genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  181  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49996236--49996471	27	8.7	27	78	7	174	40	19	8	31	1.81
49996490--49996563	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
49997356--49997425	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
49997355--49997450	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
49997356--49997450	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
49997572--49997663	42	2.2	42	94	0	157	28	14	22	34	1.93
49999500--49999606	42	2.5	42	93	0	178	28	14	32	23	1.95
49999614--49999683	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
50013023--50013178	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
50014286--50014312	11	2.5	11	100	0	54	40	14	11	33	1.82
50016102--50016151	22	2.3	22	96	3	93	38	12	20	30	1.88
50017564--50017598	13	2.7	13	90	0	61	8	37	37	17	1.80
50021756--50021940	40	4.6	40	89	4	268	29	19	24	25	1.98
50021750--50021968	40	5.5	40	87	5	220	28	19	25	26	1.98
50021750--50021975	80	2.8	80	84	7	246	29	19	25	26	1.98
50021756--50021975	120	1.8	120	80	9	261	29	19	25	26	1.98
50025147--50025276	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
50025163--50025314	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
50025163--50025312	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
50033148--50033277	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
50033164--50033315	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
50033164--50033313	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50037734--50037856	54	2.3	54	82	10	153	33	21	24	21	1.97
50037742--50037856	27	4.3	27	83	6	112	34	20	23	20	1.96
50045525--50045630	27	3.9	28	87	6	139	33	20	24	21	1.97
50047491--50047542	18	2.9	18	75	11	52	57	17	1	23	1.49
50060094--50060266	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
50060091--50060261	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
50067667--50067837	46	3.7	46	78	12	199	22	19	28	29	1.98
50068061--50068098	18	2.1	19	85	14	53	34	0	23	42	1.55
50073718--50073751	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
50075069--50075201	24	5.5	24	83	3	160	23	13	31	31	1.93
50075069--50075209	72	2.0	72	84	2	185	24	13	29	31	1.93
50081952--50082122	93	1.8	93	93	0	297	27	29	22	20	1.98
50081944--50082124	46	3.9	46	79	9	215	27	29	21	20	1.98
50084256--50084288	16	2.0	17	88	5	50	54	0	6	39	1.25
50085605--50085715	24	4.6	24	84	6	136	20	15	32	31	1.94
50089405--50089545	64	2.2	64	87	2	194	38	16	11	34	1.84
50097759--50097889	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
50097758--50097889	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
50105700--50105830	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
50105699--50105830	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
50117403--50117476	24	3.1	24	84	0	103	33	31	10	24	1.90
50121171--50121446	27	9.8	27	79	9	239	28	25	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50121277--50121357	38	2.1	39	83	2	94	23	32	7	37	1.83
50121171--50121446	81	3.3	81	78	12	311	28	25	7	38	1.83
50121249--50121374	65	1.9	65	85	3	173	26	28	6	38	1.81
50121222--50121402	92	2.0	92	85	2	247	27	25	7	39	1.82
50121192--50121438	119	2.1	119	84	1	316	27	25	8	39	1.83
50121425--50121684	27	9.6	27	77	9	158	39	20	9	30	1.85
50121171--50121456	146	2.0	146	84	1	376	29	25	7	37	1.84
50121425--50121619	54	3.6	53	78	9	214	40	22	8	28	1.84
50121314--50121473	81	2.0	81	83	2	205	31	21	8	38	1.82
50121425--50121619	81	2.4	79	78	10	223	40	22	8	28	1.84
50121735--50121826	27	3.4	27	89	3	123	34	20	25	19	1.96
50123072--50123148	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
50123081--50123152	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
50123070--50123152	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
50123207--50123373	24	7.0	23	86	6	210	29	21	21	27	1.99
