genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  104  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27484489--27484551	27	2.4	25	78	19	65	60	3	6	30	1.37
27484813--27484859	15	3.0	16	76	17	53	53	6	6	34	1.52
27484903--27484942	15	2.7	15	84	0	53	70	2	2	25	1.13
27484997--27485039	22	2.0	22	86	9	61	65	0	2	32	1.06
27485508--27485591	2	42.0	2	100	0	168	50	0	50	0	1.00
27485737--27485763	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27486563--27486612	21	2.4	21	86	0	64	24	34	14	28	1.93
27486787--27487011	76	3.0	75	89	3	346	32	20	16	30	1.94
27486864--27487176	162	1.9	163	90	4	499	34	20	15	29	1.94
27486736--27487258	239	2.2	240	86	5	727	33	20	16	29	1.94
27486797--27487254	77	5.9	77	75	16	338	32	20	15	30	1.94
27495579--27495613	18	1.9	18	94	0	61	48	5	20	25	1.71
27499445--27499479	18	2.0	17	88	5	52	65	2	2	28	1.21
27499472--27499607	47	2.9	47	80	13	122	56	5	4	33	1.41
27499527--27499570	21	2.2	20	87	4	61	56	4	9	29	1.50
27499510--27499562	27	2.0	26	81	3	61	60	3	7	28	1.41
27499505--27499631	47	2.7	45	81	12	125	55	5	4	34	1.44
27501105--27501157	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
27502136--27502243	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27502567--27502631	27	2.5	26	80	7	69	50	4	9	35	1.55
27502817--27502870	28	1.9	28	81	7	65	46	1	5	46	1.37
27503015--27503054	15	2.7	15	84	0	53	70	2	2	25	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27503109--27503184	22	3.5	22	75	18	70	63	1	2	32	1.17
27503096--27503163	28	2.3	30	80	16	72	58	4	4	32	1.37
27505022--27505122	29	3.5	29	95	0	184	26	29	13	29	1.94
27505000--27505122	58	2.1	58	86	3	167	25	31	14	28	1.95
27508777--27508815	8	4.9	8	87	9	53	74	0	0	25	0.82
27508783--27508815	15	2.2	15	94	0	57	78	0	0	21	0.75
27509193--27509226	14	2.4	14	90	5	50	73	14	0	11	1.10
27510735--27510771	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
27513633--27513714	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
27515197--27515249	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
27517219--27517324	43	2.5	43	86	6	144	32	26	15	26	1.95
27522607--27522631	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
27523361--27523618	41	6.3	41	90	2	378	20	24	22	32	1.98
27523361--27523618	81	3.2	81	89	2	376	20	24	22	32	1.98
27523360--27523634	122	2.3	122	86	2	392	21	24	21	32	1.98
27523360--27523649	41	7.1	40	87	3	366	20	24	21	33	1.97
27525488--27525536	25	2.0	25	100	0	98	22	4	12	61	1.48
27527353--27527431	20	4.2	19	81	15	85	35	10	20	34	1.86
27527477--27527599	26	4.8	26	91	1	187	26	23	22	26	2.00
27535195--27535331	41	3.4	41	79	5	129	27	15	27	30	1.96
27536441--27536562	65	1.9	65	82	3	156	25	27	25	21	1.99
27539194--27539225	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27539472--27539562	28	3.3	28	90	7	143	34	28	7	29	1.85
27539668--27539757	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
27539678--27539768	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
27539668--27539782	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
27551027--27551098	3	23.3	3	90	2	108	65	1	2	30	1.15
27552544--27552775	40	5.8	40	89	3	272	22	27	25	25	2.00
27552529--27552816	80	3.6	78	81	1	270	24	27	23	25	2.00
27552529--27552815	120	2.4	120	81	5	339	24	27	23	24	2.00
27552545--27552816	40	6.8	40	86	1	233	23	26	24	25	2.00
27554095--27554146	25	2.1	25	100	0	104	23	28	0	48	1.51
27554103--27554158	25	2.2	25	87	0	76	30	25	0	44	1.54
27554754--27554825	3	23.7	3	84	8	92	65	1	2	30	1.15
27565006--27565134	50	2.5	51	91	5	208	34	16	23	25	1.95
27565110--27565196	31	2.8	31	81	6	113	27	20	25	26	1.99
27565221--27565342	47	2.6	46	87	2	163	27	15	27	29	1.96
27565315--27565412	42	2.3	42	89	3	144	31	13	26	28	1.94
27565315--27565427	42	2.7	41	83	8	138	30	14	25	29	1.95
