genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  285  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82046738--82046796	6	9.7	6	75	10	57	77	1	5	15	1.01
82046738--82046805	25	2.8	22	77	16	55	77	1	5	14	1.02
82055741--82055916	47	3.7	47	88	3	228	25	16	30	27	1.97
82057897--82057951	15	3.7	15	79	20	53	12	7	18	61	1.53
82058046--82058082	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
82060523--82060643	46	2.6	45	81	11	140	32	19	26	21	1.97
82060523--82060839	47	6.7	46	72	13	152	27	19	29	23	1.98
82060609--82060784	99	1.8	94	84	8	237	26	18	30	24	1.98
82060609--82060835	96	2.4	95	80	10	252	25	19	30	24	1.98
82065646--82065689	18	2.4	18	92	0	70	22	38	29	9	1.85
82066603--82066818	46	4.6	47	76	4	195	28	18	27	25	1.98
82066646--82066909	94	2.8	95	80	10	251	29	17	27	26	1.97
82066603--82066889	140	2.1	138	79	9	296	29	17	27	25	1.97
82072428--82072675	40	6.2	40	89	1	356	22	20	29	27	1.99
82081041--82081210	52	3.4	50	90	4	261	27	30	13	28	1.94
82082960--82082998	16	2.4	16	100	0	78	51	17	7	23	1.71
82084588--82084700	45	2.5	44	87	9	165	22	14	30	33	1.93
82084676--82084813	44	2.9	47	82	10	165	19	15	30	34	1.93
82090265--82090323	30	2.0	30	86	0	82	37	6	27	28	1.82
82090664--82090868	55	3.8	54	71	13	161	34	17	24	24	1.96
82097082--82097129	21	2.3	21	96	0	87	27	25	37	10	1.88
82100113--82100366	47	5.3	48	92	1	370	31	8	31	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82103082--82103289	55	3.8	54	81	5	222	34	16	25	23	1.95
82103088--82103288	108	1.8	110	87	4	300	34	17	24	23	1.96
82104282--82104385	27	3.9	27	82	9	115	34	18	25	22	1.96
82105983--82106090	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
82109315--82109479	52	3.3	52	86	10	204	30	28	12	29	1.93
82109457--82109530	34	2.2	34	95	0	130	31	22	16	29	1.96
82116804--82116842	15	2.4	17	83	8	55	66	10	5	17	1.39
82119563--82119634	21	3.4	21	72	0	72	43	18	22	16	1.88
82119547--82119655	42	2.6	42	88	0	146	40	17	24	17	1.91
82125683--82125766	38	2.2	38	89	0	123	19	25	35	20	1.95
82143752--82143778	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
82148260--82148315	29	1.9	29	82	7	69	57	7	7	28	1.52
82149535--82149589	27	2.0	27	82	6	67	54	1	3	40	1.28
82149601--82149642	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
82150234--82150279	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
82152980--82153226	40	6.2	40	90	2	365	26	28	21	23	1.99
82152980--82153223	79	3.1	79	90	2	364	27	28	20	23	1.99
82159982--82160081	40	2.5	41	80	9	116	34	7	11	48	1.66
82159991--82160069	20	4.0	20	76	11	74	35	7	11	45	1.69
82159982--82160069	40	2.2	41	86	8	119	32	7	12	46	1.71
82161376--82161433	21	2.7	22	77	15	68	15	39	25	18	1.91
82162848--82163091	46	5.3	47	87	3	327	17	24	15	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82164429--82164453	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
82166288--82166492	44	4.7	45	77	12	194	28	22	20	28	1.99
82166288--82166492	89	2.3	86	86	2	275	28	22	20	28	1.99
82166299--82166492	86	2.2	87	87	2	273	29	22	20	27	1.98
82167303--82167500	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
82167369--82167486	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82167337--82167500	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82174404--82174601	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
82174470--82174587	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82174438--82174601	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82190030--82190070	21	2.0	20	85	4	55	19	29	41	9	1.83
82190336--82190459	46	2.7	46	93	0	212	23	22	12	41	1.87
82192301--82192332	11	2.9	11	100	0	64	71	0	0	28	0.86
82198688--82198716	11	2.6	11	100	0	58	41	0	0	58	0.98
82199176--82199204	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
