Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  406  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117864716--117864757
18
2.3
18
84
8
50
69
4
4
21
1.26
117897579--117897617
6
6.2
6
90
3
51
48
0
0
51
1.00
117898556--117898603
24
2.0
24
95
0
87
35
20
0
43
1.52
117899658--117899697
11
3.4
12
86
13
57
77
7
5
10
1.11
117900091--117900118
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
117904268--117904294
6
4.5
6
100
0
54
18
0
14
66
1.25
117905028--117905066
21
1.9
20
89
5
60
66
5
5
23
1.32
117909277--117909492
46
4.7
46
91
0
315
39
15
23
21
1.91
117909227--117909492
138
2.0
130
87
5
379
39
15
23
21
1.92
117910190--117910224
17
2.1
17
88
0
52
57
8
2
31
1.44
117910281--117910352
36
2.0
36
100
0
144
25
19
5
50
1.69
117921539--117921593
27
2.0
28
82
3
67
67
0
0
32
0.91
117922216--117922259
9
5.0
9
77
5
54
50
0
0
50
1.00
117922697--117922731
15
2.3
15
90
9
54
0
28
0
71
0.86
117923535--117923567
15
2.3
14
94
5
57
75
0
24
0
0.80
117926491--117926516
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
117926843--117926887
14
3.3
14
78
6
56
57
0
15
26
1.38
117927378--117927500
61
2.0
61
100
0
246
30
16
17
35
1.92
117935450--117935578
44
2.8
45
82
4
152
34
13
24
27
1.93
117941152--117941325
51
3.4
50
88
1
267
29
23
14
32
1.94
117943327--117943370
19
2.3
19
88
4
61
15
4
2
77
1.04
117943328--117943378
26
1.9
27
84
11
70
15
5
1
76
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117943462--117943504
19
2.1
22
87
12
65
39
0
0
60
0.97
117943429--117943502
23
3.4
22
74
9
62
44
0
4
51
1.20
117943462--117943531
31
2.1
35
87
10
103
35
1
1
61
1.14
117943483--117943516
12
2.8
13
91
8
54
38
0
0
61
0.96
117943502--117943556
22
2.6
21
80
5
56
40
3
1
54
1.28
117943610--117943683
10
6.8
10
71
21
51
35
0
2
62
1.10
117943621--117943683
21
2.8
21
79
18
56
36
0
3
60
1.13
117948802--117948833
4
7.8
4
93
6
55
78
0
0
21
0.76
117948848--117948889
19
2.1
21
86
8
61
76
4
7
11
1.15
117948893--117948930
19
2.1
19
85
5
51
78
2
5
13
1.02
117949244--117949298
21
2.5
22
88
8
78
58
1
1
38
1.20
117949288--117949361
22
3.2
21
71
22
60
54
5
0
40
1.24
117949289--117949380
47
2.0
47
82
8
116
55
4
1
39
1.27
117949369--117949401
9
3.7
9
88
12
50
75
0
0
24
0.80
117951392--117951429
3
12.7
3
100
0
76
0
0
31
68
0.90
117956218--117956283
32
2.1
32
97
0
123
34
15
12
37
1.84
117959708--117959733
4
6.5
4
100
0
52
23
0
0
76
0.78
117964530--117964592
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
117978572--117978598
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
117990412--117990450
21
1.9
20
84
5
51
58
0
5
35
1.20
117991246--117991270
13
1.9
13
100
0
50
20
0
0
80
0.72
117994572--117994607
18
2.0
18
94
0
63
22
19
13
44
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117995274--117995306
17
1.9
17
93
0
57
42
0
0
57
0.98
118000345--118000379
18
1.9
18
88
0
52
45
0
0
54
0.99
118002402--118002433
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
118004785--118004814
15
2.0
15
100
0
60
66
6
0
26
1.16
118005366--118005407
20
2.0
21
86
9
59
76
7
7
9
1.17
118007130--118007175
9
5.2
9
82
12
60
65
0
0
34
0.93
118007130--118007175
17
2.6
17
80
13
58
65
0
0
34
0.93
118014219--118014290
20
3.5
21
77
9
67
29
4
1
65
1.20
118014551--118014604
23
2.5
22
80
16
69
62
0
0
37
0.95
118014538--118014648
35
2.9
35
78
16
98
56
0
0
43
0.99
118014606--118014647
21
2.0
22
86
13
61
50
0
0
50
1.00
118014576--118014648
34
2.1
36
85
10
98
57
0
0
42
0.98
118015268--118015307
21
1.9
21
94
0
71
62
0
0
37
0.95
118016009--118016047
17
2.2
18
86
13
55
46
0
5
48
1.24
118016272--118016301
15
1.9
16
93
6
53
36
3
6
53
1.44
118017211--118017290
32
2.5
32
89
2
115
30
