genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  309  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89839059--89839090	15	2.0	17	88	11	50	62	9	6	21	1.47
89840818--89840861	21	2.1	21	95	0	79	52	4	4	38	1.42
89843050--89843119	24	2.8	25	82	6	88	20	22	25	31	1.98
89843099--89843158	29	2.1	29	93	0	102	26	16	23	33	1.96
89847382--89847455	29	2.6	29	88	0	94	25	33	16	24	1.95
89851537--89851681	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
89859513--89859657	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
89871484--89871531	15	3.3	14	80	8	51	4	12	6	77	1.11
89873840--89874214	185	2.0	185	93	0	642	28	13	22	36	1.91
89877057--89877179	46	2.6	48	83	10	157	25	20	30	23	1.98
89877009--89877221	94	2.3	94	81	5	225	28	19	28	23	1.98
89879845--89880102	40	6.5	40	89	4	353	26	27	23	22	1.99
89887025--89887182	68	2.3	67	96	0	271	31	13	29	25	1.93
89896324--89896367	23	1.9	23	95	0	79	43	15	20	20	1.88
89897759--89897785	12	2.2	12	100	0	54	40	18	7	33	1.78
89901309--89901348	20	2.0	20	90	0	62	5	25	27	42	1.75
89901312--89901357	20	2.3	20	84	0	56	10	26	21	41	1.86
89903832--89903865	18	1.9	18	88	5	52	38	20	5	35	1.77
89906619--89906673	28	2.0	28	85	7	76	29	3	3	63	1.28
89907464--89907504	19	2.2	19	95	0	73	21	7	19	51	1.71
89912591--89912707	57	2.1	57	95	0	207	29	27	5	37	1.80
89919022--89919092	35	2.0	35	94	0	124	45	5	5	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89920874--89920914	17	2.6	16	85	11	57	24	2	2	70	1.11
89921717--89921763	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
89922024--89922197	46	4.0	46	82	13	222	22	24	15	37	1.93
89922111--89922186	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
89928909--89928983	29	2.6	30	89	8	120	30	13	26	29	1.94
89936831--89936931	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
89938813--89938863	24	2.1	24	100	0	102	33	3	19	43	1.70
89939063--89939109	3	15.7	3	95	0	85	36	0	0	63	0.94
89942609--89943003	178	2.2	177	86	3	553	25	24	17	32	1.96
89942971--89943036	33	2.0	33	100	0	132	21	21	12	45	1.84
89942797--89943187	210	1.9	210	89	1	613	25	23	18	33	1.97
89944234--89944393	59	2.9	53	78	12	169	15	23	18	43	1.88
89948088--89948141	22	2.4	23	81	12	67	11	1	11	75	1.11
89948104--89948135	16	2.0	16	93	0	55	9	0	9	81	0.88
89948368--89949233	180	4.9	175	80	7	939	27	24	17	30	1.97
89948368--89949271	176	5.1	176	82	5	984	27	24	17	30	1.97
89948311--89949215	356	2.5	356	89	2	1347	27	24	17	30	1.97
89961696--89961728	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
89963897--89963950	22	2.4	23	81	12	67	11	1	11	75	1.11
89963913--89963944	16	2.0	16	93	0	55	9	0	9	81	0.88
89987119--89987151	5	6.6	5	100	0	66	81	18	0	0	0.68
89988407--89988431	12	2.1	12	100	0	50	16	16	20	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89988409--89988518	45	2.4	44	86	5	150	21	16	18	43	1.88
89988394--89988520	45	2.6	51	74	16	133	20	18	18	42	1.89
89988499--89988542	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
89988650--89988833	18	10.2	18	82	1	217	36	13	14	35	1.85
89990670--89990729	26	2.3	26	94	0	102	35	6	23	35	1.81
89990687--89990803	39	3.0	39	98	0	225	35	10	17	36	1.84
89990717--89990781	13	5.0	13	72	20	64	33	12	16	36	1.87
89992522--89992808	137	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
89997875--89997934	26	2.3	26	94	0	102	35	6	23	35	1.81
89997892--89997969	39	2.0	39	97	0	147	34	10	17	37	1.84
89997922--89997947	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
90001345--90001390	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
90010730--90010806	22	3.5	22	76	13	77	31	15	25	27	1.96
90018605--90018664	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
90025577--90025702	46	2.7	46	90	0	189	30	26	20	22	1.98
90026142--90026168	14	1.9	14	100	0	54	18	37	7	37	1.79
90027649--90027695	22	2.0	23	84	15	62	74	0	17	8	1.05