82199737--82199775	16	2.4	17	82	4	53	15	12	10	61	1.56
82202247--82202285	19	2.0	20	85	5	53	56	0	0	43	0.99
82205889--82205926	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
82205903--82205927	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
82205952--82206005	6	8.5	6	86	10	54	74	7	0	18	1.05
82206327--82206385	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
82206534--82206573	11	3.7	11	93	3	64	10	60	30	0	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82216855--82217043	101	1.9	101	92	0	315	29	25	14	30	1.95
82217953--82218104	48	3.2	48	92	1	236	41	23	5	29	1.76
82217999--82218609	139	4.4	139	87	1	861	41	21	7	28	1.80
82218278--82218378	48	2.1	47	85	1	130	39	25	6	27	1.81
82218417--82218517	48	2.1	47	85	1	130	42	21	6	28	1.79
82219591--82219639	26	1.9	25	84	12	64	48	6	6	38	1.53
82219955--82219996	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
82222763--82222795	17	1.9	17	93	0	57	30	9	21	39	1.84
82227638--82228425	98	8.1	98	91	3	1268	36	6	26	31	1.81
82227631--82228425	48	16.3	48	90	2	1160	36	6	25	31	1.80
82227631--82228424	146	5.4	146	91	3	1258	37	6	25	30	1.80
82230785--82230869	13	6.5	13	71	18	52	32	18	2	45	1.62
82230790--82230863	26	2.8	27	80	10	82	35	20	2	41	1.66
82231011--82231115	40	2.6	40	87	1	138	33	17	2	46	1.62
82231030--82231090	13	4.6	13	72	11	52	37	16	3	42	1.64
82236338--82236366	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
82237695--82237750	8	7.0	8	87	0	85	46	14	28	10	1.78
82245971--82246078	26	4.2	26	92	0	189	29	4	26	38	1.76
82247669--82247755	27	3.2	27	82	9	115	17	22	24	35	1.95
82247680--82247773	27	3.5	26	84	5	80	21	24	20	34	1.97
82250966--82251054	24	3.7	24	90	4	135	37	25	15	21	1.93
82254866--82254968	25	4.0	26	94	2	183	31	6	25	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82256567--82256671	27	3.9	27	86	7	124	19	23	21	35	1.96
82257703--82257732	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
82257800--82258068	45	6.0	45	75	10	228	26	21	20	31	1.98
82257717--82258060	135	2.6	135	84	0	449	26	21	20	31	1.98
82257717--82258068	89	3.9	88	74	13	254	26	21	20	31	1.98
82260202--82260252	14	3.9	13	78	12	52	37	0	7	54	1.29
82260565--82260604	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
82260677--82260727	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
82264927--82264958	4	8.0	4	92	0	55	25	21	0	53	1.46
82264919--82264958	12	3.3	12	92	0	62	25	20	2	52	1.59
82268267--82268418	75	2.0	75	82	10	184	31	19	17	31	1.95
82268431--82269520	178	6.2	177	76	11	884	26	18	18	36	1.94
82268604--82268756	79	1.9	79	93	0	261	28	16	20	33	1.95
82268782--82269009	79	2.9	79	95	0	411	27	19	19	33	1.96
82268401--82269359	355	2.7	353	80	13	1052	27	18	18	36	1.94
82268604--82269520	256	3.5	258	83	9	1079	26	18	18	36	1.94
82268939--82269393	99	4.8	93	80	14	454	25	18	18	37	1.94
82269188--82269221	14	2.4	14	90	0	50	17	17	2	61	1.46
82268431--82269257	434	1.9	428	88	5	1259	27	18	18	35	1.94
82269038--82269294	90	2.9	90	87	5	369	25	19	19	35	1.95
82269196--82269400	103	2.0	103	88	1	304	24	18	16	40	1.91
82269317--82269470	75	2.0	76	88	6	233	25	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82271672--82271713	20	2.0	21	82	13	52	35	0	9	54	1.33
82273391--82273493	39	2.6	40	86	3	129	28	23	27	21	1.99
82281358--82281469	37	2.9	38	89	2	172	26	23	28	21	1.99
82281362--82281509	39	3.8	39	77	13	128	25	25	29	20	1.99
82281360--82281504	76	1.9	76	87	5	211	25	24	28	21	1.99
82284532--82284690	40	4.0	40	83	0	192	25	23	27	23	2.00
82292503--82292669	40	4.2	40	83	0	192	25	23	27	23	2.00
82294193--82294243	24	2.1	25	85	3	68	35	0	7	56	1.28
82302391--82302467	34	2.3	34	84	4	93	29	20	23	25	1.99
82303125--82303201	34	2.3	34	81	4	84	31	20	22	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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