genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  113  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29869864--29870078	40	5.5	38	91	5	283	22	24	28	24	2.00
29869864--29870078	79	2.8	77	88	7	294	22	24	28	24	2.00
29877646--29877862	40	5.5	40	91	3	307	22	24	28	24	2.00
29877646--29877862	79	2.7	80	88	4	307	22	24	28	24	2.00
29889705--29889758	16	3.2	18	70	20	53	35	1	0	62	1.06
29889697--29889758	32	1.9	32	87	6	90	32	1	0	66	1.02
29899211--29899282	29	2.4	30	83	4	92	44	4	6	44	1.50
29899997--29900081	5	15.0	5	75	17	53	23	5	1	69	1.17
29899998--29900045	13	3.8	12	76	17	53	25	4	0	70	1.04
29899997--29900078	16	4.8	17	76	16	55	24	6	1	68	1.20
29899996--29900055	25	2.5	24	81	7	77	26	5	0	68	1.10
29903432--29903491	25	2.5	24	79	12	70	21	6	0	71	1.08
29903438--29903490	26	2.1	24	86	6	70	18	7	0	73	1.06
29903433--29903484	19	2.7	18	82	11	59	19	5	0	75	1.01
29904158--29904246	21	4.2	21	85	4	108	15	28	22	33	1.95
29904137--29904246	42	2.6	43	85	7	136	16	27	22	33	1.95
29906031--29906072	22	2.0	22	90	4	68	64	2	0	33	1.07
29906194--29906256	18	3.4	19	77	16	53	28	1	3	66	1.16
29906575--29906651	41	1.9	40	86	2	109	32	7	2	57	1.41
29909296--29909344	24	2.0	24	100	0	98	38	12	20	28	1.89
29913418--29913475	30	1.9	30	85	0	80	32	8	13	44	1.75
29913908--29913943	18	2.0	18	100	0	72	16	22	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29918055--29918098	20	2.2	20	95	0	79	20	15	4	59	1.54
29928405--29928517	39	2.9	39	83	0	154	20	24	15	39	1.91
29928403--29928534	39	3.4	38	78	4	147	21	24	15	38	1.92
29928520--29928720	54	3.7	54	87	1	251	26	20	14	38	1.91
29928519--29928745	54	4.2	54	83	3	233	25	20	15	38	1.92
29928759--29928952	39	5.0	39	79	0	190	18	24	18	39	1.92
29928755--29928952	78	2.5	78	80	1	218	17	24	17	40	1.91
29928920--29929054	54	2.5	54	78	2	155	20	21	17	40	1.91
29929152--29929213	24	2.7	23	76	18	65	25	14	17	41	1.88
29929127--29929213	22	3.8	22	79	8	77	29	12	14	42	1.83
29931417--29931472	26	2.2	26	100	0	112	30	7	23	39	1.81
29934983--29935059	40	1.9	40	89	0	118	11	15	36	36	1.84
29936182--29936216	18	1.9	18	94	0	61	22	2	17	57	1.53
29937019--29937057	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
29937019--29937084	25	3.0	23	85	12	68	24	0	9	66	1.20
29937425--29937465	15	2.6	16	80	11	57	63	0	4	31	1.15
29943321--29943400	37	2.2	37	100	0	160	21	37	0	41	1.53
29950632--29950665	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
29951274--29951305	17	1.9	17	93	6	57	31	6	0	62	1.20
29954221--29954442	40	5.6	40	92	1	367	23	22	25	27	2.00
29957322--29957369	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
29958211--29958266	27	2.1	27	100	0	112	16	7	14	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29962957--29963015	32	1.9	31	86	6	84	42	5	3	49	1.41
29964388--29964474	43	2.0	43	100	0	174	36	9	27	26	1.87
29966169--29966204	16	2.2	16	95	0	63	52	5	2	38	1.39
29967202--29967250	20	2.5	20	86	0	62	53	10	8	28	1.63
29967202--29967253	25	2.1	25	85	0	68	53	11	7	26	1.63
29970866--29971013	52	3.0	52	84	9	195	31	27	19	22	1.98
29970925--29971100	44	4.0	44	73	7	176	31	28	17	22	1.96
29970969--29971144	89	2.0	89	89	0	271	32	29	14	23	1.94
29973943--29973991	15	3.3	15	77	11	55	59	18	12	10	1.60
29975740--29975779	18	2.2	18	100	0	80	22	25	35	17	1.95
29977916--29977963	21	2.3	21	88	0	69	31	29	25	14	1.95
29979422--29979457	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
29979496--29979547	14	3.5	14	81	7	50	9	15	0	75	1.05
29981082--29981183	52	2.0	52	90	0	159	33	28	14	23	1.94
29988977--29989010	17	1.9	18	88	5	52	47	17	5	29	1.71
29991594--29991696	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
29993615--29994159	82	6.8	82	81	7	569	48	10	12	29	1.73
