genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  312  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90862469--90862496	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
90862470--90862503	14	2.4	14	90	5	50	38	2	2	55	1.30
90862971--90862999	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
90863870--90863914	16	2.6	18	83	16	60	55	2	4	37	1.32
90865095--90865149	24	2.2	24	78	12	58	21	1	12	63	1.38
90867923--90868098	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90867920--90868091	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90870062--90870105	23	1.9	23	85	0	61	36	11	22	29	1.89
90875452--90875627	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90875449--90875620	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90894131--90894168	17	2.2	17	90	0	58	21	42	18	18	1.90
90897573--90897690	57	2.1	57	100	0	236	44	30	6	18	1.76
90898783--90898816	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
90899584--90899628	19	2.4	18	82	10	54	20	6	4	68	1.29
90899627--90899665	17	2.3	17	86	0	51	10	5	10	74	1.21
90906542--90906569	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
90910707--90910740	16	2.1	16	88	0	50	35	2	23	38	1.70
90918697--90918781	7	12.9	7	98	1	135	23	0	0	76	0.79
90933791--90933848	28	2.1	28	81	18	68	39	3	6	50	1.46
90933841--90933886	18	2.4	19	82	14	58	45	4	0	50	1.21
90934139--90934177	14	2.9	14	96	3	71	43	0	0	56	0.99
90934139--90934177	13	2.9	13	92	3	60	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90942101--90942142	19	2.3	19	84	12	52	52	7	0	40	1.29
90942152--90942186	16	2.3	15	90	5	52	57	2	0	40	1.14
90942218--90942302	8	11.8	8	67	18	53	45	0	0	54	1.00
90942224--90942299	15	4.9	15	75	13	64	44	0	0	55	0.99
90942197--90942258	23	2.7	24	80	5	74	41	0	0	58	0.98
90942257--90942306	22	2.3	23	80	13	61	48	0	0	52	1.00
90942715--90942755	22	1.9	22	90	5	66	68	4	2	24	1.22
90942715--90942756	20	2.0	20	86	13	59	69	4	2	23	1.20
90943008--90943054	19	2.4	20	82	13	62	25	6	4	63	1.36
90958637--90958692	21	2.7	21	77	5	60	33	23	12	30	1.92
90959536--90959589	20	2.6	21	77	17	58	55	12	0	31	1.38
90967552--90967589	20	1.9	19	89	5	58	39	10	5	44	1.61
90970591--90970753	71	2.3	71	96	1	301	19	28	18	34	1.95
90978143--90978306	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
90978143--90978340	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
90981021--90981058	20	1.9	19	89	5	58	39	10	5	44	1.61
90986950--90986987	20	1.9	19	89	5	58	39	10	5	44	1.61
90989987--90990149	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
90989987--90990183	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
90997520--90997682	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
90997520--90997716	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
91000839--91000961	46	2.7	44	83	7	140	25	18	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91001652--91001685	17	2.0	17	88	11	52	41	0	2	55	1.15
91001661--91001700	20	2.0	20	90	9	64	40	0	5	55	1.22
91003269--91003384	45	2.6	45	84	5	146	20	18	19	41	1.91
91005909--91005990	38	2.2	38	86	0	110	35	18	18	28	1.94
91009382--91009409	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91010001--91010102	40	2.6	40	84	4	118	29	24	26	19	1.98
91016969--91016994	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
91023663--91023729	30	2.2	30	94	0	116	32	5	5	55	1.49
91029506--91029530	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
91036089--91036123	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
91037652--91037794	43	3.4	43	69	7	114	30	25	18	26	1.98
91039030--91039067	19	2.0	19	89	0	58	28	28	23	18	1.98
91041237--91041273	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
91042160--91042197	6	6.3	6	87	0	58	21	15	13	50	1.78
