genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  165  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45884497--45884657	85	1.9	85	82	8	202	31	24	18	26	1.97
45885425--45885488	31	2.1	31	100	0	128	59	9	18	12	1.59
45887838--45888112	39	7.1	39	92	0	453	22	29	24	23	1.99
45887833--45888112	117	2.4	117	96	0	517	23	29	23	23	1.99
45891788--45891835	17	2.8	17	81	6	53	8	29	6	56	1.53
45894511--45894701	40	4.8	39	79	5	145	24	24	28	23	2.00
45894511--45894693	79	2.3	82	83	7	225	24	24	27	23	2.00
45906251--45906417	40	4.2	40	76	6	158	25	21	28	25	1.99
45910064--45910101	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
45912271--45912303	17	1.9	17	93	0	57	36	21	12	30	1.90
45917241--45917291	25	2.0	25	84	0	66	31	21	17	29	1.96
45917334--45917369	10	3.5	10	92	7	63	33	16	19	30	1.94
45937473--45937752	136	2.1	136	97	0	533	42	19	3	33	1.69
45940333--45940416	27	3.1	27	88	5	125	21	23	26	28	1.99
45948652--45948781	40	3.2	40	81	4	156	23	24	27	23	2.00
45951410--45951501	27	3.4	27	85	4	123	22	22	25	29	1.99
45962112--45962157	9	5.1	9	83	0	65	30	10	13	45	1.77
45962112--45962157	18	2.6	18	92	0	83	30	10	13	45	1.77
45965134--45965282	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
45965175--45965282	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
45972176--45972213	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
45978028--45978199	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45978021--45978196	46	3.8	46	79	10	205	28	28	20	21	1.98
45978029--45978215	46	4.0	46	71	19	138	28	28	20	22	1.98
45980899--45981148	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
45996020--45996269	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
46004121--46004370	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
46007610--46007657	22	2.2	22	88	3	71	52	14	12	20	1.74
46009224--46009293	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
46017149--46017218	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
46026090--46026137	22	2.2	22	92	0	78	50	18	14	16	1.79
46026679--46026726	20	2.4	20	100	0	96	39	39	10	10	1.74
46026689--46026725	11	3.5	11	78	14	51	37	40	10	10	1.75
46026845--46026905	26	2.3	27	80	2	70	34	13	21	31	1.91
46026902--46027107	27	7.6	27	80	5	152	27	7	20	43	1.79
46026844--46027249	81	5.1	81	71	13	267	29	9	20	41	1.83
46026902--46027116	54	4.0	54	75	10	179	28	8	20	42	1.81
46027136--46027206	27	2.6	27	97	0	133	22	5	23	47	1.72
46027022--46027205	98	1.9	98	82	6	230	29	8	21	41	1.82
46027135--46027249	27	4.3	28	77	9	114	26	7	22	43	1.80
46027188--46027254	26	2.5	27	80	4	82	29	8	20	40	1.83
46027246--46027319	27	2.7	27	85	0	94	29	17	14	37	1.90
46043721--46043828	37	2.9	37	83	1	137	25	30	19	24	1.98
46043991--46044270	47	6.0	47	92	0	434	27	30	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46044049--46044130	25	3.4	25	68	21	84	30	28	9	31	1.89
46048254--46048565	40	7.8	40	92	0	462	25	27	21	25	1.99
46049828--46049942	37	3.1	37	87	0	149	26	32	20	20	1.97
46051433--46051604	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
46051426--46051601	46	3.8	46	80	10	214	28	29	21	21	1.98
46051434--46051620	46	4.0	46	72	19	147	27	29	20	21	1.98
46052895--46053206	47	6.6	47	91	0	462	27	29	11	31	1.92
46052985--46053066	25	3.4	24	68	21	73	30	29	9	30	1.89
46058832--46058860	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
46060843--46060890	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
46060927--46060993	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
46061042--46061193	24	6.4	23	93	3	232	28	21	21	27	1.99
46061042--46061193	47	3.2	46	89	5	232	28	21	21	27	1.99
46061042--46061193	71	2.1	71	95	1	268	28	21	21	27	1.99
46071599--46071635	13	2.8	13	91	4	56	35	16	5	43	1.71
46074145--46074274	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
