genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  206  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57833280--57833580	41	7.3	41	66	17	133	24	22	23	29	1.99
57833400--57833623	43	5.3	42	67	19	162	27	20	21	30	1.98
57840174--57840220	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
57840191--57840269	19	4.2	19	87	9	117	36	16	8	37	1.80
57840191--57840269	36	2.1	39	88	9	119	36	16	8	37	1.80
57840232--57840269	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
57842556--57842842	39	7.4	38	79	4	297	35	18	30	15	1.92
57842555--57842618	20	3.3	19	71	4	56	35	18	29	15	1.92
57842565--57842663	19	5.1	19	67	4	63	37	20	29	13	1.90
57842556--57842842	77	3.7	77	78	3	317	35	18	30	15	1.92
57842563--57842842	116	2.4	115	82	2	337	35	18	30	15	1.92
57844235--57844300	33	2.0	33	100	0	132	33	18	18	30	1.94
57845226--57845280	23	2.4	21	72	18	56	50	0	9	40	1.34
57845519--57845548	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
57850824--57851007	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57850864--57851052	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57858796--57858979	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57858836--57859024	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57861566--57861630	28	2.3	28	89	0	94	27	23	13	35	1.93
57866151--57866251	29	3.5	28	80	2	103	24	16	35	22	1.95
57874159--57874314	27	5.6	28	79	7	149	24	16	34	24	1.95
57878180--57878250	27	2.6	27	93	4	115	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57885978--57886047	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57896452--57896648	27	7.3	27	88	2	270	27	24	8	39	1.84
57896452--57896648	81	2.4	81	91	1	306	27	24	8	39	1.84
57896637--57896777	54	2.6	54	80	7	153	39	21	7	30	1.82
57896679--57896777	27	3.7	27	89	4	155	41	23	6	29	1.78
57896758--57896865	27	3.9	27	72	13	85	41	18	8	31	1.80
57896919--57896979	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
57897692--57897757	20	3.3	20	87	4	89	40	9	18	31	1.81
57897807--57897929	52	2.4	51	94	2	212	26	22	22	27	1.99
57897807--57897929	26	4.8	26	89	1	178	26	22	22	27	1.99
57898075--57898166	42	2.2	42	84	0	121	31	14	19	34	1.91
57898190--57898325	31	4.4	31	94	0	220	30	16	25	27	1.97
57909683--57909721	8	4.5	8	84	15	51	69	2	2	25	1.14
57917642--57917669	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
57918746--57918770	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
57926996--57927064	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
57928691--57928728	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
57934976--57935044	28	2.5	27	90	6	111	17	10	27	44	1.80
57936674--57936711	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
57937696--57937720	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
57939943--57940007	28	2.3	28	89	5	96	33	27	9	29	1.88
57940113--57940202	28	3.2	27	81	7	101	20	25	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57940115--57940194	27	2.9	27	81	7	90	21	26	22	30	1.99
57940123--57940213	27	3.2	28	80	7	69	21	27	19	30	1.98
57943215--57943389	46	3.8	46	80	11	223	20	21	29	28	1.98
57943211--57943381	92	1.8	93	94	1	308	20	22	29	27	1.98
57953161--57953270	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
57954413--57954597	40	4.7	40	83	5	216	24	21	27	25	1.99
57954468--57954630	79	2.1	79	81	6	188	26	20	27	25	1.99
57956283--57956347	28	2.3	28	89	5	96	35	29	6	29	1.82
57956453--57956542	27	3.2	28	82	7	112	20	24	24	31	1.98
57956453--57956567	55	2.1	56	83	8	146	19	24	22	33	1.97
57960789--57960960	49	3.5	49	87	1	220	23	29	20	27	1.99
57968140--57968455	47	6.7	47	79	12	278	22	28	21	27	1.99
57968140--57968404	140	1.9	142	82	8	344	22	29	21	27	1.99
57971646--57971806	46	3.5	46	81	6	139	26	27	16	29	1.97
57971690--57971806	46	2.5	46	86	8	150	26	28	15	29	1.96
57972801--57972968	40	4.2	40	74	6	151	25	20	29	25	1.99
57982452--57982624	46	3.7	47	80	13	214	30	27	20	21	1.98
