genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
442777--442936	74	2.1	75	87	5	225	30	19	20	30	1.97
442637--443099	165	2.8	163	85	5	592	27	18	20	33	1.96
442852--443027	91	1.9	90	86	3	246	26	19	18	35	1.95
442941--443537	88	7.2	78	70	17	341	27	17	18	36	1.93
442940--443164	78	2.9	78	84	3	290	29	18	17	34	1.94
442940--443178	79	3.0	78	82	5	277	28	17	18	35	1.94
443308--443369	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
442790--443537	257	3.0	251	82	7	737	28	17	18	35	1.94
444192--444251	17	3.5	17	68	4	57	75	16	5	3	1.12
444192--444252	18	3.4	18	69	13	63	75	16	4	3	1.11
444195--444283	34	2.6	35	92	7	157	75	14	6	3	1.14
446327--446372	15	2.9	16	77	6	58	39	0	0	60	0.97
447505--447570	30	2.3	28	82	12	73	33	3	1	62	1.20
448604--448657	24	2.2	24	83	0	63	38	7	11	42	1.68
449540--450145	219	2.8	220	88	4	886	40	19	17	22	1.91
452706--452746	21	2.0	21	85	9	57	51	2	2	43	1.28
457486--457540	16	3.2	17	80	15	60	40	0	5	54	1.23
457490--457607	60	2.0	60	83	12	154	38	0	7	54	1.29
459857--459913	20	2.9	21	89	10	93	28	3	5	63	1.33
462192--462282	4	22.2	4	77	4	83	4	25	4	65	1.29
465428--465481	23	2.3	23	93	3	90	0	35	0	64	0.94
466274--466306	17	1.9	17	93	0	57	15	33	6	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
467201--467263	29	2.2	29	83	11	76	41	3	12	42	1.59
467589--467637	17	3.0	17	69	22	50	44	4	4	46	1.41
481225--481265	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
483694--483731	17	2.2	17	100	0	76	26	15	5	52	1.64
484306--484332	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
487836--487885	24	2.1	24	92	0	82	42	18	18	22	1.90
488421--488487	29	2.2	29	84	7	80	41	10	4	43	1.59
497762--497789	10	2.8	10	100	0	56	28	7	0	64	1.20
500118--500220	29	3.4	30	77	8	111	40	7	0	50	1.38
515648--516338	191	3.6	190	81	5	741	33	18	16	31	1.93
519235--519293	31	1.9	31	86	6	84	18	10	23	47	1.79
519483--519534	24	2.1	25	82	10	63	53	11	17	17	1.72
520248--520315	32	2.2	31	86	7	93	25	22	8	44	1.81
531435--531472	13	2.9	13	88	7	51	78	0	5	15	0.91
537212--537286	39	1.9	39	94	0	132	44	6	26	22	1.78
537793--537841	24	2.0	26	84	8	66	40	2	4	53	1.32
537829--537861	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
538474--538813	130	2.6	129	79	6	326	29	17	17	36	1.92
540314--540344	6	5.2	6	100	0	62	16	0	0	83	0.64
541676--542092	167	2.5	166	87	2	584	24	15	17	41	1.89
548752--548814	28	2.2	29	84	15	80	33	0	7	58	1.27
550996--551033	16	2.4	16	83	12	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
553320--553368	22	2.3	21	86	10	73	14	18	8	59	1.59
558052--558096	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
560563--560589	7	3.9	7	100	0	54	29	0	29	40	1.57
563481--563539	29	2.0	29	80	6	66	37	16	5	40	1.71
565136--565224	44	2.0	44	100	0	178	41	13	4	40	1.65
565880--565906	14	1.9	14	100	0	54	37	22	11	29	1.89
584915--584997	20	4.1	20	72	20	66	62	1	1	34	1.11
587085--587160	32	2.4	32	82	10	86	26	15	11	46	1.81
595799--595823	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
601653--601694	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
604428--604954	200	2.6	199	85	3	682	27	12	22	36	1.91
613153--613188	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
613328--613511	39	4.8	39	90	3	266	32	27	20	20	1.97
613328--613517	77	2.5	77	86	3	283	31	27	21	19	1.97
614280--614309	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
620153--620209	30	1.9	30	88	0	87	35	17	19	28	1.94
622091--622267	91	1.9	91	96	0	327	29	31	10	28	1.90
