genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20090293--20090333	21	2.0	21	100	0	82	24	9	4	60	1.47
20089395--20091677	926	2.5	914	80	8	2501	38	20	12	27	1.89
20093207--20093254	24	1.9	26	83	8	64	41	8	4	45	1.53
20100192--20100232	19	2.2	19	100	0	82	24	24	19	31	1.98
20109310--20109350	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
20111761--20111825	23	2.8	24	76	6	71	61	0	0	38	0.96
20116514--20116566	27	2.0	27	85	7	72	37	18	5	37	1.75
20117134--20117182	18	2.8	16	82	17	62	48	0	2	48	1.12
20117134--20117184	20	2.8	18	88	11	70	47	0	1	50	1.12
20117205--20117244	20	2.0	21	90	9	66	42	0	0	57	0.98
20118094--20118142	23	2.1	23	88	3	71	48	8	4	38	1.52
20119173--20119209	12	2.9	14	80	19	53	29	0	0	70	0.88
20123349--20123378	15	2.0	15	93	0	51	23	26	13	36	1.92
20127029--20127174	40	3.7	39	84	1	157	24	27	22	25	2.00
20127061--20127212	40	3.8	40	84	5	164	23	25	23	28	1.99
20143913--20143950	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
20144243--20144300	18	3.1	18	82	9	55	43	1	1	53	1.21
20147247--20147293	22	2.1	22	88	0	67	6	8	21	63	1.44
20147514--20147548	18	1.9	18	88	0	52	65	11	11	11	1.47
20152484--20152727	49	5.1	48	75	10	191	28	13	25	32	1.94
20152635--20152762	42	3.0	42	87	3	168	32	14	24	29	1.94
20153563--20153606	22	2.0	22	100	0	88	22	4	27	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20157811--20157869	19	3.1	19	76	11	57	49	15	5	30	1.66
20162413--20162588	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
20162410--20162580	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
20165496--20165575	15	5.4	14	71	12	54	11	16	13	58	1.62
20167966--20168141	46	3.8	45	78	4	174	20	20	29	29	1.98
20167963--20168134	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	28	1.98
20171383--20171507	3	39.3	3	70	19	53	62	2	8	27	1.36
20173236--20173330	44	2.2	44	92	0	154	25	22	21	31	1.98
20173502--20173584	38	2.3	36	83	10	98	28	18	24	28	1.98
20173568--20173733	44	3.8	44	80	4	172	34	19	13	32	1.91
20173568--20173733	89	1.9	88	83	3	217	34	19	13	32	1.91
20186275--20186391	3	39.0	3	76	10	96	62	0	6	29	1.27
20186285--20186391	23	4.8	23	77	8	87	62	0	7	28	1.28
20186745--20186830	35	2.5	35	94	0	145	23	17	23	36	1.95
20196018--20196134	38	2.8	40	87	12	166	36	15	24	23	1.93
20196112--20196150	16	2.4	16	100	0	78	35	15	25	23	1.94
20196066--20196196	62	2.1	62	98	0	253	37	15	23	23	1.93
20196128--20196295	46	3.7	46	88	1	230	39	16	23	20	1.91
20199487--20199635	38	3.9	38	92	1	226	20	24	26	28	1.99
20205488--20205546	26	2.4	24	83	10	75	67	3	0	28	1.06
20205517--20205575	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
20214590--20214639	19	2.6	19	76	17	50	28	4	4	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20214590--20214640	18	2.7	19	75	9	50	27	3	3	64	1.28
20224524--20224670	67	2.2	67	96	2	267	33	21	3	41	1.70
20225373--20225520	43	3.4	43	86	1	199	31	24	15	28	1.95
20227233--20227356	59	2.1	59	82	8	146	35	6	7	50	1.56
20231886--20231956	27	2.6	28	82	4	92	43	19	0	36	1.51
20234640--20234681	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
20235781--20235820	12	3.2	12	89	3	53	2	22	0	75	0.93
20256128--20256482	125	2.9	124	86	5	438	28	15	17	38	1.90
20256553--20256654	34	3.1	33	83	9	129	41	13	0	45	1.44
20256776--20256810	6	5.8	6	96	0	61	34	45	0	20	1.51
20258868--20258905	14	2.7	14	100	0	76	28	28	5	36	1.79
20258998--20259096	43	2.3	43	94	1	171	34	10	15	40	1.80
20259138--20259177	6	6.7	6	94	0	71	67	30	0	2	1.04
20260445--20260512	28	2.4	28	82	9	84	58	0	4	36	1.18
20260698--20260743	20	2.3	20	85	7	58	52	8	17	21	1.71
20265988--20266045	16	3.4	16	68	13	53	32	17	27	22	1.96
20266016--20266231	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
20268375--20268406	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
