genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.394.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  394  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114235718--114235744	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
114237626--114237650	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
114237835--114237875	14	3.1	14	86	10	59	0	46	0	53	1.00
114237835--114237874	12	3.1	13	89	7	55	0	47	0	52	1.00
114238423--114238453	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
114238714--114238771	21	2.8	20	79	7	62	37	5	3	53	1.40
114238654--114238773	44	2.7	42	76	18	118	35	5	2	56	1.34
114251339--114251469	69	1.9	69	90	3	210	30	16	22	29	1.96
114251248--114251625	157	2.4	158	95	3	692	29	17	21	31	1.96
114251495--114251876	69	5.5	69	77	11	288	28	16	19	35	1.94
114251688--114251949	62	4.0	65	81	13	279	28	14	15	42	1.85
114251688--114251949	135	2.0	131	84	10	345	28	14	15	42	1.85
114257002--114257738	72	11.2	69	67	18	425	24	14	22	37	1.92
114257002--114257265	71	3.7	69	83	6	332	25	14	22	37	1.92
114257144--114257390	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
114256835--114257459	263	2.4	257	94	2	1061	26	14	23	36	1.93
114257092--114257538	199	2.3	193	85	3	592	26	14	23	35	1.94
114257435--114257653	115	1.9	117	91	3	363	24	15	23	36	1.94
114257156--114257861	314	2.2	321	92	5	1165	25	15	22	36	1.93
114257592--114257960	72	5.1	71	70	11	241	25	17	21	35	1.95
114257809--114258110	73	3.9	74	70	15	223	28	19	22	30	1.98
114258142--114258328	72	2.6	73	82	1	259	31	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114258344--114258379	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
114258269--114258494	88	2.6	88	83	8	268	26	16	18	38	1.91
114258476--114258537	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
114258539--114258705	88	2.0	84	81	7	126	28	17	18	35	1.94
114259350--114259387	16	2.3	17	90	4	60	89	2	7	0	0.57
114259350--114259387	11	3.5	11	85	7	51	89	2	7	0	0.57
114259337--114259442	49	2.2	47	83	8	135	70	19	5	3	1.23
114259383--114259418	16	2.3	16	95	4	65	61	33	0	5	1.19
114259590--114259704	37	3.2	36	84	13	148	54	0	28	15	1.47
114260295--114260324	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
114261831--114261880	25	2.0	25	96	0	91	38	4	22	36	1.73
114264899--114265007	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
114266491--114266542	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
114270704--114270812	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
114272296--114272347	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
114287065--114287155	18	5.1	18	77	5	103	37	15	13	34	1.86
114287042--114287153	54	2.1	54	81	3	127	36	16	10	35	1.84
114287065--114287174	36	3.1	36	81	2	105	36	14	14	34	1.87
114287068--114287171	18	5.8	18	76	4	84	34	15	15	34	1.89
114291945--114291978	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
114301095--114301130	13	2.8	13	95	0	63	19	5	0	75	1.00
114303779--114303836	23	2.5	23	82	2	71	39	0	3	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114307968--114308096	65	2.0	65	82	11	158	37	0	20	41	1.58
114310770--114310796	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
114311186--114311233	3	16.7	3	95	4	82	68	0	0	31	0.90
114312181--114312248	22	3.0	22	77	10	75	41	17	23	17	1.90
114313420--114313549	7	19.1	7	71	17	51	49	1	1	47	1.20
114313420--114313467	17	2.8	17	87	0	69	47	0	0	52	1.00
114313456--114313541	34	2.6	34	94	1	147	52	2	2	43	1.26
114314384--114314435	24	2.0	24	85	10	68	3	25	0	71	1.03
114314391--114314433	19	2.3	19	76	23	54	0	25	0	74	0.82
114314457--114314498	9	4.6	9	80	16	50	11	11	2	73	1.18
114314457--114314498	19	2.3	18	80	15	50	11	11	2	73	1.18
114321840--114321867	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
114326958--114326995	15	2.4	16	82	8	51	26	0	2	71	1.00