623389--623436	25	1.9	25	91	0	78	22	2	10	64	1.35
625213--625258	22	2.1	22	84	8	58	45	0	8	45	1.34
626325--626392	31	2.2	31	84	5	93	42	16	5	35	1.72
634788--634946	87	1.8	87	80	2	194	31	7	8	52	1.60
635526--635562	18	2.0	19	85	15	51	59	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644945--645098	72	2.1	72	93	0	272	25	10	12	51	1.70
650638--651181	285	1.9	287	86	4	783	30	14	19	34	1.92
653201--653254	28	2.0	25	86	10	72	57	18	14	9	1.64
653723--653895	85	2.0	85	98	0	337	30	13	13	42	1.83
655877--656010	45	3.0	45	81	9	159	45	8	7	38	1.64
660519--660551	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
661448--661476	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
662332--662372	20	2.0	21	85	4	57	24	7	4	63	1.40
664265--664512	40	6.2	40	88	1	295	25	27	22	24	2.00
672500--672747	40	6.2	39	85	3	241	26	27	21	24	1.99
672500--672747	80	3.1	78	82	5	273	26	27	21	24	1.99
679395--679520	63	2.0	62	95	1	225	46	19	11	22	1.82
686263--686301	21	2.0	21	90	10	64	0	15	17	66	1.25
687823--687887	32	2.1	32	88	2	96	41	10	13	33	1.80
688236--688280	19	2.4	19	85	7	56	46	0	2	51	1.13
689456--689493	18	2.1	19	90	5	60	52	39	2	5	1.38
690031--690114	3	28.0	3	92	0	141	32	2	1	64	1.14
690408--690455	18	2.6	19	83	6	62	45	8	0	45	1.33
691112--691156	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
694466--694494	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
697607--697640	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
698218--698466	124	2.0	124	100	0	498	27	10	20	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703338--703493	22	6.5	24	70	19	85	60	5	3	30	1.36
703407--703463	25	2.3	25	85	8	82	57	5	5	31	1.43
703510--703570	18	3.3	18	74	2	59	65	0	4	29	1.13
703496--703571	36	2.1	37	87	7	111	64	0	5	30	1.15
703538--703639	25	4.1	24	76	8	89	61	3	4	29	1.35
703534--703670	49	2.6	50	78	13	125	61	3	6	28	1.38
703834--703891	29	2.0	29	86	6	82	58	1	8	31	1.38
708409--708621	111	1.9	111	95	0	381	16	39	4	38	1.69
708520--708580	27	2.3	26	75	8	61	14	42	1	40	1.56
708619--708680	25	2.7	22	79	13	79	9	41	25	22	1.84
708630--708689	25	2.4	25	91	0	93	6	43	23	26	1.78
712332--712376	23	2.0	23	86	8	65	71	0	2	26	0.98
712334--712366	14	2.4	14	100	0	66	72	0	0	27	0.85
714111--714319	45	4.6	45	70	13	178	26	23	21	28	1.99
713969--714594	135	4.7	133	91	2	866	26	22	21	29	1.99
714381--714585	43	4.7	43	66	13	130	24	24	20	29	1.99
726065--726109	23	2.0	23	86	8	65	71	0	2	26	0.98
726067--726099	14	2.4	14	100	0	66	72	0	0	27	0.85
727755--727844	18	4.9	18	87	5	128	37	10	14	37	1.80
727755--727844	35	2.5	36	90	7	146	37	10	14	37	1.80
727764--727880	18	6.1	20	79	8	70	35	7	15	41	1.76
728150--728183	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728151--728259	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
728148--728178	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
734761--734795	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
735223--735308	28	3.0	28	79	6	82	48	0	5	45	1.26
735222--735309	19	4.6	18	75	9	68	47	0	5	46	1.26
738812--739001	96	2.0	96	87	0	272	13	32	17	36	1.89
741453--741786	110	3.0	113	88	6	545	15	38	5	40	1.71
741784--741854	25	3.0	25	85	6	94	8	43	22	25	1.81
742844--742877	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
750916--750967	21	2.3	23	80	6	63	63	0	7	28	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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