genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54288764--54288887	39	3.2	39	78	0	149	33	17	24	24	1.96
54288763--54288917	78	2.0	76	80	5	168	31	18	25	24	1.97
54290808--54291138	27	12.3	27	86	2	337	25	20	18	35	1.95
54290808--54291138	81	4.1	81	83	4	391	25	20	18	35	1.95
54290827--54291119	54	5.4	54	87	3	394	25	21	18	34	1.96
54291153--54291220	27	2.5	27	83	4	75	32	8	17	41	1.80
54293082--54293144	27	2.3	27	72	0	63	38	25	17	19	1.93
54293125--54293454	27	12.3	27	89	0	457	25	20	20	34	1.96
54293412--54293590	54	3.3	54	75	3	155	28	11	21	38	1.88
54293439--54293590	27	5.7	26	75	6	106	29	9	21	39	1.84
54293439--54293590	81	1.9	81	83	2	198	29	9	21	39	1.84
54300451--54300575	39	3.2	39	82	0	151	33	19	23	24	1.97
54304705--54304733	14	2.1	14	100	0	58	48	20	24	6	1.74
54307659--54307711	18	3.0	18	86	2	81	16	26	39	16	1.91
54313491--54313527	19	1.9	19	100	0	74	21	24	16	37	1.93
54319614--54319677	28	2.3	28	86	5	85	18	20	34	26	1.96
54319993--54320413	27	15.7	27	83	1	497	39	21	10	28	1.86
54319993--54320413	161	2.6	161	87	3	587	39	21	10	28	1.86
54320392--54320480	27	3.3	27	81	6	108	35	15	16	31	1.91
54323129--54323424	147	2.0	147	98	0	574	22	16	17	43	1.88
54327769--54327932	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54327769--54327966	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54334877--54335040	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54334877--54335074	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54341205--54341234	11	2.7	11	94	0	51	36	0	3	60	1.14
54349442--54349565	51	2.4	52	80	7	139	26	14	31	27	1.95
54352950--54353018	15	4.7	13	82	13	57	14	8	17	59	1.60
54352950--54353017	30	2.3	30	82	12	86	14	7	17	60	1.57
54353610--54353645	18	2.0	18	94	0	63	25	36	16	22	1.94
54356326--54356495	42	4.0	42	89	0	250	32	29	17	20	1.95
54356327--54356492	84	2.0	84	92	0	278	31	29	17	21	1.96
54361209--54361245	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
54361281--54361355	29	2.6	28	87	8	98	26	30	16	26	1.96
54361901--54361929	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
54372782--54372878	42	2.3	42	80	0	104	32	28	14	23	1.94
54372928--54373140	37	5.8	37	90	1	313	24	28	17	29	1.97
54372928--54373140	74	2.9	74	94	2	358	24	28	17	29	1.97
54375165--54375231	32	2.1	32	97	0	125	28	29	7	34	1.85
54375297--54375418	42	2.9	42	91	0	181	27	29	19	22	1.98
54377592--54377779	51	3.7	51	83	0	189	24	17	28	30	1.97
54377683--54377824	51	2.8	51	84	2	160	27	15	28	28	1.96
54380793--54381013	40	5.6	40	90	4	315	21	27	23	27	1.99
54380793--54381013	119	1.9	119	85	5	313	21	27	23	27	1.99
54385350--54385519	47	3.6	47	91	2	263	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54385375--54385450	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
54385513--54385601	46	1.9	46	83	0	115	33	11	31	23	1.90
54385755--54385862	37	2.9	37	95	0	189	23	19	31	25	1.98
54392910--54393130	40	5.6	40	88	4	297	22	27	23	27	1.99
54392910--54393130	119	1.9	119	83	5	295	22	27	23	27	1.99
54399844--54399892	22	2.2	20	77	19	53	51	26	2	20	1.59
54405596--54405767	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54405588--54405763	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
54408138--54408226	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
54408138--54408217	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
54408149--54408226	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
54411154--54411331	46	3.8	46	80	4	214	28	28	20	21	1.98
54411162--54411333	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
54419374--54419429	21	2.7	21	97	0	103	23	35	33	7	1.82
54420654--54421174	48	10.9	48	74	4	415	24	27	18	29	1.98
54420649--54421174	96	5.5	95	84	0	649	24	27	18	29	1.98
54435595--54435625	16	1.9	16	93	0	53	35	19	6	38	1.77
