genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  125  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33078408--33078508	38	2.6	38	82	3	103	26	24	25	22	2.00
33078524--33078978	43	10.6	43	95	0	822	9	25	34	30	1.88
33080573--33080598	8	3.2	8	100	0	52	30	0	23	46	1.53
33081038--33081093	16	3.5	16	95	0	103	35	7	28	28	1.84
33081075--33081168	44	2.1	44	86	4	125	32	4	26	36	1.76
33085111--33085249	25	5.6	25	86	0	154	24	22	22	30	1.99
33087079--33087212	28	4.9	28	84	8	168	53	7	14	23	1.66
33087079--33087213	56	2.5	54	84	7	191	53	7	15	23	1.67
33091283--33091394	40	2.8	40	84	2	136	24	25	21	29	1.99
33094743--33095065	50	6.8	48	74	12	233	24	30	17	27	1.97
33094892--33095060	46	3.6	45	81	6	167	24	30	17	27	1.97
33094744--33095063	94	3.4	95	74	12	284	24	30	17	27	1.97
33094793--33095071	46	6.0	44	72	14	118	25	31	17	26	1.97
33097882--33097916	18	1.9	18	88	0	52	34	31	0	34	1.58
33102460--33102573	50	2.3	50	93	0	192	21	35	19	24	1.96
33102557--33102592	17	2.1	17	94	0	63	11	38	22	27	1.88
33102507--33102642	67	2.0	67	97	0	254	19	36	19	24	1.95
33114842--33115005	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
33114828--33115005	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
33122938--33123099	40	4.1	40	82	1	175	24	28	22	24	1.99
33131746--33131817	29	2.5	28	86	6	92	27	26	15	30	1.96
33134770--33135030	41	6.4	41	88	2	391	34	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33134739--33135029	82	3.6	81	88	5	383	35	20	24	20	1.96
33135104--33135147	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
33135136--33135162	7	3.9	7	100	0	54	14	0	55	29	1.40
33135384--33135427	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
33135739--33135785	11	4.0	11	79	15	58	23	46	0	29	1.52
33135744--33135800	25	2.3	25	100	0	114	22	49	0	28	1.50
33135755--33135799	14	3.4	14	76	17	60	20	51	0	28	1.48
33137945--33138016	36	2.0	36	100	0	144	27	19	8	44	1.79
33138659--33138688	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
33138759--33139127	183	2.0	183	95	0	666	27	15	14	42	1.86
33141149--33141199	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
33141595--33141858	43	6.1	43	90	0	384	25	32	17	23	1.97
33146664--33146818	42	3.7	42	84	3	204	29	16	25	29	1.96
33146664--33146818	85	1.8	84	84	4	213	29	16	25	29	1.96
33156944--33157093	40	3.8	40	90	0	201	27	23	28	21	1.99
33157227--33157413	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
33157227--33157380	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
33156825--33157398	285	2.0	285	94	0	997	30	16	24	28	1.96
33157231--33157413	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
33162408--33162435	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
33163450--33163566	59	1.9	59	83	8	146	45	2	4	47	1.36
33167817--33167873	28	2.0	28	100	0	114	35	14	21	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33171382--33171457	33	2.3	32	80	10	82	32	17	25	25	1.96
33171211--33171459	103	2.5	101	86	3	340	31	16	24	27	1.96
33171346--33171506	66	2.4	69	75	10	154	31	18	25	25	1.97
33174473--33174504	14	2.4	13	90	10	55	21	0	3	75	0.95
33174792--33174870	40	2.0	40	100	0	158	45	2	11	40	1.54
33175994--33176180	97	1.9	97	94	0	329	27	24	24	23	2.00
33181093--33181131	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
33190939--33191008	35	2.0	35	100	0	140	22	28	20	28	1.98
33192886--33193052	40	4.2	40	83	3	187	24	26	22	25	2.00
33195258--33195342	37	2.3	37	83	0	98	29	17	23	29	1.97
33195330--33195742	48	8.6	48	86	0	583	27	19	25	27	1.99
33195696--33195785	42	2.1	42	84	8	112	26	17	27	27	1.98
33207481--33207581	28	3.5	28	83	6	96	28	26	14	29	1.95
33209587--33209618	13	2.4	14	89	10	57	40	6	0	53	1.26
33213737--33213885	80	1.9	80	81	2	183	22	30	25	21	1.99
33213778--33213928	40	3.8	39	77	8	126	21	27	25	25	2.00