90029784--90029947	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
90029784--90029981	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
90031772--90031844	29	2.5	29	95	0	137	35	13	26	24	1.93
90038945--90039115	93	1.8	93	88	0	261	29	27	20	22	1.98
90039038--90039123	46	1.9	45	85	4	120	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90039535--90039594	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
90047045--90047159	38	3.0	38	83	2	131	33	25	20	20	1.97
90058014--90058068	19	3.0	18	75	19	60	0	38	0	61	0.96
90059759--90059804	18	2.6	18	74	16	51	13	10	0	76	1.03
90075632--90075743	23	4.9	23	79	6	113	34	15	22	27	1.94
90075633--90075743	45	2.4	46	78	14	131	34	15	22	27	1.94
90079662--90079717	21	2.7	21	94	2	96	44	17	0	37	1.49
90092206--90092296	34	2.6	34	82	6	103	27	23	26	23	2.00
90093006--90093237	127	1.8	126	87	0	347	34	16	18	31	1.93
90093933--90093989	30	1.9	29	92	3	96	61	1	5	31	1.28
90095929--90096220	133	2.2	133	83	3	408	28	25	16	29	1.97
90096158--90096260	44	2.3	45	77	1	118	30	22	15	32	1.95
90095929--90096260	133	2.5	132	79	5	339	28	25	16	29	1.97
90095763--90096336	310	1.9	310	86	2	839	25	25	18	29	1.98
90102374--90102561	39	4.8	39	96	1	333	23	21	32	22	1.98
90102374--90102592	78	2.8	78	90	2	278	23	22	31	21	1.98
90102374--90102592	117	1.9	118	87	2	325	23	22	31	21	1.98
90102374--90102620	78	3.2	78	87	3	230	23	21	31	23	1.99
90110048--90110157	39	2.8	39	95	2	195	22	20	32	23	1.98
90110048--90110226	78	2.3	78	79	7	175	24	22	30	22	1.99
90118012--90118129	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
90117980--90118143	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90120780--90120927	39	3.8	39	93	2	246	24	19	32	23	1.98
90120784--90120946	78	2.1	77	86	3	220	23	21	32	22	1.98
90128784--90128893	39	2.8	39	95	2	195	22	20	32	23	1.98
90128784--90128962	78	2.3	78	80	7	184	24	22	30	22	1.99
90132607--90132679	30	2.4	30	84	4	94	58	1	6	32	1.33
90134319--90134387	33	2.1	33	100	0	138	34	21	8	34	1.84
90137859--90138112	55	4.8	54	79	9	260	36	16	24	21	1.94
90137866--90138066	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
90138304--90138334	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
90141045--90141174	66	1.9	68	85	7	183	34	16	29	20	1.94
90144013--90144176	40	4.1	40	84	3	222	22	21	28	27	1.99
90157582--90157786	53	3.8	53	75	12	197	37	17	22	22	1.94
90158025--90158055	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
90165004--90165105	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
90173799--90173897	28	3.5	28	84	4	101	30	14	27	28	1.95
90173799--90173897	27	3.5	28	86	4	110	30	14	27	28	1.95
90181707--90181807	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
90183304--90183362	29	2.1	29	81	6	68	28	22	15	33	1.94
90199457--90199515	27	2.2	27	87	0	82	25	10	25	38	1.87
90199464--90199522	27	2.2	27	90	0	91	27	10	25	37	1.88
90199866--90199935	29	2.4	29	76	6	72	30	31	11	27	1.91
90205522--90205688	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90206512--90206557	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
90213530--90213696	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
90214517--90214562	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
90223705--90223872	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
90223721--90223872	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
90226219--90226253	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
90229319--90229370	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
90230841--90230950	26	4.2	26	94	0	184	36	24	5	33	1.79
90235089--90235140	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
90236612--90236721	26	4.2	26	94	0	184	36	24	5	33	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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