16
6
47
1.71
118017786--118017815
14
2.1
15
93
6
53
0
13
3
83
0.77
118018187--118018266
29
2.6
30
72
5
72
55
5
5
35
1.44
118018566--118018626
28
2.2
28
82
11
72
22
8
4
63
1.41
118018564--118018632
29
2.4
29
78
9
70
26
7
4
62
1.40
118019204--118019234
15
2.0
16
93
6
55
25
41
25
6
1.79
118022780--118022810
14
2.2
14
100
0
62
19
22
35
22
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118028780--118028818
2
20.0
2
94
5
71
51
0
0
48
1.00
118031968--118032019
23
2.2
24
79
3
61
42
1
1
53
1.23
118036313--118036353
15
2.7
15
80
3
55
65
0
2
31
1.05
118038581--118038620
6
6.8
6
88
5
55
85
0
15
0
0.61
118050716--118050741
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
118052655--118052684
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
118053250--118053297
14
3.5
13
77
11
51
60
6
0
33
1.22
118055233--118055305
25
2.8
26
72
8
67
26
4
5
64
1.33
118055312--118055390
25
3.1
24
78
10
86
34
3
3
58
1.34
118055251--118055366
61
1.9
60
82
7
144
32
5
2
59
1.33
118055476--118055525
22
2.3
21
77
12
57
28
6
2
64
1.28
118055690--118055750
24
2.5
24
83
5
68
29
4
9
55
1.53
118055709--118055766
24
2.4
24
85
0
80
32
6
5
55
1.49
118060077--118060118
16
2.7
15
80
16
50
52
0
2
45
1.13
118060063--118060116
17
3.5
16
78
14
51
55
0
3
40
1.17
118061309--118061357
21
2.4
20
77
16
55
44
2
2
51
1.24
118061399--118061450
22
2.4
22
86
0
68
40
3
0
55
1.18
118070647--118070876
46
5.0
47
85
5
290
22
23
13
40
1.89
118072733--118072774
14
3.0
13
86
13
57
73
2
0
23
0.94
118081468--118081509
2
21.0
2
100
0
84
0
50
0
50
1.00
118081509--118081550
2
21.0
2
100
0
84
50
50
0
0
1.00
118086506--118086552
22
2.2
21
96
3
85
31
12
0
55
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118086516--118086563
22
2.2
22
85
7
62
41
14
2
41
1.57
118090970--118090998
13
2.3
13
94
5
51
44
31
6
17
1.75
118096752--118096777
12
2.2
12
100
0
52
0
46
0
53
1.00
118108581--118108614
15
2.1
17
89
10
54
55
0
0
44
0.99
118108577--118108622
13
3.4
14
77
14
51
63
0
0
36
0.95
118116622--118116663
16
2.6
17
81
7
52
59
0
0
40
0.97
118117032--118117084
20
2.7
20
87
0
70
39
5
9
45
1.60
118117007--118117084
40
2.0
40
82
10
97
37
7
7
47
1.61
118117151--118117198
19
2.5
19
86
6
62
43
2
8
45
1.45
118117174--118117245
20
3.7
20
71
15
51
41
8
11
38
1.71
118119976--118120023
14
3.4
14
78
18
55
43
0
2
54
1.12
118123313--118123343
2
15.5
2
100
0
62
51
48
0
0
1.00
118126820--118126870
22
2.5
20
80
6
57
21
13
7
56
1.62
118130305--118130342
15
2.5
16
83
12
53
47
0
0
52
1.00
118130302--118130349
15
2.8
19
70
26
52
47
0
0
52
1.00
118130605--118130642
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
118130801--118130843
20
2.2
20
83
8
52
53
0
4
41
1.21
118133582--118133615
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
118143080--118143123
7
6.3
7
100
0
88
54
0
0
45
0.99
118145057--118145119
30
2.1
29
85
8
83
41
7
14
36
1.75
118146146--118146327
91
2.0
91
90
0
283
36
17
16
30
1.92
118146528--118146602
36
2.2
33
83
11
89
58
9
4
28
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118146573--118146626
22
2.5
22
90
0
81
64
9
7
18
1.45
118149315--118149363
20
2.6
18
78
15
62
46
0
0
53
1.00
118149584--118149617
17
2.0
17
94
0
59
52
2
0
44
1.16
118153078--118153137
24
2.5
24
84
10
70
63
1
1
33
1.14
118153093--118153145
24
2.1
25
82
6
63
64
1
0
33
1.05
118153745--118153785
17
2.6
16
85
11
57
75
4
7
12
1.16
118157751--118157944
96
2.0
96
86
4
266
25
36
15
22
1.94
118166311--118166356
23
2.0
23
100
0
92
34
17
13
34
1.88
118178580--118178765
26
7.2
26
75
11
161
60
5
5
27
1.42
118178580--118178765
50
3.7
49
78
10
178
60
5
5
27
1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427