33220631--33220760	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
33220631--33220793	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
33223289--33223479	38	4.9	38	86	2	238	20	21	26	31	1.98
33223289--33223479	78	2.5	79	85	5	237	20	21	26	31	1.98
33241369--33241404	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33249957--33249983	14	1.9	14	100	0	54	48	14	0	37	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33250299--33250363	15	4.4	15	72	16	55	63	12	12	12	1.54
33253378--33253507	50	2.6	49	87	1	170	30	27	16	24	1.97
33253378--33253561	101	1.8	99	84	2	251	29	26	19	25	1.98
33261002--33261149	40	3.7	40	77	8	140	26	27	22	24	2.00
33268159--33268311	40	3.8	38	77	8	137	25	28	22	23	2.00
33282861--33282898	10	3.7	10	93	6	67	34	15	18	31	1.92
33282942--33283062	25	4.9	24	79	13	120	29	24	20	24	1.99
33282942--33283062	50	2.4	49	82	6	145	29	24	20	24	1.99
33283286--33283345	31	1.9	31	89	0	93	35	16	25	23	1.95
33289231--33289294	32	2.0	32	96	0	119	32	9	29	28	1.88
33290863--33290898	10	3.5	10	92	7	63	33	16	19	30	1.94
33290942--33291006	25	2.6	25	90	0	103	27	26	21	24	1.99
33291270--33291355	29	2.8	30	79	10	95	33	20	22	23	1.97
33297315--33297348	13	2.6	13	85	0	50	5	32	32	29	1.81
33309751--33309797	23	2.0	23	87	0	67	40	21	10	27	1.86
33315920--33316087	91	1.9	90	83	1	219	33	13	22	30	1.93
33316272--33316334	18	3.6	17	73	18	58	49	11	6	33	1.64
33316637--33316716	28	2.9	27	75	5	79	57	5	12	25	1.55
33325634--33325695	31	2.0	31	100	0	124	38	9	22	29	1.86
33329635--33329676	6	6.7	6	84	10	57	19	0	2	78	0.86
33337826--33338009	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
33337866--33338054	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33345929--33346112	40	4.6	39	74	6	129	26	24	27	22	2.00
33345969--33346157	80	2.4	81	77	4	186	22	24	29	22	1.99
33352451--33352484	16	2.1	16	88	0	50	79	2	17	0	0.86
33371661--33371760	29	3.5	29	80	13	109	28	27	15	30	1.96
33379499--33379600	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
33382509--33382639	28	4.6	29	87	3	167	29	15	31	24	1.95
33382511--33382639	57	2.3	57	84	2	170	28	15	31	24	1.95
33382509--33382643	29	4.7	29	84	7	150	28	15	31	24	1.96
33385710--33385798	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
33385710--33385789	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
33385721--33385798	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
33388728--33388900	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
33388736--33388905	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
33390228--33390358	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
33392226--33392411	40	4.7	40	85	5	218	25	22	26	25	2.00
33392226--33392444	80	2.8	80	79	12	229	26	22	26	24	2.00
33398611--33398926	45	7.0	44	80	12	304	20	30	19	28	1.98
33398616--33398926	133	2.3	134	83	9	375	20	30	19	28	1.98
33398616--33398924	88	3.4	86	78	10	316	21	30	19	28	1.97
33429370--33429441	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
33439782--33439826	2	23.0	2	90	4	74	46	0	2	51	1.13
33440928--33441146	43	5.1	43	89	2	327	13	23	31	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33443525--33443646	40	3.1	40	88	4	185	22	20	24	31	1.98
33443525--33443644	38	3.1	38	90	2	177	22	20	25	31	1.98
33443525--33443677	78	2.0	78	82	2	191	22	20	24	32	1.98
33444005--33444030	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33448170--33448318	80	1.9	80	81	2	183	22	30	25	21	1.99
33448211--33448361	40	3.8	39	77	8	126	21	27	25	25	2.00
33455072--33455182	40	2.8	40	86	9	147	21	28	26	23	1.99
33455079--33455219	40	3.5	40	79	3	142	19	27	25	26	1.99
33457039--33457087	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33457910--33458076	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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