genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422308--21422427	50	2.5	48	80	9	122	23	30	20	25	1.99
21422466--21422631	47	3.6	47	79	10	155	29	19	27	23	1.98
21429665--21429785	46	2.6	46	86	5	163	27	16	31	24	1.96
21429665--21429827	46	3.5	46	80	11	154	27	17	30	24	1.97
21432900--21433001	47	2.2	47	85	3	134	34	27	13	24	1.93
21443018--21443147	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21451069--21451194	39	3.2	40	82	8	143	22	28	26	23	1.99
21451085--21451193	40	2.7	41	86	9	138	20	28	27	23	1.99
21459121--21459250	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21467187--21467316	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21470840--21470910	22	3.2	22	76	11	58	32	16	15	35	1.91
21471782--21471845	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
21472059--21472178	23	5.1	23	93	2	195	28	20	21	29	1.98
21472057--21472179	24	5.2	24	92	3	205	27	21	21	30	1.98
21472057--21472179	47	2.6	48	92	2	205	27	21	21	30	1.98
21472238--21472314	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
21472234--21472316	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
21472234--21472305	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
21472353--21472400	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
21473012--21473057	24	1.9	24	100	0	92	21	28	21	28	1.99
21475599--21475630	15	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
21476297--21476325	15	1.9	15	100	0	58	17	0	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21484874--21484964	37	2.4	37	92	1	155	25	31	18	24	1.97
21485004--21485179	48	3.7	48	94	0	307	32	26	6	34	1.83
21485157--21485419	49	5.5	49	93	4	464	29	27	9	33	1.88
21485157--21485420	93	2.8	93	94	3	447	29	28	9	32	1.88
21490132--21490386	40	6.4	40	94	1	415	25	27	21	25	2.00
21492986--21493097	52	2.2	52	86	0	152	12	34	22	30	1.91
21503634--21503848	49	4.4	49	93	2	378	30	26	8	33	1.86
21507413--21507461	16	3.1	15	74	8	53	28	0	0	71	0.86
21508696--21508754	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
21509374--21509434	26	2.3	27	91	2	97	27	16	14	40	1.88
21509385--21509540	27	5.8	26	72	17	97	30	10	18	40	1.84
21509416--21509540	54	2.3	54	91	0	196	31	6	20	42	1.77
21509389--21509540	81	1.9	80	85	6	209	30	8	19	41	1.81
21509416--21509540	27	4.6	27	83	2	162	31	6	20	42	1.77
21511446--21511509	30	2.1	31	97	2	121	21	21	14	42	1.88
21511699--21511836	23	6.0	23	81	9	147	27	21	21	28	1.99
21511713--21511837	46	2.7	46	87	3	162	27	21	20	30	1.98
21511886--21511945	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
21511988--21512035	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
21518099--21518625	27	19.6	27	85	4	609	28	21	8	40	1.83
21518604--21518689	27	3.2	27	77	0	82	38	24	6	30	1.82
21519948--21520024	9	7.9	9	70	16	55	33	9	22	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21519946--21520028	20	4.2	20	93	0	148	34	12	20	32	1.89
21519957--21520028	11	7.1	11	67	17	57	34	12	20	31	1.90
21520083--21520249	24	7.0	23	86	6	219	29	22	21	26	1.99
21520083--21520249	47	3.5	47	86	4	221	29	22	21	26	1.99
21520083--21520248	71	2.3	71	89	3	253	28	22	21	27	1.99
21520442--21520505	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
21533434--21533513	29	2.7	29	82	5	99	27	31	15	26	1.95
21537559--21537725	40	4.2	40	79	2	167	24	26	21	26	1.99
21543398--21543489	27	3.4	27	90	0	139	28	22	7	41	1.81
21543387--21543489	54	1.9	54	81	0	125	31	22	7	38	1.82
21543481--21543627	27	5.3	26	69	14	82	38	21	10	29	1.87
21543521--21543637	27	4.2	29	75	12	93	41	19	7	30	1.80
21543614--21543692	29	2.9	27	78	14	88	43	15	7	34	1.75
21543752--21543825	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
21544638--21544707	25	2.8	25	93	0	113	28	24	21	25	1.99
