genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  258  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74021315--74021387	24	3.0	24	89	0	119	36	5	38	19	1.75
74029180--74029265	24	3.6	24	90	0	127	38	3	37	20	1.70
74030559--74030731	46	3.8	45	80	13	217	20	21	28	28	1.98
74033675--74033743	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
74033666--74033745	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
74036137--74036312	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
74036133--74036304	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
74039248--74039340	32	2.8	32	71	11	80	25	20	25	27	1.99
74053586--74053655	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
74061518--74061587	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
74065268--74065322	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
74065441--74065583	43	3.3	43	84	0	178	33	31	20	13	1.92
74065572--74065692	40	3.0	40	86	0	161	26	32	21	19	1.97
74069605--74069630	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
74073168--74073232	5	13.2	5	91	3	105	78	0	1	20	0.83
74076462--74076694	39	5.9	39	86	0	295	21	21	33	23	1.97
74076462--74076655	78	2.5	78	95	0	343	22	20	34	22	1.97
74083179--74083428	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
74093157--74093340	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
74108260--74108285	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
74108801--74108852	25	2.1	25	100	0	104	48	28	3	19	1.66
74115693--74115818	49	2.6	49	81	6	150	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74115883--74116047	46	3.5	46	73	9	156	24	29	18	27	1.98
74118111--74118244	50	2.6	50	86	6	173	23	15	27	32	1.95
74118295--74118538	50	4.9	50	76	2	229	25	17	27	29	1.97
74118157--74118538	137	2.7	143	86	6	517	25	17	26	30	1.97
74118301--74118482	101	1.8	101	85	0	256	26	17	26	29	1.97
74118741--74118772	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
74123982--74124094	27	4.2	26	78	9	102	38	19	22	20	1.94
74124196--74124259	26	2.4	26	84	2	74	23	10	28	37	1.89
74127967--74128013	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
74128402--74128633	101	2.3	101	82	3	281	25	17	26	31	1.97
74128397--74128634	50	4.7	50	80	3	271	25	17	26	31	1.97
74128398--74128662	101	2.6	101	78	4	268	24	17	26	30	1.97
74134399--74134512	27	4.2	27	82	9	117	38	20	22	18	1.93
74134399--74134512	55	2.1	54	83	4	140	38	20	22	18	1.93
74136549--74136626	6	14.2	5	75	19	59	19	5	0	75	0.98
74136561--74136626	6	11.3	6	79	6	64	18	6	0	75	1.00
74140509--74140607	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
74142574--74142702	50	2.6	50	83	0	159	26	17	26	30	1.97
74142913--74142943	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74149717--74149867	56	2.7	56	86	0	194	32	17	19	30	1.95
74152074--74152143	25	2.8	25	93	0	113	25	21	25	27	1.99
74152305--74152368	27	2.4	28	76	7	69	37	26	17	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74152349--74152508	27	5.9	27	84	0	212	23	20	19	36	1.95
74152349--74152543	27	7.2	27	83	3	205	25	18	18	36	1.94
74152349--74152516	54	3.1	54	90	0	255	24	19	19	36	1.94
74152501--74152921	27	15.7	27	78	5	120	33	7	21	37	1.82
74152591--74152774	81	2.3	81	90	0	278	39	7	22	30	1.81
74152600--74152774	54	3.2	54	91	0	287	40	7	22	29	1.81
74152646--74152908	81	3.3	80	80	5	260	34	7	20	36	1.82
74152751--74152922	80	2.1	81	90	1	265	30	8	19	41	1.81
74152771--74152949	54	3.3	53	81	6	191	29	8	20	41	1.82
74152754--74152949	27	7.3	27	76	5	166	30	8	20	40	1.82
74154867--74154892	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
74163231--74163274	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
74163288--74163312	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
74165094--74165152	28	2.1	28	96	0	109	45	23	11	18	1.83