114327326--114327431	52	2.0	52	100	0	212	45	9	7	37	1.65
114328212--114328265	27	2.0	27	81	0	63	62	0	1	35	1.06
114332979--114333017	2	19.5	2	89	0	60	2	43	2	51	1.29
114336730--114336771	19	2.2	19	100	0	84	26	16	38	19	1.92
114347621--114347696	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
114349146--114349242	32	3.0	32	95	0	176	38	22	6	32	1.79
114349951--114350000	23	2.1	23	85	3	64	24	10	4	62	1.44
114351849--114351881	14	2.4	14	100	0	66	15	33	6	45	1.70
114352128--114352191	33	1.9	33	87	0	92	32	18	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114354638--114354686	21	2.3	22	80	20	59	69	4	6	20	1.27
114362772--114362836	32	2.0	32	93	0	112	38	7	18	35	1.80
114363904--114363948	20	2.2	21	92	4	74	46	0	4	48	1.22
114364096--114364130	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
114370181--114370347	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
114370176--114370347	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
114373199--114373334	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
114373750--114373862	29	4.0	29	89	3	167	20	4	28	46	1.69
114373806--114373876	23	2.8	24	75	22	74	18	5	32	43	1.73
114373750--114373862	57	2.0	57	87	3	165	20	4	28	46	1.69
114374066--114374152	21	4.1	21	82	7	104	16	21	25	36	1.94
114375234--114375420	46	3.9	48	75	15	163	25	15	28	29	1.96
114379454--114379510	10	5.5	11	78	19	52	45	0	1	52	1.11
114381262--114381292	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
114382703--114382750	18	2.5	19	83	6	53	58	4	0	37	1.18
114382720--114382764	20	2.2	20	80	7	56	55	4	0	40	1.20
114389147--114389187	6	6.8	6	100	0	82	48	0	0	51	1.00
114392805--114392846	21	2.0	20	82	13	50	64	2	4	28	1.26
114392805--114392883	29	2.7	29	82	9	90	62	2	5	30	1.30
114392834--114392904	19	3.7	18	72	20	56	60	2	4	32	1.30
114396038--114396082	23	1.9	24	86	4	65	26	2	17	53	1.56
114398726--114398773	24	2.0	24	100	0	96	37	12	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114399227--114399271	22	2.0	22	100	0	90	35	13	24	26	1.92
114399339--114399517	38	4.7	37	91	1	232	31	15	27	25	1.96
114402258--114402286	14	2.1	14	93	6	51	86	0	13	0	0.58
114407580--114407643	29	2.2	29	82	0	83	31	0	1	67	1.00
114409194--114409230	16	2.3	16	100	0	74	78	10	0	10	0.97
114409813--114409867	27	2.0	28	85	3	76	36	12	1	49	1.52
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114423689--114424149	130	3.5	130	82	3	421	34	19	19	27	1.96
114423775--114424155	130	2.9	130	86	1	478	34	17	19	28	1.94
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114427000--114427206	87	2.4	87	81	4	236	28	24	18	28	1.98
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114427230--114427426	87	2.3	87	89	3	290	29	24	18	26	1.98
114427322--114427517	44	4.5	44	68	12	123	30	24	16	28	1.97
114427051--114427558	219	2.3	219	93	0	856	29	24	17	28	1.97
114427403--114427603	45	4.5	45	69	10	153	27	24	17	29	1.98
114427317--114427608	132	2.2	132	97	0	548	28	24	18	28	1.98
114439344--114439737	130	3.0	130	85	2	479	33	17	19	29	1.95
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114442798--114442990	87	2.2	87	81	7	232	30	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114442619--114443123	219	2.3	219	89	3	752	29	21	18	30	1.97
114442888--114443173	129	2.2	130	89	1	448	28	22	18	30	1.97
114452810--114452847	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
114453605--114453711	54	2.0	54	98	0	205	32	3	8	55	1.48
114454097--114454297	41	4.9	40	83	4	190	36	23	20	19	1.95
114454120--114454297	41	4.4	40	89	2	241	37	24	19	18	1.94
114454354--114454407	25	2.3	23	79	17	58	48	31	1	18	1.59
114455333--114455456	40	3.0	40	77	4	133	42	13	17	25	1.86
114459006--114459151	43	3.4	42	87	4	213	22	21	30	24	1.99
114462959--114463029	27	2.7	26	82	12	83	33	7	5	53	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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