20270557--20270608	11	4.5	11	81	9	59	34	0	1	63	1.06
20272352--20272465	45	2.5	45	90	2	158	37	14	23	23	1.92
20272448--20272613	46	3.6	46	90	1	235	45	14	21	18	1.84
20277668--20277710	18	2.3	19	88	4	61	20	0	2	76	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20284498--20284625	64	2.0	64	90	3	204	32	18	14	35	1.91
20284792--20285022	44	5.3	44	64	19	115	35	19	22	22	1.96
20284694--20285262	263	2.2	263	85	2	768	33	20	24	21	1.97
20285123--20285260	44	3.1	43	70	12	118	33	21	26	19	1.97
20284694--20285255	88	6.4	88	88	1	741	33	20	24	21	1.97
20289091--20289205	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
20289091--20289224	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
20305843--20305876	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
20312271--20312300	16	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
20319340--20319365	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20332437--20332467	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
20335772--20335832	30	2.0	30	100	0	122	34	16	16	32	1.91
20345817--20345939	46	2.6	46	83	7	133	22	31	17	27	1.97
20354991--20355067	27	2.9	27	96	0	136	27	16	15	40	1.89
20376852--20377029	88	2.0	88	96	1	329	37	12	20	29	1.89
20378394--20378439	24	1.9	24	100	0	92	30	13	21	34	1.91
20379781--20379820	18	2.2	19	86	4	55	50	0	0	50	1.00
20387944--20387990	18	2.6	18	83	6	51	27	2	4	65	1.22
20394440--20394572	40	3.3	40	80	3	133	29	23	24	22	1.99
20415030--20415062	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
20415227--20415262	13	2.8	13	95	0	63	44	30	0	25	1.54
20415361--20415680	46	7.0	46	91	0	426	21	24	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20419783--20420036	21	12.2	21	76	4	183	47	15	18	18	1.83
20419807--20420036	42	5.5	42	78	4	230	46	15	18	19	1.83
20419802--20420036	84	2.8	84	82	1	283	47	15	18	18	1.83
20423250--20423367	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
20423273--20423367	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
20423559--20423677	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
20423559--20423677	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
20423728--20423787	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
20423728--20423782	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
20423830--20423877	25	1.9	25	86	0	69	25	16	27	31	1.97
20427032--20427089	23	2.6	23	78	5	75	41	25	17	15	1.89
20428228--20428287	23	2.6	23	82	14	79	36	11	5	46	1.62
20432659--20432720	16	3.9	16	89	0	97	35	6	30	27	1.82
20432659--20432720	32	1.9	32	100	0	124	35	6	30	27	1.82
20443741--20443798	29	2.0	29	100	0	116	13	20	34	31	1.92
20454199--20454287	45	2.0	45	95	0	160	28	15	30	25	1.96
20454415--20454784	183	2.0	183	97	0	695	26	26	14	32	1.95
20455169--20455543	33	11.0	33	83	5	417	21	15	35	27	1.94
20456656--20456719	33	1.9	33	96	0	119	43	7	0	48	1.32
20461940--20461970	15	2.1	15	93	0	53	77	0	3	19	0.90
20463934--20463974	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
20474425--20474460	18	2.0	18	94	0	63	33	30	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20479533--20479573	21	2.0	21	95	0	73	43	2	9	43	1.50
20489376--20489420	19	2.4	19	81	7	56	0	48	0	51	1.00
20491512--20491562	6	8.3	6	91	4	75	15	1	3	78	0.99
20495802--20495858	20	2.8	20	78	7	62	43	3	10	42	1.56
20501262--20501290	11	2.6	11	100	0	58	6	37	44	10	1.65
20502523--20502557	18	1.9	18	94	0	61	22	8	45	22	1.79
20508293--20508412	42	2.9	42	70	3	116	30	23	15	30	1.95
20510602--20510635	13	2.6	13	90	0	50	32	20	0	47	1.51
20510778--20510832	6	9.2	6	95	0	101	34	18	16	30	1.93
20511219--20511243	9	2.8	9	100	0	50	48	8	0	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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