	82	7	105	28	18	23	29	1.98
39565068--39565242	46	3.8	45	76	7	190	29	28	20	22	1.98
39565075--39565247	93	1.9	93	91	0	283	28	28	20	22	1.98
39565119--39565262	46	3.1	46	66	22	104	31	27	18	22	1.97
39568160--39568261	28	3.5	30	80	6	111	28	15	27	28	1.96
39568189--39568264	29	2.7	28	76	13	75	28	15	26	28	1.96
39577957--39578127	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39586174--39586237	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
39586431--39586596	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
39586430--39586596	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
39586431--39586596	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
39586655--39586731	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
39586651--39586733	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
39586651--39586722	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
39586770--39586817	25	1.9	25	82	0	60	27	12	25	35	1.92
39587975--39588039	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
39588097--39588349	27	9.3	27	76	8	127	33	9	19	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39588273--39588591	27	11.9	27	85	5	387	41	8	22	27	1.83
39588273--39588591	54	5.9	54	86	2	428	41	8	22	27	1.83
39588598--39588662	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
39588570--39588782	81	2.6	78	77	7	203	31	8	20	38	1.83
39588640--39588792	27	5.7	27	86	5	177	32	7	19	41	1.79
39588586--39588792	54	3.9	51	78	10	182	30	8	20	40	1.82
39588669--39588809	27	5.3	26	84	2	156	32	7	18	41	1.77
39595001--39595321	48	6.6	48	75	6	292	27	20	28	24	1.99
39594986--39595223	96	2.5	96	86	1	325	26	19	29	25	1.98
39595001--39595321	144	2.2	146	83	4	391	27	20	28	24	1.99
39605760--39605865	42	2.5	42	85	8	128	27	21	15	35	1.93
39632627--39632656	12	2.5	12	94	0	51	26	0	0	73	0.84
39636977--39637149	46	3.8	45	80	10	206	21	19	30	29	1.97
39636970--39637141	93	1.8	93	93	0	299	20	19	30	29	1.97
39639522--39639577	27	2.1	27	100	0	112	30	16	25	28	1.96
39651538--39651578	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
39655568--39655698	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
39666632--39666798	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
39674603--39674770	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
39696929--39697155	96	2.4	96	81	1	267	25	23	18	31	1.98
39696915--39697155	48	5.0	48	77	2	223	25	23	19	31	1.98
39702309--39702417	43	2.5	42	81	14	116	33	23	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39706296--39706519	96	2.3	95	85	3	306	24	25	20	29	1.99
39706280--39706521	48	5.0	48	81	2	270	23	26	20	29	1.99
39712209--39712268	30	2.0	30	83	0	75	30	21	10	38	1.86
39714288--39714336	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39715160--39715310	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
39715196--39715326	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
39722324--39722372	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39723195--39723361	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
39726997--39727183	40	4.7	40	79	8	166	25	20	26	27	1.99
39731099--39731178	42	1.9	42	86	0	115	31	20	20	28	1.97
39731712--39731765	29	1.9	28	81	7	65	27	24	1	46	1.63
39749603--39749833	27	8.6	27	83	4	227	42	23	6	26	1.79
39749603--39749863	27	9.7	27	81	4	158	42	23	7	26	1.81
39749816--39750039	27	8.3	27	83	3	218	38	20	18	23	1.93
39749818--39750010	107	1.8	107	85	2	271	38	20	17	23	1.93
39750782--39750841	27	2.3	27	79	2	68	21	20	20	38	1.94
39755808--39756082	27	10.2	27	85	4	297	41	22	8	27	1.83
39758337--39758382	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
39758663--39758692	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
39770594--39770756	40	4.1	40	91	3	256	27	27	22	22	1.99
39775820--39775912	46	2.0	46	100	0	186	17	12	25	44	1.84
39780494--39780543	20	2.5	20	93	0	82	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39783113--39783209	48	2.0	48	91	0	158	30	25	12	30	1.92
39785038--39785123	29	3.0	29	88	3	86	25	22	15	37	1.93
39785051--39785123	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93
39792539--39792654	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
39792552--39792654	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
39792551--39792684	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
39801637--39801737	42	2.4	43	83	5	116	30	20	14	33	1.93
39808299--39808481	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
39816407--39816575	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
39818971--39819012	18	2.3	19	79	4	50	28	14	7	50	1.69
39821354--39821475	44	2.9	41	78	8	136	34	26	16	22	1.95
39832028--39832212	40	4.7	40	90	2	266	23	22	28	26	1.99
39838357--39838471	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
39838357--39838490	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
39845304--39845435	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
39853172--39853303	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
39854993--39855107	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
39854993--39855126	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
39860684--39860798	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
39860684--39860817	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
39862887--39862959	35	2.1	35	97	0	137	39	17	5	36	1.73
39866474--39866595	37	3.3	37	96	0	217	21	32	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39866697--39866864	49	3.4	49	99	0	318	30	33	8	27	1.87
39869204--39869300	41	2.4	40	75	13	99	25	24	23	25	2.00
39869790--39869978	29	6.5	29	95	0	333	25	32	15	26	1.96
39872025--39872115	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
39872211--39872669	49	9.4	49	95	0	794	29	33	8	28	1.87
39880379--39880451	31	2.4	30	80	11	85	52	1	1	45	1.18
39886267--39886306	20	2.0	20	90	0	62	32	15	2	50	1.57
39887540--39887611	36	2.0	36	100	0	144	19	13	11	55	1.68
39889583--39889630	22	2.2	22	100	0	96	22	12	18	45	1.83
39891391--39891497	40	2.7	40	97	0	196	29	28	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427