genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  15  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4191574--4191639	29	2.2	30	86	5	89	57	6	18	18	1.60
4194752--4194865	58	1.9	58	91	1	183	51	7	12	28	1.65
4194929--4195204	133	2.1	133	97	0	527	43	8	6	41	1.60
4197171--4197219	25	1.9	25	83	4	62	71	0	10	18	1.13
4202827--4202853	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
4206295--4206349	6	9.2	6	89	0	56	12	0	52	34	1.40
4206292--4206338	3	15.7	3	86	0	67	6	0	59	34	1.23
4206295--4206344	12	4.2	12	89	0	73	10	0	56	34	1.33
4207478--4207782	169	1.8	168	85	5	436	43	17	11	27	1.83
4209144--4209173	13	2.3	13	100	0	60	20	0	0	80	0.72
4210170--4210211	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
4211973--4212003	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
4215524--4215548	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
4217551--4217600	8	6.1	8	80	15	50	34	0	2	64	1.05
4217538--4217601	17	3.8	17	76	14	69	31	0	1	67	1.00
4217537--4217601	9	7.6	9	78	13	66	30	0	1	67	1.00
4217564--4217644	24	3.3	25	75	15	64	24	2	3	69	1.17
4218921--4218985	25	2.7	24	75	2	58	20	30	15	33	1.93
4218936--4218983	25	2.0	24	83	4	60	20	27	14	37	1.92
4219048--4219122	25	3.0	25	72	0	69	22	22	20	34	1.96
4219137--4219187	24	2.1	24	85	7	68	19	31	17	31	1.95
4221011--4221058	23	2.1	23	84	7	62	56	10	8	25	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4222511--4222675	79	2.1	79	95	1	294	36	16	9	38	1.80
4224263--4224624	151	2.5	146	81	8	398	30	14	18	36	1.91
4224346--4224623	151	1.8	151	88	1	423	28	15	18	37	1.91
4229567--4229772	102	2.0	101	82	4	245	38	22	13	25	1.90
4232435--4232468	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
4234453--4234748	156	1.9	157	81	4	357	29	11	22	35	1.90
4245667--4245708	22	1.9	22	85	9	59	64	0	0	35	0.94
4259212--4259250	21	1.9	21	89	5	62	23	5	2	69	1.21
4259538--4259566	12	2.3	13	94	5	51	6	6	10	75	1.17
4268248--4268380	70	1.9	70	90	0	212	27	7	25	39	1.82
4270695--4270723	11	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
4273725--4273749	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
4280812--4280856	23	2.0	23	82	8	56	22	4	2	71	1.15
4281791--4281850	26	2.3	26	82	5	68	58	8	3	30	1.44
4285424--4285454	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
4290994--4291129	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
4294049--4294080	15	2.1	15	100	0	64	56	12	0	31	1.37
4297021--4297049	12	2.3	13	94	5	51	34	6	20	37	1.80
4300132--4300307	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.99
4300129--4300299	93	1.8	93	93	0	297	22	22	28	27	1.99
4307216--4307459	69	3.6	69	77	3	251	24	20	16	37	1.93
4310475--4310518	23	2.0	23	86	4	63	36	31	15	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4312645--4312758	53	2.2	53	98	0	219	23	14	7	54	1.66
4314893--4314922	13	2.4	13	94	5	53	86	0	0	13	0.57
4316410--4316434	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
4318160--4318202	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
4325341--4325406	33	2.0	33	100	0	132	33	6	18	42	1.75
4325841--4325869	7	4.1	7	100	0	58	41	0	31	27	1.56
4332489--4332705	46	4.7	47	92	4	329	22	22	14	40	1.91
4334839--4334890	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
4337731--4337958	46	5.0	47	91	2	331	21	22	14	40	1.90
4340091--4340142	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
4341861--4341899	20	2.0	20	94	0	69	35	17	15	30	1.91
4341930--4342105	90	2.0	89	86	3	246	34	10	19	34	1.87
4341957--4342122	90	1.9	88	82	6	210	34	10	18	36	1.84
4342931--4342966	18	2.0	18	100	0	72	33	0	11	55	1.35
4351311--4351388	38	2.1	38	100	0	156	37	17	2	42	1.64
4366282--4366307	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
