genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  48  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11632326--11632444	55	2.3	51	77	16	120	33	2	1	62	1.19
11632304--11632429	67	1.9	64	84	10	166	32	2	0	64	1.12
11632303--11632439	12	11.4	12	71	20	92	33	2	0	63	1.12
11632753--11632792	19	2.0	20	85	4	55	20	2	7	70	1.24
11632943--11633071	66	2.0	66	82	11	158	29	4	14	51	1.63
11635400--11635521	9	11.9	10	69	25	62	62	0	4	32	1.20
11635381--11635520	32	4.3	32	71	20	105	60	1	3	35	1.23
11635394--11635522	36	3.7	35	75	17	94	61	0	3	34	1.20
11635459--11635520	21	3.2	18	82	17	72	64	0	1	33	1.03
11636986--11637394	83	4.9	83	97	0	719	27	20	19	32	1.96
11637318--11637792	119	4.0	118	90	3	702	29	19	16	34	1.94
11649621--11649740	9	11.9	10	69	25	60	61	0	4	33	1.21
11649602--11649734	32	4.1	32	71	17	96	59	1	3	35	1.25
11649594--11649741	20	7.0	22	71	16	100	58	1	4	35	1.25
11650023--11650166	30	4.8	30	93	1	245	25	49	3	22	1.65
11650724--11650784	25	2.5	24	79	12	70	32	3	0	63	1.10
11650799--11650857	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
11650815--11650863	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
11651016--11651063	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
11651016--11651067	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
11661397--11661429	18	1.9	17	88	11	50	27	30	0	42	1.56
11664438--11664470	18	1.9	17	88	11	50	27	30	0	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11667480--11667512	18	1.9	17	88	11	50	27	30	0	42	1.56
11670522--11670554	18	1.9	17	88	11	50	27	30	0	42	1.56
11673563--11673595	18	1.9	17	88	11	50	27	30	0	42	1.56
11679493--11679517	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
11680109--11680167	15	3.9	15	73	15	50	30	3	3	62	1.28
11680218--11680354	11	12.3	11	67	18	52	35	3	5	55	1.40
11680255--11680372	13	9.2	12	68	15	58	32	3	5	59	1.36
11680299--11680357	24	2.5	24	83	5	75	35	3	3	57	1.32
11680276--11680357	38	2.1	38	84	8	103	34	2	4	58	1.32
11680552--11680587	3	12.0	3	87	0	54	38	0	0	61	0.96
11680588--11680640	21	2.5	21	81	0	70	33	1	9	54	1.43
11680696--11680782	26	3.5	25	71	17	74	34	5	4	55	1.44
11680737--11680797	22	2.9	22	80	9	74	32	4	4	57	1.41
11680764--11680854	32	2.8	31	76	17	87	32	3	6	57	1.41
11680772--11680835	30	2.2	28	76	17	67	32	3	6	57	1.39
11684719--11684760	22	1.9	22	90	0	66	23	16	7	52	1.68
11690821--11690847	13	2.1	13	100	0	54	40	0	7	51	1.30
11703831--11704127	75	4.0	75	85	5	383	29	16	19	33	1.94
11704046--11704216	89	1.9	89	85	4	238	28	16	18	36	1.93
11704207--11704242	13	2.8	13	91	0	54	25	11	2	61	1.43
11706052--11706166	11	10.4	11	68	19	51	35	2	5	56	1.36
11706120--11706159	16	2.4	16	84	16	55	30	0	5	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11706063--11706239	24	7.7	23	69	20	95	34	5	4	55	1.42
11706136--11706239	25	4.2	26	76	14	105	32	5	3	57	1.40
11706091--11706177	41	2.2	39	85	8	113	34	1	4	59	1.25
11706463--11706502	19	2.2	17	91	8	62	30	0	10	60	1.30
11706602--11706662	22	2.9	22	80	9	74	32	4	4	57	1.41
11708530--11708663	26	5.2	26	93	0	209	35	5	22	37	1.77
11710138--11710189	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
11710435--11710717	134	2.1	136	95	2	509	24	18	25	31	1.97
11715749--11715877	24	5.2	25	87	10	194	34	4	22	37	1.75
11715751--11715877	49	2.6	50	91	5	215	35	4	22	37	1.75
11717653--11717938	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
11722959--11723088	25	5.2	25	90	6	194	34	5	22	37	1.77
11724873--11725159	136	2.1	138	95	1	515	24	18	25	32	1.97
11733705--11733786	1	82.0	1	72	0	65	86	9	3	0	0.68
11733705--11733768	11	5.6	12	85	9	89	87	12	0	0	0.54
11733705--11733768	15	4.2	16	81	16	75	87	12	0	0	0.54
