Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  283  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81544594--81544672
33
2.4
33
97
0
149
25
32
12
29
1.93
81555452--81555492
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
81561802--81561833
4
8.0
4
100
0
64
25
0
25
50
1.50
81565663--81565687
9
2.8
9
100
0
50
8
0
0
92
0.40
81565675--81565712
16
2.3
17
82
17
53
10
5
5
78
1.06
81569148--81569178
5
6.0
5
96
3
53
22
19
0
58
1.40
81569171--81569208
16
2.6
14
88
12
51
34
7
7
50
1.61
81571755--81571997
4
62.2
4
79
4
228
25
8
25
41
1.83
81571755--81571994
8
30.8
8
82
8
262
25
8
25
40
1.84
81571755--81571997
16
15.6
16
85
5
300
25
8
25
41
1.83
81578348--81578381
17
1.9
17
94
5
59
76
0
23
0
0.79
81582771--81582811
20
2.0
20
85
0
55
48
24
12
14
1.78
81587274--81587314
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
81592578--81592613
16
2.2
16
90
9
56
77
0
0
22
0.76
81592578--81592617
18
2.4
17
87
8
55
75
0
0
25
0.81
81594418--81594464
13
3.6
13
82
0
58
57
4
2
36
1.30
81598190--81598260
29
2.4
29
90
0
115
25
30
12
30
1.93
81601081--81601117
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
81603275--81603833
46
12.0
46
88
3
650
40
15
24
20
1.91
81603290--81603860
138
4.1
138
87
4
723
40
15
23
20
1.90
81603612--81603860
46
5.4
47
84
1
308
44
14
22
18
1.86
81604946--81605187
122
2.0
121
97
1
459
39
9
1
50
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81608449--81608815
50
7.7
50
75
12
251
27
17
29
25
1.98
81609828--81609882
28
1.9
29
85
3
76
16
20
49
14
1.80
81611148--81611185
20
1.9
20
94
0
67
50
0
5
44
1.24
81611996--81612067
31
2.4
30
92
2
126
40
6
12
40
1.70
81614441--81614569
67
1.9
67
80
3
152
38
10
6
44
1.65
81614575--81614617
18
2.4
18
80
0
50
74
2
9
13
1.16
81617971--81618011
21
1.9
22
85
5
57
31
21
2
43
1.66
81621762--81621800
16
2.4
16
86
0
51
35
0
7
56
1.28
81623042--81623090
26
2.0
24
84
8
62
63
8
0
28
1.23
81624822--81624933
54
2.1
55
98
1
217
56
7
10
25
1.59
81628885--81628916
15
2.1
16
94
5
57
84
3
12
0
0.74
81628938--81629501
286
2.0
282
92
1
948
34
11
15
38
1.84
81633883--81633970
22
4.0
22
87
0
113
29
11
14
44
1.80
81634806--81634886
30
2.7
30
76
14
87
56
9
0
33
1.32
81636281--81636369
39
2.3
39
80
3
99
29
2
56
12
1.48
81638303--81638398
20
4.8
20
72
19
83
43
1
4
51
1.28
81638278--81638398
60
2.0
60
100
0
242
44
1
3
50
1.28
81652909--81652953
22
2.0
22
95
0
81
57
6
17
17
1.60
81655520--81656080
3
186.3
3
71
12
246
27
8
3
60
1.42
81655831--81655875
23
2.0
23
81
0
54
31
6
4
57
1.44
81659619--81659671
24
2.2
24
80
6
63
26
0
13
60
1.33
81663654--81663684
6
5.2
6
96
0
53
64
0
0
35
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81665738--81665792
20
2.9
18
76
15
58
36
0
1
61
1.06
81668940--81668999
28
2.1
28
93
0
102
78
15
1
5
1.00
81668952--81668999
23
2.1
23
84
0
60
79
14
2
4
0.98
81668957--81669043
39
2.4
36
81
9
104
81
9
4
4
0.96
81669237--81669275
17
2.3
17
86
8
53
17
10
0
71
1.12
81669497--81669553
29
2.0
29
82
6
71
22
10
7
59
1.54
81669795--81669824
11
2.7
11
89
0
51
40
0
0
60
0.97
81682410--81682593
72
2.5
71
83
7
237
26
15
21
35
1.94
81682240--81682676
197
2.3
187
83
5
518
26
15
22
35
1.94
81682575--81682791
115
1.9
115
89
1
337
25
15
22
36
1.94
81682722--81683104
72
5.2
71
83
5
442
27
17
20
33
1.96
81682302--81682901
312
1.9
313
96
2
1107
26
15
21
36
1.94
81682735--81683105
150
2.5
146
86
3
507
28
18
21
32
1.96
81683909--81684011
31
3.3
32
83
13
126
74
15
3
5
1.15
81684203--81684241
17
2.3
17
86
8
53
17
10
0
71
1.12
81686662--81686746
25
3.4
25
95
1
143
32
21
18
27
1.97
