genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25942023--25942155	67	2.0	67	90	0	212	28	30	16	24	1.97
25949064--25949127	3	21.3	3	96	0	119	68	0	31	0	0.90
25950233--25950277	19	2.4	18	82	7	54	44	0	0	55	0.99
25952094--25952127	16	2.1	16	89	10	52	52	2	14	29	1.56
25952737--25953016	26	10.8	26	78	4	215	15	15	27	42	1.86
25952745--25953016	52	5.2	52	79	5	253	15	15	27	41	1.86
25952737--25952975	78	3.1	77	79	3	255	15	15	26	42	1.87
25954577--25954619	20	2.2	20	95	0	77	48	18	30	2	1.60
25959628--25959795	40	4.2	40	80	3	187	25	21	27	26	1.99
25969445--25969545	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
25969474--25969545	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
25971641--25971848	40	5.2	39	84	4	231	25	27	22	25	2.00
25980923--25981010	34	2.6	33	82	7	95	23	26	23	26	2.00
25982385--25982414	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
25982381--25982443	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
25990895--25990973	34	2.3	34	80	4	88	69	1	21	7	1.20
25993962--25994078	47	2.5	47	81	4	121	38	20	21	19	1.94
25995969--25996017	20	2.5	20	83	3	64	14	4	10	71	1.27
25997330--25997381	23	2.2	24	83	10	72	69	0	25	5	1.10
25997354--25997395	18	2.3	19	84	12	52	66	0	23	9	1.21
26017529--26017669	57	2.4	58	81	3	169	32	16	19	31	1.94
26019297--26019340	22	2.0	22	95	0	79	61	4	11	22	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26023415--26023476	29	2.1	29	90	0	97	33	3	24	38	1.71
26023669--26023877	67	3.2	64	76	9	190	30	15	29	24	1.96
26024963--26024989	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26027554--26027792	67	3.6	67	78	5	252	23	23	18	34	1.96
26032092--26032147	26	2.2	26	100	0	112	35	21	3	39	1.71
26032469--26032550	42	1.9	43	85	11	116	32	23	17	26	1.96
26032446--26032596	43	3.5	42	77	13	130	31	21	18	28	1.97
26035407--26035565	2	79.5	2	100	0	318	50	0	49	0	1.00
26041254--26041293	21	1.9	21	89	0	62	40	0	30	30	1.57
26041253--26041293	7	5.9	7	91	0	55	41	0	29	29	1.56
26047874--26047934	20	3.1	20	85	2	88	29	0	3	67	1.07
26056436--26056476	21	2.0	21	90	9	66	29	24	0	46	1.53
26063874--26063938	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
26064044--26064131	28	3.1	28	85	8	117	20	25	21	32	1.97
26072957--26072995	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
26076730--26076799	25	2.8	25	80	0	95	28	22	22	25	1.99
26077927--26078000	24	3.1	24	92	0	121	31	2	43	22	1.68
26077962--26078014	24	2.2	24	82	3	61	39	5	39	15	1.70
26078215--26078247	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
26078984--26079013	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
26079433--26079538	27	4.0	27	87	1	142	16	25	20	37	1.93
26086229--26086395	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26086245--26086393	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
26094214--26094381	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
26096388--26096533	31	4.7	31	96	0	267	28	26	16	28	1.97
26096557--26096690	42	3.2	42	92	0	232	33	20	14	31	1.93
26097692--26097756	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
26097788--26098056	27	9.9	27	74	5	184	31	10	18	39	1.85
26097787--26098015	81	2.8	84	78	6	236	31	9	19	39	1.83
26098055--26098238	27	6.8	27	83	4	156	40	5	22	30	1.78
26098055--26098238	54	3.4	54	87	4	246	40	5	22	30	1.78
26098089--26098252	81	2.0	81	90	0	256	39	6	24	30	1.79
26098089--26098252	27	6.1	27	88	0	220	39	6	24	30	1.79
26102675--26102711	14	2.6	15	83	12	51	32	5	18	43	1.73
26105702--26105748	25	1.9	23	83	12	58	34	2	21	42	1.65
26105958--26105999	22	1.9	22	85	0	57	14	26	21	38	1.91
26111266--26111320	28	2.0	28	96	0	101	23	38	16	21	1.93
26112514--26112557	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
26113063--26113153	29	3.1	29	96	1	164	47	13	8	30	1.73