74167856--74167880	10	2.5	10	100	0	50	28	12	0	60	1.32
74169058--74169363	46	6.5	46	85	6	337	20	23	14	41	1.89
74169058--74169360	96	3.2	95	90	2	416	20	23	14	41	1.89
74169058--74169363	142	2.2	138	83	7	373	20	23	14	41	1.89
74170749--74170849	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
74178697--74178797	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
74186463--74186493	8	3.9	8	100	0	62	51	9	12	25	1.70
74186781--74186809	7	4.3	7	95	4	51	44	0	27	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74206352--74206543	40	4.8	40	95	1	323	26	27	20	25	1.99
74208665--74208938	47	5.7	48	92	2	392	28	29	9	33	1.88
74218748--74218915	40	4.2	40	81	1	176	25	26	22	26	2.00
74225512--74225663	40	3.8	39	83	1	142	24	26	22	26	2.00
74227349--74227464	43	2.7	43	81	6	121	31	27	17	23	1.97
74229155--74229277	48	2.6	48	79	10	128	25	26	18	30	1.98
74229212--74229385	94	1.9	94	81	4	217	25	24	21	28	1.99
74229189--74229385	48	4.1	48	74	7	168	25	24	20	29	1.99
74233237--74233320	44	1.9	44	92	0	141	19	19	8	53	1.69
74234135--74234225	29	3.2	29	90	1	130	26	16	28	28	1.97
74238422--74238455	16	2.1	16	94	0	59	41	26	23	8	1.83
74238668--74238763	29	3.3	29	85	1	131	25	13	31	30	1.94
74243881--74244005	23	5.3	23	80	12	121	24	22	17	35	1.95
74246086--74246120	16	2.2	16	89	0	52	48	22	20	8	1.76
74246340--74246418	28	2.8	28	80	3	97	26	16	30	26	1.97
74247827--74247875	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74248697--74248863	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
74255839--74255887	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74256709--74256875	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
74258446--74258528	41	2.0	41	95	0	148	30	9	24	36	1.87
74259560--74259674	27	4.3	26	77	7	70	35	24	9	30	1.87
74259598--74259764	54	3.1	54	82	1	129	30	22	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74259628--74259808	27	6.7	27	90	0	245	30	20	7	40	1.81
74259801--74259941	27	5.2	28	81	5	155	41	19	9	29	1.83
74259944--74260157	27	8.0	27	85	1	286	37	19	20	22	1.94
74259944--74260157	54	4.0	54	89	1	322	37	19	20	22	1.94
74260391--74260485	25	3.8	25	91	2	147	25	24	24	26	2.00
74263464--74263643	27	6.7	27	87	0	236	29	23	7	40	1.81
74263464--74263643	54	3.4	54	88	0	263	29	23	7	40	1.81
74263596--74263734	54	2.6	54	79	3	138	37	24	5	32	1.79
74263631--74263763	27	5.0	27	85	0	142	39	21	7	31	1.81
74263631--74263762	54	2.5	54	84	1	158	40	21	6	31	1.79
74263748--74263868	27	4.5	27	83	2	163	37	20	19	23	1.94
74263719--74263868	81	1.9	80	84	6	205	38	20	16	25	1.93
74263748--74263882	54	2.5	53	85	3	155	37	18	20	24	1.94
74264091--74264210	25	4.8	25	92	0	186	25	24	23	27	2.00
74267198--74267377	27	6.7	27	82	1	191	27	19	10	42	1.83
74267358--74267524	81	2.1	81	82	2	201	39	22	8	29	1.83
74267370--74267523	54	2.9	55	84	2	179	41	20	7	29	1.81
74267356--74267509	27	5.7	27	82	3	157	40	20	7	31	1.81
74267509--74267745	27	9.1	27	79	6	247	36	18	20	24	1.95
74267506--74267682	54	3.3	54	93	0	284	37	19	18	24	1.94
74267662--74267702	21	2.0	20	90	4	64	39	24	19	17	1.92
74267663--74267708	21	2.2	21	84	7	58	36	26	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74267956--74268014	25	2.3	26	94	5	104	18	27	28	25	1.98
74269921--74270171	69	3.7	68	86	4	344	24	20	25	29	1.99
74269921--74270210	23	12.7	23	79	9	288	24	20	25	30	1.99
74277603--74277756	42	3.6	42	84	3	175	29	23	18	29	1.97
74281207--74281365	43	3.7	44	82	3	180	28	14	24	32	1.94
74285552--74285626	26	2.8	25	76	9	78	25	22	16	36	1.94
74294632--74294739	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
74295864--74295907	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
74297571--74297610	21	1.9	21	89	0	62	25	7	17	50	1.72
74302919--74302965	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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