genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15220038--15220074	18	2.1	18	100	0	74	45	16	21	16	1.84
15222675--15222740	30	2.2	30	91	5	107	21	45	12	21	1.84
15223356--15223437	12	6.8	12	81	5	103	37	31	1	29	1.65
15230482--15230580	38	2.5	39	79	6	103	52	4	6	37	1.45
15232072--15232106	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
15232128--15232463	79	4.5	75	80	8	355	33	19	16	30	1.94
15232085--15232461	79	5.0	72	79	6	290	34	19	16	29	1.94
15232320--15232797	165	2.9	168	87	5	677	32	20	18	29	1.96
15232494--15232638	74	1.9	75	88	5	222	28	22	18	31	1.97
15232570--15232743	89	2.0	88	86	6	244	33	20	20	26	1.97
15232659--15232797	73	1.9	75	87	4	210	28	23	20	28	1.99
15232862--15233027	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
15233027--15233290	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
15233027--15233290	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
15232865--15233457	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
15235845--15236106	70	3.7	70	82	6	334	38	22	14	25	1.91
15235724--15236273	256	2.1	254	93	4	928	36	22	14	26	1.93
15243822--15243855	15	2.4	14	90	5	50	5	0	29	64	1.17
15243851--15243886	16	2.2	16	90	9	56	0	8	2	88	0.59
15247932--15247960	13	2.2	13	100	0	58	48	6	0	44	1.29
15248756--15248834	26	3.2	26	66	23	80	22	24	0	53	1.47
15248759--15248840	23	3.6	23	68	28	68	24	23	0	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15248746--15248845	47	2.1	47	100	0	200	22	24	0	54	1.45
15250767--15250806	21	1.9	21	89	0	62	27	30	10	32	1.89
15250969--15250999	11	2.9	11	95	4	55	58	6	0	35	1.24
15251194--15251246	16	3.4	16	82	12	65	50	1	1	45	1.23
15255415--15255456	20	2.1	20	86	8	59	45	9	0	45	1.36
15259032--15259062	14	2.2	14	94	0	53	54	0	0	45	0.99
15261589--15261644	20	2.9	20	82	15	73	62	1	0	35	1.06
15266219--15266265	8	5.9	8	77	7	51	27	2	2	68	1.13
15266336--15266369	18	1.9	18	88	5	52	35	2	17	44	1.64
15269421--15269445	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15272404--15272478	12	6.2	12	72	18	57	22	0	10	66	1.22
15272422--15272462	15	2.7	16	81	11	50	29	0	7	63	1.21
15285564--15285625	28	2.1	32	82	11	78	32	1	3	62	1.20
15285595--15285634	20	2.1	18	86	9	53	40	0	0	60	0.97
15290959--15291003	17	2.6	17	85	0	63	20	40	20	20	1.92
15292229--15292283	23	2.4	23	85	8	76	52	9	0	38	1.33
15293789--15293852	29	2.2	29	94	0	110	37	1	29	31	1.67
15295885--15295972	36	2.5	37	94	1	137	18	10	23	47	1.79
15295885--15295947	20	3.3	20	67	24	64	17	7	26	47	1.75
15297046--15297144	32	2.9	32	79	13	101	54	6	2	37	1.37
15297110--15297169	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
15297110--15297172	22	3.0	21	79	9	74	52	4	9	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15297287--15297345	25	2.4	25	83	8	77	61	3	3	32	1.29
15297413--15297478	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
15297428--15297477	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
15297404--15297592	23	8.3	23	73	19	62	56	5	3	34	1.39
15297821--15297897	3	24.7	3	76	7	57	62	3	5	28	1.35
15299711--15299881	90	1.9	89	86	5	247	38	21	15	25	1.92
15299572--15300274	165	4.2	161	80	8	616	35	19	17	28	1.94
15299952--15300123	77	2.3	75	85	8	224	34	15	20	29	1.94
15300102--15300137	14	2.6	14	90	0	54	58	2	11	27	1.46
15299710--15300274	165	3.4	163	82	7	635	34	19	18	27	1.95
15312479--15312538	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
15312479--15312541	22	3.0	21	79	9	74	52	4	9	33	1.55
15312489--15312574	25	3.6	24	73	14	79	52	5	9	32	1.57
15312621--15312699	37	2.1	39	81	9	92	56	6	5	31	1.46
15312656--15312714	24	2.4	25	80	2	66	61	3	3	32	1.29
15312642--15312706	22	3.3	20	70	21	57	61	4	3	30	1.31
15312651--15312716	24	2.7	24	72	19	64	60	4	3	31	1.32
