genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6237424--6237490	9	7.4	9	74	22	61	34	0	2	62	1.10
6237717--6237776	16	3.6	16	80	8	66	30	3	3	63	1.27
6237723--6237757	18	1.9	18	94	0	61	28	2	2	65	1.21
6237696--6237771	34	2.2	36	85	4	102	32	2	3	60	1.29
6237732--6237810	23	3.5	23	71	23	78	31	1	5	62	1.25
6237732--6237783	26	2.1	23	83	16	61	30	1	3	63	1.23
6237732--6237816	44	1.9	44	86	9	120	31	1	4	62	1.23
6237835--6237926	26	3.7	24	78	11	96	30	3	4	61	1.31
6239385--6239430	22	2.1	22	100	0	92	36	13	0	50	1.41
6240194--6240274	25	3.2	25	69	22	69	40	1	2	55	1.21
6247097--6247337	122	2.0	122	95	0	437	36	14	18	31	1.90
6250261--6250306	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
6250658--6250752	31	2.9	31	78	18	104	71	18	6	3	1.21
6251846--6251874	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
6251956--6252009	29	1.9	27	82	14	65	50	9	5	35	1.58
6252072--6252130	25	2.3	25	80	8	66	38	5	3	52	1.40
6252302--6252330	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
6254084--6254119	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
6257808--6257854	22	2.1	23	96	4	87	51	8	31	8	1.63
6259942--6260056	43	2.7	44	80	9	121	43	14	25	16	1.86
6260872--6261121	111	2.2	111	88	9	375	26	13	20	39	1.89
6261381--6261482	25	4.2	25	87	9	158	35	5	22	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6261381--6261470	23	3.8	23	88	7	128	35	5	23	35	1.78
6261381--6261470	46	1.9	48	93	4	157	35	5	23	35	1.78
6262952--6263004	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
6264273--6264302	11	2.9	10	90	9	51	23	10	10	56	1.62
6267075--6267182	25	4.2	26	92	3	175	33	5	24	37	1.79
6267075--6267182	51	2.1	51	94	0	189	33	5	24	37	1.79
6268661--6268713	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
6270933--6270963	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
6273187--6273213	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6274627--6274681	25	2.3	23	81	6	65	67	14	0	18	1.24
6277569--6277597	14	2.0	15	93	6	51	82	0	0	17	0.66
6277590--6277640	22	2.3	22	83	10	59	56	5	7	29	1.51
6280256--6280335	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
6280328--6280409	43	1.9	43	89	0	128	12	24	34	29	1.91
6280726--6280852	45	2.9	43	81	9	134	25	22	26	24	2.00
6281808--6281832	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6281894--6281944	19	2.5	21	84	9	61	54	3	3	37	1.37
6281918--6281956	17	2.3	17	86	0	51	58	2	0	38	1.12
6282491--6282544	25	2.3	22	84	9	63	61	5	3	29	1.36
6283470--6283530	27	2.3	26	86	8	79	14	4	1	78	0.99
6283497--6283536	19	2.0	20	85	4	55	22	5	0	72	1.04
6283656--6283721	33	2.0	33	100	0	132	21	12	15	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6287453--6287477	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6294663--6294692	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
6299062--6299097	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
6299118--6299192	32	2.3	33	77	11	84	38	18	12	30	1.87
6300166--6300207	22	1.9	22	90	0	66	33	9	11	45	1.73
6302958--6303107	51	2.9	51	91	0	246	33	26	10	29	1.90
6304351--6304386	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
6311069--6311097	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
6311269--6311337	36	1.9	36	96	0	129	34	4	8	52	1.52
6311975--6312025	25	2.0	25	84	0	66	37	5	27	29	1.80
6312042--6312106	30	2.2	31	83	5	80	40	0	9	50	1.34
6312039--6312107	29	2.3	30	76	11	70	40	0	8	50	1.33
6314051--6314268	119	1.8	120	85	1	312	34	11	17	36	1.86
6317472--6317623	78	1.9	78	91	0	250	31	21	13	32	1.93
6317588--6317676	40	2.2	40	82	7	110	38	21	10	30	1.86