4370997--4371030	17	1.9	18	88	5	52	38	0	11	50	1.39
4371330--4371364	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
4371792--4371875	42	2.0	42	90	2	134	46	11	2	39	1.54
4375301--4375340	20	2.0	20	100	0	80	60	10	0	30	1.30
4376228--4376257	6	5.0	6	100	0	60	33	16	0	50	1.46
4380730--4380765	14	2.8	13	88	12	56	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4382553--4382583	12	2.6	12	100	0	62	67	0	25	6	1.14
4387437--4387479	21	2.1	20	86	4	59	48	4	11	34	1.60
4387499--4387585	26	3.4	25	74	16	79	60	4	1	33	1.24
4387738--4387768	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
4388483--4388550	8	8.3	9	84	14	62	41	0	1	57	1.08
4388512--4388550	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
4389206--4389334	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
4389310--4389458	31	4.8	31	90	3	228	27	20	27	24	1.99
4389576--4389691	42	2.7	43	86	4	164	31	14	25	28	1.95
4396666--4396715	2	25.0	2	95	0	91	48	0	0	52	1.00
4399513--4399580	30	2.3	30	82	2	75	41	4	8	45	1.55
4402758--4402809	26	1.9	26	84	7	68	40	3	9	46	1.55
4408670--4408756	44	2.0	44	95	2	158	28	22	12	35	1.91
4410364--4410403	19	2.2	19	90	4	64	52	7	12	27	1.66
4410861--4410929	22	3.1	22	62	22	54	43	5	7	43	1.56
4410842--4410929	44	2.0	44	100	0	176	40	6	9	43	1.63
4413389--4413422	17	2.0	17	88	0	50	82	2	0	14	0.79
4416381--4416407	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
4417490--4417524	16	2.2	16	89	0	52	31	5	11	51	1.61
4421628--4423751	99	21.6	99	89	2	3157	29	28	20	21	1.98
4422381--4422548	83	2.0	83	90	0	264	30	23	23	21	1.99
4423687--4423838	79	1.9	80	93	1	261	28	26	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4423765--4424014	108	2.3	107	85	3	333	28	23	22	25	1.99
4423793--4424042	107	2.3	108	81	2	279	30	24	21	24	1.99
4424486--4424805	46	7.0	47	87	3	352	21	24	15	39	1.91
4424491--4424801	91	3.4	91	86	1	399	20	24	15	39	1.91
4424486--4424805	137	2.3	137	85	2	410	21	24	15	39	1.91
4426084--4426164	40	2.0	40	85	0	108	62	9	2	24	1.38
4426150--4426227	20	4.2	19	73	15	58	65	0	2	32	1.06
4426186--4426230	23	2.0	21	87	8	63	71	0	0	28	0.87
4427541--4427577	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
4429333--4429380	19	2.5	19	86	6	62	77	2	2	18	0.97
4430778--4430822	10	4.3	11	81	13	51	68	0	2	28	1.01
4434424--4434716	129	2.2	131	79	7	312	24	20	21	34	1.96
4447413--4447581	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
4459062--4459192	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
4459079--4459229	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
4467071--4467201	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
4467088--4467238	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
4469237--4469585	44	8.0	44	88	3	456	28	13	30	27	1.94
4469237--4469575	130	2.6	131	87	3	477	27	14	30	27	1.95
4469250--4469585	174	1.9	174	89	3	516	28	13	30	27	1.94
4472203--4472482	129	2.1	132	80	8	297	24	20	20	34	1.97
4477428--4477468	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4483296--4483347	25	2.1	25	100	0	104	42	0	19	38	1.51
4488696--4488728	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
4488772--4488843	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
4490293--4490697	88	4.6	88	79	8	385	37	19	17	26	1.93
4490529--4491095	165	3.4	165	87	6	727	33	21	17	27	1.96
4490771--4490938	76	2.2	75	87	4	257	33	20	16	28	1.95
4490918--4490952	14	2.5	14	95	0	61	57	5	17	20	1.60
4490843--4491108	89	3.0	87	88	4	399	36	20	15	27	1.93
4491009--4491039	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
4494160--4494445	136	2.1	137	98	0	547	31	25	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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