81686794--81686848
20
2.9
19
82
12
69
40
18
9
32
1.82
81688647--81688715
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
81690511--81690611
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
81698463--81698563
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
81700899--81700923
12
2.1
12
100
0
50
68
0
32
0
0.90
81701435--81701472
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81709041--81709224
72
2.5
71
83
7
237
26
15
21
35
1.94
81709206--81709424
115
1.9
117
88
1
334
26
15
21
36
1.94
81708933--81709534
314
1.9
315
95
2
1102
26
15
21
35
1.94
81709368--81709725
151
2.4
145
84
5
470
28
17
21
31
1.96
81709363--81709737
72
5.1
72
82
4
430
28
17
20
32
1.96
81709444--81709784
151
2.2
150
84
7
429
31
17
21
30
1.96
81710543--81710617
33
2.2
32
84
13
98
73
17
6
2
1.17
81710546--81710643
34
2.8
35
80
13
103
73
16
6
4
1.19
81710603--81710654
27
1.9
27
84
7
70
76
9
5
7
1.14
81710843--81710881
17
2.3
17
86
8
53
17
10
0
71
1.12
81711090--81711146
29
2.0
29
82
6
71
22
10
7
59
1.54
81711391--81711420
11
2.7
11
89
0
51
40
0
0
60
0.97
81711914--81711956
6
7.3
6
78
5
52
32
0
13
53
1.41
81714864--81714980
30
3.9
30
82
3
121
42
2
23
31
1.67
81714851--81714980
60
2.2
59
79
4
145
42
2
21
33
1.66
81715250--81715684
54
8.1
54
90
4
673
37
17
15
28
1.91
81715250--81715676
164
2.7
160
90
4
671
37
18
15
28
1.91
81715663--81715697
14
2.5
14
95
0
61
60
0
17
22
1.37
81715628--81716266
176
3.7
174
80
9
663
35
19
17
27
1.94
81715929--81715962
16
2.1
16
94
0
59
67
5
8
17
1.37
81716106--81716140
14
2.5
14
85
0
52
60
5
20
14
1.54
81715628--81716213
87
6.7
85
80
8
631
36
18
17
26
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81716120--81716634
75
7.0
75
84
5
660
32
19
16
30
1.95
81716571--81716803
84
2.8
84
87
3
335
36
21
14
28
1.92
81716418--81717145
240
3.0
236
82
8
844
33
19
15
31
1.93
81716742--81716875
71
1.9
71
96
0
250
27
20
17
34
1.95
81716813--81717128
85
3.7
85
83
5
433
31
18
15
34
1.93
81716834--81717142
169
1.8
169
96
0
575
32
18
15
33
1.92
81715628--81717199
325
4.9
326
78
12
1391
34
19
16
29
1.94
81717051--81717217
71
2.3
72
88
4
237
35
18
14
30
1.91
81718794--81718831
14
2.6
14
91
8
58
0
18
2
78
0.86
81719390--81719426
8
4.5
8
90
6
56
0
2
8
89
0.58
81719390--81719421
9
3.7
9
95
4
57
0
0
9
90
0.45
81719390--81719426
17
2.2
17
95
0
65
0
2
8
89
0.58
81724585--81724714
30
4.4
29
80
8
111
42
2
20
34
1.65
81724599--81724714
30
3.9
31
80
9
127
42
2
22
32
1.67
81724598--81724714
60
2.0
59
86
5
164
42
2
22
32
1.67
81724834--81724969
52
2.6
52
90
3
211
30
28
16
25
1.96
81725580--81725623
23
2.0
23
86
4
63
34
20
11
34
1.88
81728935--81729140
40
5.2
40
95
0
360
27
27
22
22
1.99
81737045--81737256
79
2.7
80
91
3
340
27
26
21
23
1.99
81737045--81737249
40
5.2
40
94
1
342
27
27
21
22
1.99
81739040--81739090
22
2.4
22
80
3
59
11
33
39
15
1.84
81739656--81739714
30
2.0
30
100
0
118
45
0
33
20
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81740557--81740611
20
2.9
18
76
15
58
36
0
1
61
1.06
81743408--81743437
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
81743462--81743493
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
81750085--81750206
46
2.6
46
81
5
120
22
27
19
30
1.98
81752627--81752746
63
1.9
64
84
5
163
51
7
7
33
1.58
81756622--81756659
18
2.1
18
95
0
67
47
15
5
31
1.68
81762252--81762354
29
3.6
29
90
0
152
27
15
33
24
1.95
81766563--81766610
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
81766656--81766712
20
2.8
20
97
0
105
36
10
21
31
1.87
81766658--81766712
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427