21552958--21553101	40	3.7	38	79	6	135	22	28	24	25	1.99
21552949--21553096	79	1.9	80	81	4	183	22	30	25	22	1.99
21557508--21557551	19	2.3	19	96	0	79	20	18	13	47	1.82
21560056--21560172	52	2.2	52	83	0	144	10	34	23	31	1.89
21562122--21562305	40	4.6	41	83	9	222	26	27	22	23	2.00
21562122--21562305	79	2.3	81	84	8	236	26	27	22	23	2.00
21570241--21570425	79	2.3	82	85	7	247	26	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21570222--21570425	40	5.1	40	83	8	247	25	26	22	25	2.00
21593990--21594031	20	2.0	21	95	4	77	57	19	0	23	1.41
21598986--21599043	30	1.9	30	89	0	89	27	25	6	39	1.81
21601093--21601149	25	2.3	24	82	11	71	22	21	24	31	1.98
21601197--21601256	21	2.9	21	85	5	86	33	20	11	35	1.88
21601306--21601368	25	2.5	25	97	0	117	26	14	20	38	1.91
21608341--21608400	22	2.7	21	82	10	59	20	25	23	31	1.98
21608559--21608660	27	3.8	27	81	5	98	20	22	19	37	1.95
21608797--21608940	6	23.3	6	72	18	109	19	18	14	47	1.82
21608797--21608877	31	2.6	31	86	2	108	19	17	14	48	1.82
21608820--21608931	43	2.6	42	87	4	152	17	19	15	47	1.83
21615232--21615777	47	11.6	47	95	0	912	33	8	29	29	1.86
21615390--21615465	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
21616851--21616901	25	2.1	25	88	3	77	23	19	25	31	1.98
21616949--21617009	21	2.9	21	80	4	79	34	19	11	34	1.88
21616949--21617009	10	5.9	10	74	11	52	34	19	11	34	1.88
21623906--21624243	48	7.0	48	93	0	550	32	26	5	35	1.81
21634826--21634876	23	2.2	23	86	6	68	25	3	1	68	1.17
21634833--21634880	23	2.1	23	92	3	80	27	4	0	68	1.07
21634805--21634912	50	2.1	51	83	10	132	30	4	2	62	1.30
21634973--21635062	26	3.4	27	75	6	85	32	8	2	56	1.42
21639242--21639330	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21639242--21639321	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
21639253--21639330	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
21642275--21642404	46	2.8	48	76	15	146	29	27	20	23	1.98
21642280--21642423	46	3.1	46	73	14	143	29	27	20	22	1.98
21644442--21644503	24	2.6	24	94	0	115	43	17	22	16	1.87
21649352--21649522	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
21649347--21649519	46	3.7	46	75	13	192	28	26	21	23	1.99
21654028--21654059	14	2.3	14	100	0	64	37	9	12	40	1.75
21654392--21654686	44	6.7	44	75	2	207	33	21	18	25	1.96
21654396--21654686	88	3.3	87	79	4	307	33	21	18	26	1.97
21654486--21654741	44	5.8	44	74	7	160	33	18	20	28	1.96
21654480--21654740	88	3.0	87	75	8	251	33	18	19	28	1.96
21659015--21659045	5	6.2	5	92	0	53	16	0	3	80	0.83
21661918--21662048	41	3.2	41	75	9	117	32	29	17	20	1.96
21677001--21677030	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21679135--21679266	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
21691433--21691634	40	5.1	40	84	2	228	24	21	26	27	1.99
21695886--21695942	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
21695992--21696101	26	4.3	26	87	4	147	30	20	21	27	1.98
21696234--21696325	42	2.2	42	88	3	132	30	13	20	35	1.91
21698739--21700076	671	2.0	671	93	0	2311	28	13	20	37	1.91
21701002--21701169	6	27.3	6	70	15	112	47	16	17	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21701029--21701169	31	4.5	31	90	0	201	47	16	17	18	1.83
21701301--21701367	27	2.5	27	82	2	82	35	17	26	19	1.94
21701533--21701597	22	3.0	22	80	8	78	36	23	20	20	1.95
21702023--21702270	27	9.2	27	86	3	322	24	21	20	33	1.97
21702257--21702537	27	10.5	26	72	14	78	30	9	22	37	1.86
21702050--21702299	81	3.1	81	83	5	222	25	19	21	34	1.97
21702365--21702537	27	6.5	27	79	4	181	31	9	20	37	1.86
21702430--21702535	53	2.0	53	86	1	149	30	10	20	38	1.86
21705759--21705843	38	2.2	38	91	2	134	23	22	21	32	1.98
21707956--21708013	22	2.5	22	81	10	55	22	5	3	68	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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