genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  226  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63670743--63670821	28	2.8	28	82	0	95	27	25	12	34	1.92
63680067--63680215	43	3.5	42	77	6	131	32	25	16	25	1.96
63681994--63682039	21	2.1	22	88	4	67	41	52	2	4	1.33
63685599--63685749	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
63685636--63685765	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
63693615--63693765	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
63693652--63693781	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
63696850--63697282	50	8.6	50	75	7	331	31	24	17	26	1.97
63696851--63697294	151	2.9	151	85	1	586	31	24	17	26	1.97
63711016--63711165	73	2.1	73	92	0	246	30	26	12	30	1.92
63712767--63713413	50	12.8	50	79	4	584	30	25	17	26	1.97
63712778--63713413	101	6.3	99	77	6	485	31	25	17	26	1.97
63712759--63713359	151	4.0	151	82	4	647	30	25	17	26	1.97
63712828--63713405	252	2.3	252	86	3	795	31	25	16	25	1.97
63717619--63717843	119	1.9	120	85	6	314	24	21	28	26	1.99
63717620--63717843	40	5.6	39	82	8	265	24	21	28	25	1.99
63717619--63717876	79	3.3	79	84	8	310	25	21	27	25	1.99
63721189--63721339	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
63721226--63721355	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
63729193--63729343	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
63729230--63729359	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
63732816--63732902	29	3.0	29	86	5	115	29	32	13	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63736632--63736677	21	2.1	22	84	4	58	41	50	2	6	1.40
63741327--63741488	43	3.8	41	76	8	130	32	25	16	24	1.96
63741327--63741488	86	1.9	85	82	8	204	32	25	16	24	1.96
63742849--63742880	15	2.1	15	94	0	55	56	6	15	21	1.62
63756088--63756125	19	2.0	19	100	0	76	42	31	5	21	1.75
63759487--63759600	27	4.2	26	75	8	77	40	17	8	33	1.81
63759597--63759691	27	3.5	27	97	0	172	27	31	5	35	1.79
63759586--63759691	54	2.0	54	90	0	167	30	30	5	33	1.81
63759649--63759729	38	2.1	38	83	0	99	23	30	7	38	1.82
63759686--63759821	27	5.0	27	85	3	157	28	19	8	44	1.79
63759812--63760050	27	8.8	27	77	3	192	39	19	9	31	1.84
63759771--63760019	54	4.6	53	75	9	180	39	19	8	32	1.82
63760068--63760141	27	2.7	27	78	12	80	36	18	20	24	1.95
63761803--63761877	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
63761861--63761934	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
63769677--63769751	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
63769735--63769808	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
63772258--63772305	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63772349--63772432	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
63772353--63772427	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
63772479--63772672	25	8.0	24	87	5	243	27	20	23	28	1.99
63772864--63772927	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63780659--63780702	14	2.8	16	86	10	56	31	0	4	63	1.14
63782950--63783008	30	2.0	30	100	0	118	30	13	16	38	1.88
63787609--63787637	14	2.0	15	93	6	51	20	0	20	58	1.39
63795523--63795689	40	4.2	40	80	2	167	23	26	22	27	1.99
63806392--63806429	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
63812801--63813098	49	6.1	49	96	1	510	35	10	25	28	1.89
63812797--63813096	145	2.1	145	93	0	512	36	10	25	28	1.89
63813167--63813253	37	2.3	36	90	5	129	22	19	31	26	1.98
63816774--63817001	40	5.7	40	87	4	282	24	28	23	23	2.00
63816774--63816958	79	2.3	80	90	0	282	24	28	24	22	2.00
63816774--63816998	79	2.8	77	83	9	267	24	28	24	23	2.00
63822140--63822247	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
63824607--63824827	40	5.6	40	91	2	331	23	20	26	29	1.99
63832692--63832738	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
63839025--63839136	43	2.7	41	77	10	127	32	16	22	29	1.95