50123207--50123373	47	3.5	47	85	4	212	29	21	21	27	1.99
50123207--50123372	71	2.3	71	88	3	244	28	21	21	27	1.99
50123566--50123629	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
50124890--50125024	64	2.1	64	87	5	193	39	17	10	33	1.83
50129015--50129127	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
50136974--50137124	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
50139134--50139383	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50144580--50144811	49	4.7	49	82	3	293	29	27	17	25	1.98
50144580--50144805	100	2.3	98	85	2	290	29	27	17	25	1.97
50146663--50146720	17	3.5	17	70	25	52	50	1	5	43	1.35
50146812--50146837	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
50149141--50149206	20	3.3	20	87	2	98	31	12	22	33	1.91
50149256--50149434	24	7.4	24	94	1	304	30	21	20	27	1.98
50149255--50149448	97	2.0	97	90	4	311	29	21	20	27	1.98
50149256--50149434	73	2.5	73	93	1	306	30	21	20	27	1.98
50153610--50153776	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
50160713--50160768	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
50160702--50160768	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
50160818--50160994	24	7.4	24	94	1	311	29	20	21	28	1.98
50163043--50163076	17	1.9	18	88	5	52	38	17	8	35	1.81
50168180--50168271	27	3.4	27	78	3	96	27	20	7	44	1.78
50168263--50168396	27	5.0	27	74	8	94	38	18	12	30	1.88
50168303--50168406	27	3.8	26	80	9	120	38	20	9	31	1.85
50168303--50168427	27	4.6	27	77	10	78	40	21	8	29	1.83
50168303--50168504	54	3.7	55	76	9	146	41	18	8	31	1.82
50168270--50168425	81	1.9	81	81	10	185	39	19	11	30	1.87
50169428--50169484	25	2.3	25	84	6	71	24	24	22	28	2.00
50169704--50169773	31	2.3	31	92	2	115	32	12	24	30	1.93
50169704--50169786	31	2.7	30	87	7	114	32	14	24	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50170957--50171041	27	3.1	27	87	0	116	36	14	20	29	1.91
50170957--50171052	27	3.6	27	84	0	111	37	17	17	27	1.93
50171034--50171134	27	3.7	27	85	5	132	38	21	9	29	1.86
50171037--50171296	54	4.8	54	77	4	236	39	21	10	28	1.86
50171092--50171296	27	7.5	27	81	4	171	39	21	10	28	1.86
50171092--50171214	55	2.3	54	83	5	158	38	24	9	27	1.87
50171252--50171323	28	2.6	28	80	6	76	44	16	9	29	1.80
50171072--50171324	109	2.3	109	80	2	285	39	21	11	28	1.87
50171372--50171434	27	2.3	27	83	5	83	36	26	14	22	1.92
50172802--50172856	29	2.0	27	85	7	74	16	20	23	40	1.91
50173004--50173132	33	3.9	33	88	4	188	27	21	26	24	1.99
50173004--50173132	66	2.0	66	96	0	240	27	21	26	24	1.99
50175159--50175254	27	3.6	27	86	0	138	36	19	16	27	1.93
50175295--50175443	53	2.8	54	82	5	185	37	25	10	26	1.89
50175239--50175527	27	10.7	27	78	4	215	38	21	11	28	1.88
50175572--50175634	27	2.3	27	83	5	83	36	25	17	20	1.94
50177215--50177335	33	3.7	32	88	4	179	25	22	26	25	2.00
50182050--50182126	24	3.2	24	90	0	118	33	3	40	22	1.72
50185186--50185316	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
50185186--50185316	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
50193137--50193267	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
50193137--50193267	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50194657--50194764	27	4.0	27	85	1	128	17	23	20	38	1.93
50201047--50201100	24	2.2	24	86	0	81	37	3	38	20	1.70
50206680--50206790	27	4.1	27	90	1	161	15	24	22	37	1.93
50211852--50211924	29	2.5	29	86	4	94	27	15	31	26	1.95
50222759--50222807	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
50223627--50223793	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
50232575--50232735	27	6.0	27	88	2	225	27	14	17	40	1.88
50232991--50233035	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
50233051--50233112	18	3.4	18	84	0	88	25	16	11	46	1.80
50241108--50241332	40	5.6	40	79	3	245	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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