genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47645718--47645820	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
47648897--47648986	27	3.3	27	87	6	121	40	16	10	33	1.82
47648992--47649199	27	7.8	27	89	2	262	29	24	6	39	1.81
47648992--47649199	53	3.9	54	85	2	262	29	24	6	39	1.81
47648992--47649199	80	2.6	81	84	5	264	29	24	6	39	1.81
47649098--47649401	27	11.2	27	78	8	136	37	20	7	34	1.81
47648992--47649226	80	2.9	81	81	6	196	30	23	6	39	1.81
47649178--47649317	54	2.6	54	82	4	174	39	20	7	32	1.81
47649193--47649452	81	3.2	80	73	12	224	40	18	10	31	1.83
47649461--47649524	27	2.4	27	81	5	76	35	18	23	21	1.95
47650679--47650726	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
47650765--47650841	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
47650763--47650845	20	4.2	20	93	0	148	36	10	20	32	1.87
47650900--47651088	24	8.0	24	90	4	287	29	20	21	29	1.98
47651282--47651345	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
47651332--47651359	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
47657530--47657717	40	4.7	40	91	0	304	25	21	24	29	1.99
47657530--47657757	120	1.9	119	82	5	289	24	21	24	29	1.99
47659558--47659591	16	2.1	16	94	0	59	26	0	2	70	1.01
47660600--47660654	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
47661776--47661891	28	4.2	28	80	2	128	20	24	18	37	1.94
47663032--47663058	10	2.7	10	100	0	54	29	11	11	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47665095--47665289	50	3.9	48	79	7	192	24	17	28	29	1.97
47666948--47666980	3	11.3	3	87	6	50	27	0	3	69	1.03
47666948--47666977	11	2.6	12	94	5	53	26	0	3	70	1.03
47667998--47668046	25	2.0	25	84	8	64	6	32	0	61	1.21
47668721--47668750	8	3.8	8	90	0	51	50	13	23	13	1.77
47669164--47669307	28	5.2	28	81	1	157	18	23	20	38	1.93
47673033--47673062	10	3.0	10	95	0	51	50	26	0	23	1.50
47676729--47676886	43	3.7	43	73	5	124	25	18	26	29	1.98
47676730--47676886	85	1.8	84	82	5	199	25	17	26	29	1.98
47679439--47679667	40	5.7	40	91	2	329	23	21	27	26	1.99
47679439--47679693	40	6.4	40	89	5	326	24	21	27	26	1.99
47684222--47684260	16	2.4	16	86	0	60	46	20	23	10	1.81
47684475--47684626	29	5.3	29	77	6	125	26	13	31	28	1.94
47690758--47691030	38	7.1	38	86	1	375	22	21	24	31	1.99
47690758--47691030	116	2.4	114	88	1	393	22	21	24	31	1.99
47691028--47691139	43	2.6	43	95	0	197	11	25	32	30	1.91
47694241--47694283	16	2.8	15	79	6	50	18	11	13	55	1.68
47696340--47696739	134	3.0	134	86	5	549	36	19	19	24	1.95
47696333--47696768	27	16.2	27	84	3	531	35	19	19	25	1.95
47697105--47697153	21	2.3	22	78	7	55	22	26	20	30	1.98
47697311--47697419	27	4.1	26	88	5	146	18	22	22	36	1.95
47699476--47699839	27	13.5	27	86	4	493	37	19	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47706118--47706285	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
47706134--47706283	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
47714101--47714268	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
47714117--47714266	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
47721248--47721434	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
47721271--47721434	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
47721271--47721468	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
47723788--47723818	16	1.9	16	93	0	53	19	32	25	22	1.97
47724890--47724960	30	2.3	31	79	11	76	67	7	1	23	1.23
47724890--47724955	28	2.2	28	79	12	71	68	6	1	24	1.21
47727639--47727692	28	2.0	28	85	7	76	51	12	5	29	1.63
47747280--47747383	27	3.8	26	67	7	73	37	25	7	28	1.84
47747368--47747482	27	4.3	27	86	0	149	33	17	21	26	1.96
47747681--47747787	27	4.0	26	84	4	97	25	21	17	35	1.95
47747681--47747787	54	2.0	54	83	3	135	25	21	17	35	1.95
47750469--47750575	54	2.0	54	87	3	153	18	26	18	36	1.94
47750468--47750571	27	3.8	27	79	14	115	19	25	19	35	1.95