57984640--57984665	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
57985100--57985145	21	2.1	22	88	11	69	52	0	0	47	1.00
57985836--57985869	15	2.2	16	94	5	61	61	0	2	35	1.11
57989203--57989294	29	3.2	27	73	17	78	45	0	3	51	1.17
57989175--57989332	59	2.7	58	87	6	221	44	0	2	52	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57989422--57989517	44	2.1	46	84	7	126	35	25	5	34	1.78
57989500--57989565	16	4.1	16	88	0	96	25	27	4	42	1.74
57993484--57993661	89	2.0	89	94	0	311	25	29	13	30	1.94
57998391--57998449	25	2.4	25	85	0	73	32	16	23	27	1.96
57999230--57999319	44	2.0	45	95	2	164	41	6	15	36	1.74
58001974--58002122	48	3.1	48	98	0	280	35	6	26	31	1.81
58002269--58002376	37	2.9	37	94	0	189	24	18	31	25	1.97
58006953--58007030	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
58014766--58014843	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
58025753--58025823	29	2.5	30	88	8	105	30	12	26	29	1.93
58033487--58033587	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
58035149--58035292	39	3.7	39	89	0	225	22	29	20	26	1.99
58042331--58042473	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
58042291--58042472	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
58046881--58047013	51	2.6	51	77	2	142	41	11	6	40	1.67
58047919--58048112	96	2.0	96	87	0	280	12	33	17	36	1.87
58060094--58060245	40	3.8	40	87	5	193	23	23	28	24	2.00
58060094--58060285	40	4.8	40	84	6	178	23	23	28	25	2.00
58060094--58060312	80	2.7	79	76	10	205	24	23	27	24	2.00
58066526--58066644	6	19.3	6	66	17	57	47	13	19	19	1.81
58066547--58066616	25	2.8	25	91	0	113	45	11	22	20	1.82
58066547--58066644	31	3.4	30	75	16	98	46	13	20	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58066735--58066925	27	7.1	27	90	0	283	41	6	21	30	1.79
58068863--58069083	40	5.6	41	90	5	339	27	25	23	23	2.00
58072485--58072614	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
58072501--58072652	40	3.8	40	79	5	155	21	26	24	26	1.99
58072501--58072650	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
58079452--58079521	28	2.5	28	86	9	90	31	25	14	28	1.95
58080075--58080103	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
58084899--58084970	20	3.6	20	75	7	83	34	19	36	9	1.85
58084889--58084966	40	2.0	40	92	0	129	35	21	32	10	1.87
58099072--58099133	30	2.1	30	84	0	79	27	19	14	38	1.90
58099345--58099465	23	5.2	23	85	6	147	27	20	20	31	1.98
58099347--58099466	46	2.6	47	88	4	190	27	20	20	31	1.97
58099523--58099579	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58099519--58099581	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
58100809--58100886	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
58100927--58101010	28	3.1	26	80	13	82	34	10	15	39	1.82
58100934--58101022	27	3.3	27	78	12	83	29	8	19	42	1.81
58101016--58101117	53	1.9	54	89	2	161	30	8	19	41	1.82
58101015--58101152	27	5.2	27	80	9	149	28	7	22	40	1.82
58101013--58101163	80	1.9	80	83	5	198	31	7	21	39	1.81
58101131--58101389	27	9.8	27	82	7	282	40	7	21	30	1.81
58101103--58101349	80	3.1	81	85	4	306	39	8	20	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58101395--58101484	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
58101131--58101443	130	2.4	131	81	4	315	38	8	21	31	1.83
58101378--58101484	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
58101395--58101499	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
58102351--58102407	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58102347--58102409	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
58102446--58102493	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
58103649--58103726	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
58103771--58104339	27	21.0	27	79	4	153	35	8	20	34	1.84
58103747--58103933	54	3.4	54	78	7	166	31	10	19	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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