29993615--29993992	83	4.8	76	80	6	299	48	9	12	29	1.72
29993615--29994188	163	3.6	162	79	6	612	47	10	12	28	1.75
29997175--29997200	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
29997176--29997236	32	1.9	32	83	6	79	44	0	3	52	1.17
29997225--29997258	10	3.6	9	88	11	50	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30000399--30000506	27	3.9	27	83	10	121	37	21	24	17	1.94
30000398--30000506	55	2.0	54	83	5	139	37	21	23	17	1.94
30008252--30008360	55	2.0	54	84	8	141	37	20	23	18	1.94
30008253--30008360	27	3.9	29	79	8	111	37	20	24	18	1.94
30011402--30011550	37	4.0	37	97	0	253	32	5	16	44	1.70
30011424--30011524	20	5.3	20	65	13	79	32	5	16	44	1.72
30011555--30011605	9	5.7	9	88	0	57	23	5	27	43	1.77
30011557--30011605	18	2.7	18	87	0	71	24	6	24	44	1.76
30011549--30011605	27	2.1	27	90	0	87	26	5	24	43	1.75
30020435--30020459	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
30024623--30024664	16	2.5	17	81	14	52	40	2	16	40	1.62
30027583--30027623	20	2.0	20	90	4	64	34	21	0	43	1.53
30028256--30028498	121	2.0	121	94	0	423	38	12	6	41	1.70
30028945--30028999	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
30031651--30031689	18	2.1	18	85	4	51	74	0	2	23	0.94
30032728--30032756	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
30046505--30046549	14	3.5	14	71	22	53	55	17	2	24	1.53
30046722--30046760	17	2.4	16	84	16	53	56	0	12	30	1.37
30054823--30054949	39	3.2	39	82	5	150	22	25	27	23	2.00
30062706--30062930	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
30062925--30063054	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
30073415--30073460	13	3.6	13	82	14	60	23	0	4	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30075232--30075294	30	2.1	30	100	0	126	26	20	12	39	1.89
30080289--30080362	5	14.6	5	83	13	98	59	0	0	40	0.97
30081075--30081119	5	8.6	5	82	7	54	4	20	2	73	1.11
30081077--30081119	16	2.7	15	80	19	52	4	20	2	72	1.14
30083040--30083080	21	1.9	22	85	14	59	53	2	0	43	1.13
30085610--30085642	11	2.9	12	86	13	52	69	0	0	30	0.88
30086367--30086541	85	2.1	85	98	0	341	34	12	15	37	1.85
30086686--30086736	25	2.0	26	88	3	77	50	1	0	47	1.12
30088747--30088777	14	2.2	14	94	0	53	74	9	3	12	1.19
30091338--30091376	19	2.0	20	95	5	71	48	0	5	46	1.24
30098024--30098050	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
30108229--30108347	23	5.2	22	71	19	84	34	5	1	57	1.33
30108228--30108343	21	5.3	21	73	16	85	33	6	1	58	1.33
30120696--30121047	74	4.9	71	80	5	375	29	15	21	33	1.95
30121047--30121277	88	2.6	87	78	8	261	26	18	16	37	1.92
30121210--30121541	172	1.9	170	89	2	513	28	18	18	34	1.95
30121561--30121717	54	2.9	54	83	8	210	30	14	16	38	1.89
30125022--30125197	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
30125019--30125190	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
30132599--30132774	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
30132596--30132767	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
30134261--30134379	21	5.2	22	71	19	84	35	5	1	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30134280--30134354	23	3.2	25	67	27	65	33	4	2	60	1.30
30140823--30140890	22	3.0	22	76	6	66	52	19	0	27	1.46
30140859--30140932	31	2.4	31	88	0	103	56	14	1	27	1.47
30140862--30140922	18	3.7	17	73	22	58	59	14	0	26	1.36
30144634--30144676	16	2.6	17	89	7	63	67	0	0	32	0.91
30144634--30144676	17	2.6	16	85	10	59	67	0	0	32	0.91
30144881--30144905	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
30147680--30147742	27	2.3	28	86	10	87	33	14	20	31	1.92
30148266--30148299	17	2.0	17	94	0	59	38	0	11	50	1.39
30149868--30149904	17	2.2	17	95	0	65	29	18	10	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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