46082100--46082229	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
46086348--46086450	38	2.6	39	86	7	138	24	25	30	20	1.99
46106958--46107002	17	2.6	17	78	0	54	24	17	20	37	1.93
46108538--46108624	20	4.3	20	89	2	131	41	10	17	31	1.83
46108674--46108809	26	5.3	26	89	3	181	27	21	22	27	1.99
46108941--46109032	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46109056--46109158	31	3.3	31	93	0	170	30	13	27	29	1.94
46111761--46111875	27	4.3	26	81	7	124	20	23	20	35	1.96
46118016--46118247	40	5.8	40	88	3	310	26	27	22	23	2.00
46117990--46118247	80	3.2	80	84	7	321	25	26	22	24	2.00
46118025--46118247	120	1.9	120	88	5	344	26	26	22	23	2.00
46121677--46121797	41	2.9	42	80	7	129	28	26	20	23	1.99
46121640--46121807	43	4.0	43	75	10	148	28	27	19	24	1.99
46125200--46125353	27	5.5	27	81	4	155	31	24	14	29	1.95
46125200--46125353	29	5.5	28	80	6	136	31	24	14	29	1.95
46125200--46125303	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
46128448--46128479	15	2.1	15	94	0	55	65	6	6	21	1.38
46130438--46130744	38	8.1	38	89	0	438	15	20	25	37	1.93
46135645--46135826	40	4.6	40	93	2	305	28	25	23	23	2.00
46142856--46142880	8	3.1	8	100	0	50	48	0	28	24	1.52
46143752--46143914	43	3.8	43	77	7	145	27	14	23	33	1.94
46145742--46145980	68	3.5	68	80	1	282	33	17	23	25	1.96
46145742--46145992	136	1.8	136	86	0	358	33	17	23	25	1.96
46149187--46149436	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
46157288--46157535	40	6.2	40	89	3	367	22	29	23	25	1.99
46157288--46157535	118	2.1	120	88	3	367	22	29	23	25	1.99
46159578--46159759	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
46167004--46167184	39	4.6	39	85	2	229	24	21	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46167010--46167184	77	2.2	78	83	3	217	24	22	31	22	1.98
46170621--46170681	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
46175276--46175443	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
46175276--46175443	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
46178459--46178634	46	3.8	45	80	12	205	19	21	30	28	1.98
46178455--46178626	93	1.8	93	93	0	299	19	21	30	27	1.98
46181532--46181600	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
46181523--46181610	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
46183633--46183840	40	5.2	40	90	1	303	26	28	21	23	1.99
46191768--46192055	40	7.2	40	93	1	463	27	29	20	22	1.99
46205417--46205624	40	5.2	40	82	2	211	25	26	23	25	2.00
46214928--46215142	46	4.7	45	79	9	195	25	19	30	24	1.98
46214925--46215142	94	2.4	93	83	6	257	25	19	30	24	1.98
46217826--46218033	40	5.2	39	85	2	229	26	26	21	25	1.99
46217826--46218033	80	2.6	80	85	2	258	26	26	21	25	1.99
46224212--46224275	30	2.2	29	91	2	101	25	18	21	34	1.96
46225222--46225255	3	11.7	3	87	6	52	29	2	0	67	1.05
46225222--46225256	17	2.1	17	94	0	61	28	2	0	68	1.04
46226596--46226639	12	3.4	13	82	17	56	72	0	0	27	0.85
46228983--46229166	40	4.6	40	81	7	180	26	22	25	25	2.00
46231687--46231813	39	3.2	39	83	6	152	22	29	24	24	1.99
46231703--46231811	40	2.8	40	86	9	145	20	29	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46238897--46238924	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
46239629--46239814	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
46239629--46239847	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
46242473--46242505	12	2.8	12	100	0	66	51	30	0	18	1.46
46242701--46242725	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
46246154--46246259	27	4.0	25	84	10	79	32	22	11	33	1.90
46246192--46246439	27	9.2	27	86	3	329	29	22	7	41	1.80
46246675--46246725	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
46246765--46246824	27	2.3	27	79	2	68	21	18	20	40	1.92
46246955--46247053	19	5.3	19	75	13	89	21	21	12	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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