26116478--26116592	7	16.1	7	69	13	65	37	41	0	20	1.53
26116637--26116681	14	3.2	14	83	0	63	48	22	0	28	1.50
26116848--26117090	41	6.0	41	86	5	264	17	20	24	37	1.94
26116848--26117097	82	3.1	81	86	5	292	18	20	23	38	1.94
26116848--26117090	123	2.0	121	82	8	296	17	20	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119222--26119273	3	17.7	3	84	4	52	57	0	7	34	1.27
26119216--26119273	15	3.7	15	74	14	55	58	0	6	34	1.25
26122506--26122559	24	2.2	24	83	9	65	25	18	16	38	1.92
26126201--26126241	17	2.3	18	83	12	57	29	2	0	68	1.03
26126208--26126241	17	2.0	17	94	0	59	29	2	0	67	1.05
26127584--26127634	19	2.6	20	78	6	68	62	0	1	35	1.06
26127631--26127674	17	2.4	18	88	7	63	52	0	4	43	1.22
26127631--26127696	19	3.5	19	87	8	82	51	0	4	43	1.22
26127688--26127740	9	5.9	9	73	8	54	66	1	1	30	1.13
26127944--26128048	9	11.7	9	71	14	65	32	2	2	61	1.25
26127934--26128021	29	3.2	29	82	7	105	30	3	3	62	1.28
26127983--26128047	16	3.9	16	76	9	58	29	3	3	64	1.23
26127990--26128047	16	3.5	16	77	9	62	29	1	3	65	1.19
26134440--26134480	12	3.6	11	87	12	57	0	9	0	90	0.46
26134606--26134836	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
26135619--26135721	41	2.5	42	85	4	138	25	12	33	28	1.92
26135827--26135913	15	5.6	15	77	15	72	79	0	0	20	0.74
26135829--26135908	23	3.8	22	81	14	98	80	0	0	20	0.72
26135844--26135912	7	9.9	7	87	7	72	79	0	0	20	0.73
26135828--26135913	12	7.7	11	77	20	90	80	0	0	19	0.72
26145344--26145383	21	1.9	21	89	0	62	40	5	2	52	1.37
26145614--26145788	59	2.9	60	82	5	194	40	12	4	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26147469--26147504	16	2.2	16	90	5	54	19	55	13	11	1.68
26149052--26149081	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26158497--26158666	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
26158497--26158916	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
26158644--26158911	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
26158960--26159045	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
26160941--26161332	40	9.8	40	92	1	617	26	20	27	25	1.99
26164804--26164973	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
26164804--26165223	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
26164951--26165218	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
26165267--26165352	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
26172009--26172146	71	2.0	70	91	1	222	28	18	23	29	1.97
26172174--26172326	56	2.8	56	90	3	238	33	14	18	33	1.91
26172480--26172513	13	2.5	14	90	4	52	20	5	8	64	1.43
26173623--26173657	10	3.3	10	92	8	52	82	0	8	8	0.83
26173623--26173650	12	2.3	12	100	0	56	85	0	7	7	0.73
26174529--26174569	14	2.9	15	78	14	59	34	0	9	56	1.32
26179330--26179399	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
26179954--26179987	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26181985--26182110	50	2.5	49	84	7	148	30	26	16	26	1.97
26192699--26192769	22	3.1	22	80	10	63	73	1	11	14	1.17
26192701--26192772	17	4.5	16	79	10	67	72	1	12	13	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26199723--26199766	22	2.0	22	100	0	88	50	4	22	22	1.67
26202118--26202606	243	2.0	243	91	0	798	36	18	17	27	1.94
26205722--26205773	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
26208353--26208415	30	2.1	30	90	0	99	26	3	9	60	1.43
26211737--26211795	2	29.5	2	100	0	118	0	50	0	49	1.00
26212588--26212674	43	2.0	43	100	0	174	29	4	40	25	1.76
26213136--26213849	357	2.0	357	98	0	1383	31	22	25	20	1.98
26220586--26220802	64	3.3	64	62	16	152	31	26	16	25	1.96
26220552--26220836	136	2.1	136	97	0	534	31	25	18	24	1.97
26220843--26220890	21	2.3	21	82	7	53	33	50	2	14	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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