63841269--63841304	16	2.4	15	90	9	56	30	36	19	13	1.91
63841275--63841305	16	1.9	16	100	0	62	25	32	22	19	1.97
63844202--63844271	15	4.7	15	70	7	52	44	22	11	21	1.84
63854887--63854939	6	8.5	6	87	8	79	79	3	0	16	0.88
63854959--63855054	9	10.7	9	80	4	59	26	7	20	45	1.77
63854967--63855045	18	4.4	18	85	6	88	24	8	22	44	1.81
63854959--63855053	27	3.5	27	78	5	84	26	7	21	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63855316--63855349	5	6.8	5	100	0	68	20	0	0	79	0.73
63861178--63861222	23	1.9	24	90	4	74	33	6	13	46	1.69
63861301--63861352	19	2.7	19	81	3	68	53	9	0	36	1.34
63862517--63862547	16	1.9	16	100	0	62	35	25	6	32	1.82
63862998--63863085	42	2.1	42	95	0	158	46	6	9	37	1.62
63863021--63863088	24	3.1	24	66	24	67	45	8	7	38	1.63
63866601--63866764	39	4.2	39	85	4	199	26	28	21	22	1.99
63868390--63868454	22	2.9	23	79	6	80	66	6	4	23	1.33
63868528--63868552	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
63868530--63868622	36	2.5	36	80	11	109	54	1	9	34	1.40
63868647--63868678	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
63868782--63868822	15	2.8	14	85	10	55	60	0	7	31	1.24
63868917--63868948	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
63868915--63868948	17	2.0	17	100	0	68	64	0	0	35	0.94
63868920--63868950	14	2.2	14	100	0	62	64	0	0	35	0.94
63869026--63869063	14	2.6	16	88	12	55	63	5	0	31	1.17
63869518--63869597	27	2.8	28	84	9	99	52	18	5	23	1.65
63869779--63869822	1	44.0	1	86	0	61	2	4	0	93	0.42
63869779--63869822	14	3.1	14	93	6	72	2	4	0	93	0.42
63870125--63870914	205	3.9	205	94	1	1318	29	22	18	29	1.98
63878899--63878948	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
63880546--63880692	39	3.8	39	79	5	140	27	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63880584--63880711	40	3.2	39	84	8	152	24	22	28	25	2.00
63888533--63888699	40	4.2	40	79	3	160	27	22	26	23	1.99
63902640--63902720	27	3.0	26	80	7	72	34	20	23	20	1.97
63902667--63902806	67	2.1	69	83	2	176	32	22	26	19	1.97
63903441--63903513	27	2.7	27	93	0	128	26	20	17	35	1.95
63905913--63905982	29	2.5	28	88	2	95	27	28	17	27	1.97
63906065--63906100	19	1.9	19	94	5	65	16	38	16	27	1.90
63913041--63913131	28	3.2	28	77	9	85	27	27	16	28	1.97
63913038--63913119	29	2.9	29	76	8	87	26	30	17	25	1.97
63913199--63913234	19	1.9	19	88	5	56	22	41	13	22	1.89
63918279--63918381	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
63926242--63926343	29	3.6	27	76	7	87	20	17	34	27	1.95
63928590--63928690	28	3.6	28	81	5	123	25	30	16	26	1.97
63936101--63936140	11	4.2	10	81	18	50	17	2	17	62	1.44
63945327--63945413	24	3.6	24	93	0	156	35	24	17	22	1.95
63945305--63945413	48	2.3	48	90	3	166	33	22	17	25	1.96
63953040--63953148	23	4.6	24	95	2	195	36	23	17	22	1.94
63963086--63963526	47	9.4	47	93	0	702	32	8	30	28	1.87
63968598--63968788	42	4.6	42	81	5	145	31	14	21	31	1.94
63968690--63968770	40	2.0	40	100	0	162	30	17	19	32	1.95
63972912--63973012	51	2.0	51	100	0	202	30	5	25	37	1.80
63975086--63975191	42	2.5	42	89	0	158	33	16	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63980909--63980995	29	2.9	29	72	17	79	50	4	5	39	1.47
63986186--63986975	205	3.9	205	94	1	1318	29	22	18	29	1.98
63994981--63995030	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
63998829--63998889	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
63998981--63999008	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
63998986--63999078	36	2.6	36	75	12	102	53	1	10	34	1.43
63999103--63999134	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
63999238--63999280	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
63999375--63999404	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
63999498--63999526	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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