47753382--47753436	27	2.0	27	96	0	101	27	14	20	38	1.91
47753693--47753768	33	2.3	34	79	6	84	28	18	23	28	1.98
47761074--47761185	27	4.2	26	79	7	116	18	24	20	36	1.95
47761074--47761185	54	2.1	54	88	3	163	18	24	20	36	1.95
47761346--47761391	22	2.1	22	100	0	92	15	17	21	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47764523--47764564	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
47766409--47766472	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
47766666--47766783	23	5.0	24	89	7	179	27	22	21	27	1.99
47766666--47766783	47	2.5	47	90	6	177	27	22	21	27	1.99
47766842--47766918	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
47766838--47766920	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
47766838--47766909	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
47766957--47767004	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
47768148--47768242	27	3.6	27	84	8	101	23	24	21	31	1.98
47768163--47768242	27	3.0	27	87	7	110	21	25	21	32	1.98
47768390--47768522	27	4.9	27	80	10	132	30	6	21	42	1.78
47768397--47768536	54	2.6	54	80	9	160	29	6	22	41	1.79
47768313--47768536	27	8.2	27	76	10	127	30	7	20	41	1.80
47768515--47768789	27	9.8	27	77	9	219	39	8	23	28	1.84
47768387--47768634	81	3.1	81	78	6	207	35	7	20	36	1.81
47768604--47768685	38	2.2	38	86	0	110	36	7	31	24	1.83
47768587--47768713	65	2.0	65	87	0	182	38	7	26	27	1.82
47768559--47768742	92	2.0	92	84	0	242	40	8	24	27	1.83
47768523--47768768	119	2.1	118	84	0	312	40	8	23	26	1.84
47770396--47770449	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
47775670--47775800	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
47775670--47775858	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47781902--47782032	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
47781902--47782090	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
47784750--47784879	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
47789758--47789921	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
47789758--47789955	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
47800058--47800209	40	3.8	40	84	1	171	25	21	26	26	1.99
47803289--47803421	40	3.3	40	83	5	126	26	25	21	26	2.00
47803317--47803430	40	2.8	40	88	2	149	26	24	20	28	1.99
47803315--47803468	40	3.8	39	78	10	125	28	24	19	27	1.98
47813232--47813775	49	11.1	49	97	0	1000	33	9	28	29	1.88
47813844--47813930	37	2.3	37	90	5	140	20	18	33	27	1.96
47815813--47816203	40	9.8	40	91	1	570	28	20	24	26	1.99
47819817--47820214	49	8.1	49	97	0	751	33	9	27	29	1.89
47820283--47820369	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
47831200--47831380	27	6.7	27	82	2	184	37	21	12	28	1.90
47831200--47831380	81	2.2	81	82	5	222	37	21	12	28	1.90
47831378--47831597	27	8.1	27	85	0	233	35	15	20	27	1.93
47836330--47836382	20	2.7	20	100	0	106	20	24	37	16	1.93
47836708--47836804	45	2.2	45	98	1	187	19	16	6	57	1.60
47840269--47840486	40	5.5	40	90	4	318	25	27	22	23	2.00
47843206--47843242	16	2.3	16	100	0	74	32	13	16	37	1.87
47844997--47845194	50	4.0	50	82	3	220	26	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47845009--47845194	101	1.9	99	86	4	266	26	27	18	26	1.98
47846822--47846848	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
47847065--47847097	15	2.1	17	88	11	52	6	9	15	69	1.34
47847178--47847214	13	2.9	13	81	18	51	16	10	10	62	1.55
47849143--47849245	24	4.3	25	79	8	99	36	18	25	19	1.94
47854821--47854908	24	3.6	24	73	3	86	25	15	32	26	1.96
47854820--47854932	49	2.3	50	80	7	133	26	15	32	25	1.95
47865119--47865174	25	2.2	25	80	0	67	25	21	26	26	1.99
47878584--47878691	39	2.7	40	84	2	128	26	23	29	20	1.99
47878541--47878707	40	4.2	40	75	7	160	24	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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