54440091--54440189	29	3.4	29	100	0	198	30	14	28	27	1.95
54440091--54440248	58	2.7	58	84	4	194	27	15	29	26	1.96
54447556--54447655	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
54447556--54447715	29	5.5	30	87	5	188	27	16	30	25	1.96
54451924--54451972	25	2.0	24	84	11	64	55	18	2	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54453577--54453607	14	2.3	14	94	5	55	29	3	0	67	1.06
54455647--54455829	43	4.3	43	86	0	233	22	19	33	24	1.97
54455884--54455944	31	2.0	31	90	6	97	57	21	8	13	1.62
54456192--54456231	21	1.9	21	85	10	55	2	47	17	32	1.61
54461527--54461687	9	18.3	9	70	11	93	33	0	19	46	1.55
54461551--54461634	36	2.4	34	88	4	123	33	1	19	46	1.57
54461577--54461707	43	3.0	43	93	2	208	33	0	17	48	1.47
54465043--54465153	21	5.0	21	70	19	75	22	0	30	46	1.52
54466296--54466355	28	2.2	28	91	5	97	38	23	23	15	1.92
54472426--54472619	27	7.2	27	84	2	185	30	23	7	38	1.82
54472426--54472620	81	2.4	81	86	3	268	30	23	7	38	1.83
54472655--54472725	27	2.6	28	77	6	83	43	22	4	29	1.72
54472828--54472901	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
54472841--54472905	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
54473717--54473785	25	2.8	25	93	0	111	21	27	26	24	1.99
54473931--54474022	42	2.2	42	96	3	168	32	15	20	31	1.94
54474048--54474160	31	3.7	31	93	1	192	26	15	27	30	1.96
54474892--54474917	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
54475859--54475893	17	2.1	17	100	0	70	5	28	5	60	1.43
54492334--54492374	18	2.2	19	86	4	57	19	39	0	41	1.52
54499151--54499373	46	4.8	45	73	13	161	27	19	30	22	1.98
54501650--54501686	14	2.6	14	95	0	65	29	13	35	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54506195--54506225	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
54507238--54507287	18	2.8	17	77	16	57	4	32	2	62	1.25
54508578--54508753	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
54508574--54508745	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
54511703--54511781	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
54511694--54511780	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
54514162--54514337	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
54514158--54514329	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
54516713--54516771	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
54516882--54516965	28	3.1	28	77	3	91	19	26	21	33	1.97
54518057--54518090	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
54519185--54519258	29	2.5	29	84	6	96	29	28	18	22	1.98
54521749--54521896	42	3.5	42	84	1	190	21	16	29	32	1.96
54526426--54526486	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54530558--54530730	46	3.7	46	76	10	181	21	19	27	31	1.97
54533158--54533305	78	1.9	78	88	0	224	18	29	27	24	1.98
54562948--54562985	19	2.0	20	89	5	60	21	13	2	63	1.42
54568361--54568440	6	13.0	6	75	15	74	47	15	18	18	1.83
54568343--54568440	31	3.2	31	92	0	151	47	12	20	19	1.81
54568842--54569064	27	8.3	27	85	4	243	24	19	20	35	1.95
54568842--54569064	54	4.1	54	87	0	293	24	19	20	35	1.95
54568841--54569118	81	3.4	81	82	2	308	25	16	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54569046--54569120	27	2.8	27	95	0	132	26	5	24	44	1.75
54568860--54569118	54	4.8	55	84	3	258	25	16	21	37	1.93
54569047--54569134	27	3.3	27	91	0	131	29	6	25	38	1.81
54569086--54569161	27	2.8	27	83	0	80	31	9	23	35	1.86
54569111--54569230	54	2.2	54	84	0	150	36	8	22	32	1.84
54569140--54569228	27	3.3	27	90	0	142	38	7	22	31	1.83
54569233--54569319	27	3.2	27	82	6	113	27	9	22	40	1.85
54570550--54570605	28	2.0	28	82	6	69	7	28	0	64	1.20
54582839--54582872	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
54588352--54588417	32	2.1	32	97	0	123	24	15	10	50	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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