91042154--91042197	18	2.4	18	88	0	61	22	15	13	47	1.81
91042385--91042420	2	18.0	2	88	0	54	52	2	0	44	1.15
91052441--91052479	13	3.0	13	88	0	51	7	35	28	28	1.85
91059167--91059195	14	2.0	15	93	6	51	41	3	6	48	1.47
91061526--91061602	28	2.8	28	80	4	93	31	10	29	28	1.90
91063766--91063804	20	2.0	20	89	0	60	48	30	0	20	1.50
91071665--91071716	26	2.0	26	100	0	104	50	26	7	15	1.71
91083297--91083375	39	2.1	38	83	11	99	60	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91085766--91085847	39	2.1	40	86	2	112	36	17	23	23	1.94
91087523--91087695	40	4.4	40	76	8	176	22	20	21	35	1.96
91087489--91087655	76	2.2	76	86	2	228	22	20	21	34	1.97
91087526--91087743	116	1.9	116	83	7	282	23	21	22	33	1.98
91087864--91087917	24	2.2	24	83	0	63	48	7	24	20	1.75
91089514--91089560	18	2.6	18	77	19	53	40	4	8	46	1.54
91090136--91090172	18	2.1	18	100	0	74	32	24	5	37	1.78
91091361--91091395	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
91091460--91091484	9	2.8	9	100	0	50	68	0	32	0	0.90
91092124--91092207	30	3.0	29	69	20	70	33	0	21	45	1.52
91092755--91092934	18	9.6	18	69	13	103	33	9	15	41	1.79
91095445--91095595	78	1.9	79	86	6	218	49	3	17	29	1.64
91095445--91095598	39	3.9	39	84	5	195	49	3	18	28	1.65
91100041--91100071	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
91107983--91108564	205	2.8	205	95	1	1008	29	18	22	29	1.97
91108730--91108754	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
91109855--91109994	39	3.6	39	87	6	205	50	2	15	30	1.59
91109855--91110005	77	1.9	78	88	6	227	49	3	17	29	1.63
91114478--91114508	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
91115006--91115040	14	2.3	15	90	9	54	28	0	31	40	1.57
91115103--91115149	2	25.0	2	79	12	55	44	2	2	51	1.25
91116786--91116956	93	1.8	93	87	0	252	29	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91116780--91116947	46	3.6	45	76	12	153	31	26	20	22	1.98
91116778--91116964	46	4.1	44	71	15	137	30	27	19	22	1.98
91119079--91119175	19	5.3	17	83	10	79	65	1	3	29	1.14
91119076--91119174	10	10.6	9	72	16	58	66	1	3	29	1.13
91119093--91119179	28	3.1	26	75	17	77	60	1	2	35	1.17
91119087--91119175	10	9.6	9	76	20	85	65	1	2	31	1.12
91119171--91119244	20	3.7	20	75	8	62	58	5	8	28	1.49
91119379--91119449	30	2.2	33	82	9	85	28	2	2	66	1.20
91119423--91119485	28	2.3	27	82	15	85	34	1	0	63	1.04
91119436--91119495	28	2.2	27	84	3	75	35	1	0	63	1.05
91119543--91119775	91	2.6	89	87	3	324	32	12	19	35	1.89
91119543--91119775	89	2.6	88	85	6	306	32	12	19	35	1.89
91119881--91119912	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
91124344--91124408	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
91124481--91124738	39	6.7	39	91	4	391	18	21	30	29	1.97
91124481--91124738	114	2.2	116	87	7	389	18	21	30	29	1.97
91124481--91124738	75	3.3	77	90	5	389	18	21	30	29	1.97
91128997--91129282	137	2.1	136	94	0	500	31	24	18	25	1.97
91131055--91131164	26	4.2	26	91	0	175	35	24	6	33	1.81
91134024--91134088	28	2.3	28	83	0	85	41	10	20	27	1.85
91134161--91134382	39	5.7	39	86	2	277	21	21	27	30	1.98
91140228--91140279	13	4.0	13	94	0	95	30	9	30	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91140229--91140305	26	3.0	26	90	5	113	32	14	28	24	1.94
91140235--91140315	25	3.2	25	91	5	119	35	16	25	22	1.94
91146711--91146742	12	2.7	12	100	0	64	31	25	0	43	1.55
91147780--91147876	40	2.4	40	79	3	97	35	17	27	19	1.94
91159807--91159859	19	2.7	19	91	8	81	67	0	7	24	1.16
91159807--91159896	28	3.1	29	74	7	85	63	1	4	31	1.21
91159858--91159913	28	2.0	27	86	3	76	55	3	5	35	1.40
91159797--91159961	19	7.9	20	68	20	74	60	1	7	30	1.35
91160183--91160233	18	2.8	18	73	5	50	37	3	0	58	1.16
91160246--91160558	90	3.5	90	83	3	393	32	9	21	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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