6317603--6317724	40	3.0	41	78	4	113	36	18	13	31	1.89
6319383--6319409	10	2.7	10	100	0	54	70	0	0	29	0.88
6322129--6322367	72	3.3	72	88	0	370	37	19	13	29	1.90
6324545--6324570	8	3.2	8	100	0	52	23	11	0	65	1.25
6324641--6324682	22	1.9	22	90	0	66	28	9	9	52	1.65
6325308--6325341	16	2.1	16	89	10	52	38	0	0	61	0.96
6327191--6327256	14	4.9	13	72	18	55	77	3	4	15	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6327189--6327256	23	3.0	21	78	6	64	75	2	4	17	1.10
6327378--6327444	3	22.3	3	96	0	125	65	0	1	32	1.02
6332782--6333056	72	3.8	72	86	0	399	38	18	12	30	1.88
6339959--6340026	28	2.3	30	75	10	68	51	2	1	44	1.25
6340304--6340337	4	8.5	4	86	0	50	67	5	0	26	1.13
6340304--6340337	16	2.1	16	100	0	68	67	5	0	26	1.13
6343688--6343719	16	2.0	16	93	0	55	81	9	0	9	0.88
6345475--6345538	22	2.9	22	77	15	69	34	1	9	54	1.42
6345541--6345580	19	2.2	19	86	4	55	27	2	0	70	1.01
6345554--6345626	3	25.3	3	76	13	55	26	2	1	69	1.09
6345465--6345579	9	11.2	10	65	19	51	32	1	6	60	1.32
6345560--6345603	23	1.9	23	85	0	61	20	2	2	75	1.03
6345654--6345689	16	2.2	16	90	0	54	38	0	8	52	1.32
6346073--6346122	24	2.1	24	85	3	66	30	14	6	50	1.66
6346138--6346168	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
6347521--6347573	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
6349058--6349192	26	5.2	26	97	0	227	36	24	5	34	1.78
6354869--6355004	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
6359205--6359230	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
6359232--6359315	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
6361547--6361665	3	38.0	3	69	17	64	32	4	4	58	1.36
6361556--6361663	14	7.7	14	69	20	57	31	4	4	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6361692--6361765	28	2.5	29	78	12	80	28	1	9	60	1.36
6361685--6361735	13	3.9	13	74	5	50	27	0	13	58	1.36
6361744--6361813	23	2.9	23	80	15	79	37	2	4	55	1.34
6361996--6362093	25	3.9	24	77	13	83	33	7	4	55	1.46
6362254--6362291	3	13.0	3	83	5	51	36	2	0	60	1.11
6362263--6362333	37	1.9	37	82	5	90	33	1	5	59	1.30
6362477--6362541	27	2.5	26	83	14	80	30	6	3	60	1.37
6366296--6366339	19	2.2	20	88	4	63	6	15	0	77	0.97
6370782--6370994	72	3.0	72	90	1	320	37	19	14	28	1.91
6372237--6372293	26	2.2	26	90	0	87	64	3	26	5	1.30
6374355--6374420	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
6377060--6377189	25	5.2	25	95	2	235	36	23	7	33	1.83
6377060--6377189	51	2.6	50	95	2	235	36	23	7	33	1.83
6384111--6384270	26	6.2	26	94	0	266	35	23	7	33	1.83
6384111--6384270	52	3.1	52	96	0	293	35	23	7	33	1.83
6385531--6385653	43	2.8	43	74	3	104	30	8	4	55	1.52
6385656--6385724	13	4.7	15	77	18	67	28	2	0	68	1.04
6385625--6385688	25	2.5	24	80	9	74	29	1	3	65	1.17
6385615--6385729	43	2.7	44	81	9	130	31	3	1	63	1.21
6385661--6385729	30	2.2	30	85	10	86	30	4	0	65	1.12
6385825--6385883	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
6386441--6386474	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6388009--6388059	14	3.6	14	76	5	50	39	5	1	52	1.37
6393846--6394034	47	3.9	47	81	5	173	24	15	29	30	1.96
6395997--6396061	21	3.2	21	68	12	64	13	24	21	40	1.90
6395979--6396079	39	2.6	39	95	0	175	13	24	23	37	1.92
6395979--6396081	18	5.4	18	68	13	71	14	24	24	36	1.93
6398535--6398773	122	2.0	123	88	0	363	31	12	18	38	1.87
6400893--6400921	15	2.0	15	93	6	51	17	34	0	48	1.47
6402359--6402566	71	2.9	72	87	4	260	38	18	13	29	1.89
6405465--6405510	21	2.1	22	88	4	67	30	19	30	19	1.97
6411601--6411648	17	2.8	17	75	15	53	50	4	0	45	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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