11733705--11733765	19	3.6	18	79	18	76	86	13	0	0	0.56
11733705--11733786	31	2.7	30	84	7	103	86	9	3	0	0.68
11733704--11733768	26	2.8	25	78	21	79	86	13	0	0	0.58
11737447--11737566	39	2.9	38	76	15	114	31	25	6	35	1.82
11738097--11738173	40	1.9	40	100	0	154	33	19	14	32	1.92
11739427--11739459	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11740097--11740141	19	2.4	18	88	7	63	51	0	0	48	1.00
11740097--11740144	10	5.0	10	80	16	57	52	0	0	47	1.00
11744317--11744357	21	2.0	21	90	0	64	31	21	24	21	1.98
11748255--11748288	16	2.1	17	88	5	52	23	5	11	58	1.55
11759379--11759408	14	2.1	14	100	0	60	56	13	0	30	1.37
11763071--11763135	28	2.5	25	83	14	71	33	0	7	58	1.27
11763593--11763698	29	3.6	30	71	20	80	58	3	0	36	1.23
11766451--11766736	136	2.1	137	95	0	511	32	24	18	24	1.97
11768518--11768653	26	5.2	26	94	0	227	36	22	5	36	1.76
11772441--11772723	134	2.1	137	94	2	502	32	25	18	24	1.97
11774498--11774579	26	3.2	26	96	0	146	36	24	4	34	1.77
11780241--11780524	134	2.1	137	95	2	511	32	25	18	24	1.97
11780771--11780823	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
11782303--11782434	25	5.2	25	90	7	205	37	21	4	36	1.74
11782303--11782434	51	2.6	50	88	8	205	37	21	4	36	1.74
11787295--11787363	6	11.5	6	74	0	66	14	50	23	11	1.75
11787320--11787371	12	4.3	12	100	0	104	15	51	23	9	1.72
11787308--11787371	24	2.7	24	92	0	92	14	51	23	10	1.73
11788606--11788889	134	2.1	137	96	2	520	31	25	18	24	1.97
11790642--11790776	26	5.2	26	92	1	218	37	22	5	35	1.76
11790642--11790776	51	2.6	52	89	1	218	37	22	5	35	1.76
11792461--11792516	5	11.6	5	78	21	66	21	21	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11792477--11792526	24	2.1	24	100	0	100	20	20	16	44	1.87
11792438--11792511	38	1.9	38	86	5	105	21	22	13	41	1.88
11792455--11792511	19	3.0	19	97	0	105	22	21	14	42	1.88
11796342--11796802	45	10.5	44	65	10	206	29	20	25	25	1.99
11796317--11796899	132	4.4	132	93	1	956	29	19	24	26	1.99
11796885--11798393	44	33.5	44	78	7	1302	27	14	32	25	1.95
11796885--11798393	132	11.2	132	84	5	1838	27	14	32	25	1.95
11797221--11797253	17	1.9	17	100	0	66	0	21	42	36	1.53
11797178--11797297	61	2.0	61	91	0	195	20	15	35	29	1.93
11797130--11797324	105	1.9	105	96	0	363	23	14	34	26	1.94
11797547--11797665	61	2.0	60	94	1	211	20	16	35	27	1.94
11797499--11797709	104	2.0	105	90	0	334	22	16	34	26	1.95
11801396--11801831	131	3.3	128	74	8	322	29	17	15	37	1.91
11808192--11808284	44	2.1	44	85	0	123	32	15	27	24	1.95
11808281--11808782	206	2.4	206	93	0	826	32	17	20	28	1.96
11812639--11812975	126	2.7	125	89	2	496	27	19	17	34	1.95
11813504--11813548	19	2.3	20	92	3	74	46	15	0	37	1.46
11818866--11819001	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
11830488--11830534	2	23.5	2	91	8	78	48	0	2	48	1.13
11832342--11832368	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
11833732--11833849	3	39.7	3	75	8	98	33	7	1	57	1.37
11833920--11833982	26	2.8	21	71	26	56	25	12	0	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11835842--11835962	3	40.7	3	76	8	104	33	7	1	57	1.36
11836031--11836093	26	2.8	21	71	26	56	25	12	0	61	1.31
11838133--11838166	6	5.8	6	93	6	61	17	17	17	47	1.84
11840814--11840857	23	1.9	23	90	0	70	81	0	18	0	0.68
11842487--11842613	66	1.9	66	95	0	227	32	19	12	35	1.90
11842852--11844137	172	7.4	167	77	12	911	35	21	23	20	1.96
11842664--11843440	216	3.6	217	95	1	1391	34	21	23	20	1.96
11843586--11844137	86	6.4	86	94	2	925	34	20	24	20	1.96
11845583--11845623	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
11845795--11845909	3	38.7	3	75	8	92	33	7	1	57	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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