27571732--27572082	47	7.3	47	87	5	486	27	29	8	34	1.86
27571799--27571823	9	2.8	9	100	0	50	32	32	0	36	1.58
27572004--27572079	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
27576533--27576612	26	3.1	26	96	0	151	36	27	6	30	1.81
27584549--27584675	26	5.2	26	85	12	187	37	25	6	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27584601--27584639	19	2.1	19	100	0	78	43	20	5	30	1.73
27584575--27584665	45	2.0	45	95	0	164	38	24	6	30	1.81
27586228--27586414	62	3.0	62	94	2	322	38	5	22	33	1.78
27587438--27587470	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
27588813--27588838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27601058--27601146	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
27601058--27601137	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27601069--27601146	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27621768--27621944	47	3.8	46	87	2	201	20	15	27	36	1.93
27624986--27625133	49	3.0	49	100	0	296	32	8	28	31	1.86
27624986--27625619	98	6.7	98	82	9	787	32	7	29	29	1.85
27625114--27625214	17	6.1	17	70	21	79	33	3	31	30	1.76
27625065--27625266	66	3.1	66	99	0	395	33	5	30	30	1.81
27625016--27625364	115	3.0	115	79	14	473	32	6	29	30	1.84
27625197--27625619	49	8.7	49	92	1	667	32	7	30	29	1.85
27629561--27629586	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27631055--27631100	20	2.3	20	96	0	83	45	0	6	47	1.28
27631639--27631676	17	2.2	17	90	0	58	73	2	21	2	1.07
27631597--27631680	10	8.2	10	72	18	50	73	2	17	5	1.14
27632563--27632700	40	3.5	40	79	6	147	29	15	22	31	1.95
27637375--27637456	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
27638632--27638668	8	4.6	8	93	0	56	48	21	24	5	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27639085--27639224	54	2.6	53	94	2	235	17	23	24	35	1.95
27639085--27639242	27	5.9	27	83	11	191	18	24	22	34	1.96
27640843--27640895	16	3.3	16	74	15	56	15	5	5	73	1.21
27640912--27640969	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
27646061--27646101	20	2.0	20	90	0	64	41	9	19	29	1.83
27654328--27654407	42	1.9	42	89	0	124	15	37	27	20	1.92
27660280--27660317	15	2.5	15	86	0	58	31	26	10	31	1.90
27662590--27662639	21	2.3	22	80	13	59	50	12	0	38	1.40
27670208--27670376	81	2.1	81	96	0	311	21	20	14	43	1.87
27673221--27673260	2	20.0	2	94	0	71	52	0	47	0	1.00
27674029--27674062	16	2.2	16	89	5	52	79	14	0	5	0.91
27676165--27676278	43	2.7	43	82	4	133	25	18	24	31	1.97
27680747--27680914	75	2.3	73	81	10	193	32	22	12	32	1.91
27680753--27680918	35	4.6	35	81	8	190	31	24	12	31	1.91
27683865--27683906	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
27691360--27691423	3	21.3	3	96	0	119	65	0	1	32	1.02
27691810--27691886	5	15.8	5	70	24	58	59	2	0	37	1.11
27691812--27691885	21	3.5	22	78	12	75	59	2	0	37	1.12
27694655--27694705	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
27694667--27694715	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
27697528--27697577	22	2.3	22	82	6	57	50	6	4	40	1.46
27699897--27699929	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27701593--27701636	22	2.0	22	100	0	88	36	18	9	36	1.82
27705559--27705599	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
27705606--27706312	352	2.0	352	98	0	1378	33	16	15	34	1.90
27710114--27710169	23	2.4	23	85	14	71	23	0	3	73	0.99
27717241--27717280	13	2.9	13	82	13	53	85	0	15	0	0.61
27717719--27717756	19	2.0	20	94	5	69	13	36	26	23	1.91
27726441--27726509	29	2.4	29	95	0	120	34	10	30	24	1.89
27726502--27726664	33	5.0	33	83	1	175	34	11	20	32	1.89
27726503--27726664	65	2.5	66	78	3	175	35	11	20	32	1.89
27736578--27736705	61	2.1	61	85	2	168	25	29	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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