15312782--15312847	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
15312797--15312846	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
15312773--15312843	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
15312861--15312926	23	2.7	23	81	6	69	62	1	3	33	1.20
15313098--15313282	3	60.3	3	70	13	94	60	2	8	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15316043--15316084	1	42.0	1	90	0	66	0	4	0	95	0.28
15316210--15316440	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
15317227--15317327	39	2.5	39	87	6	132	23	11	34	29	1.91
15317433--15317531	5	18.8	5	78	12	76	77	0	3	19	0.89
15317434--15317531	30	3.4	30	77	16	102	78	0	3	18	0.88
15317445--15317530	12	6.9	13	74	17	76	77	0	3	18	0.90
15321929--15321961	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
15322008--15322066	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
15322037--15322085	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
15322040--15322098	26	2.3	26	80	8	68	27	1	3	67	1.16
15323312--15323368	28	2.2	25	84	9	69	56	15	3	24	1.56
15323311--15323370	25	2.4	25	83	10	70	55	15	3	26	1.56
15323347--15323448	40	2.5	40	87	0	141	47	19	8	24	1.78
15325075--15325113	20	2.0	20	100	0	78	30	28	5	35	1.79
15325133--15325182	15	3.3	15	80	0	55	38	32	10	20	1.85
15325613--15325654	16	2.6	16	92	0	66	50	19	7	23	1.72
15325644--15325703	24	2.5	23	81	5	57	53	15	6	25	1.65
15326301--15326361	31	2.0	31	84	9	81	21	9	19	49	1.77
15326352--15326410	20	2.9	20	92	2	100	47	8	20	23	1.77
15328069--15328101	17	1.9	17	88	11	50	30	6	6	57	1.47
15330335--15330401	24	2.6	25	86	9	82	58	0	2	38	1.14
15331809--15331836	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15333798--15333881	42	2.0	42	100	0	168	33	9	19	38	1.84
15334957--15335002	20	2.3	21	82	14	62	21	10	2	65	1.35
15334966--15335009	19	2.3	20	84	7	56	15	11	2	70	1.26
15337185--15337240	21	2.8	19	79	12	58	44	1	7	46	1.41
15340486--15340521	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
15351089--15351145	27	2.1	27	90	0	87	14	24	40	21	1.90
15351177--15351345	72	2.3	72	91	1	266	53	14	1	30	1.51
15351355--15351473	60	2.0	60	93	0	202	53	10	0	35	1.36
15352666--15352692	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
15352902--15352948	18	2.8	18	81	15	64	42	2	0	55	1.12
15361373--15361405	7	4.9	7	96	3	59	42	0	0	57	0.98
15361657--15361690	18	1.9	17	88	5	50	55	5	11	26	1.58
15373625--15373782	43	3.7	44	77	5	144	31	24	14	29	1.94
15376650--15376679	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
15376705--15376736	16	2.0	16	93	0	55	28	0	12	59	1.34
15385915--15386103	42	4.5	41	74	4	137	19	34	22	23	1.96
15389036--15389088	20	2.7	20	81	0	61	54	13	26	5	1.60
15392291--15392327	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
15398114--15398156	21	2.0	21	90	0	68	44	11	18	25	1.84
15399488--15399531	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
15401278--15401303	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
15402971--15403104	66	2.0	67	95	1	243	30	5	10	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15405141--15405166	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15405461--15405501	22	2.0	20	90	9	64	58	0	0	41	0.98
15406558--15406601	23	2.0	22	86	4	61	43	9	13	34	1.76
15414434--15414673	94	2.5	93	75	11	245	37	18	8	35	1.82
15414677--15414713	8	4.2	9	89	10	51	75	0	2	21	0.92
15414686--15414713	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
15414784--15414844	21	3.2	20	75	15	58	62	3	3	31	1.27
15414821--15414862	18	2.4	17	81	14	50	69	0	4	26	1.08
15414776--15414872	28	3.5	27	72	13	81	64	2	3	29	1.20
15414775--15414880	56	1.9	56	84	9	146	63	1	2	32	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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