genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  110  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29030254--29030370	23	4.9	24	88	7	159	26	23	22	27	2.00
29030254--29030371	47	2.5	47	90	6	177	26	23	22	27	1.99
29030422--29030481	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
29030422--29030476	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
29030524--29030570	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
29036921--29036974	26	2.1	26	100	0	108	33	20	7	38	1.80
29050152--29050203	20	2.7	21	80	14	67	55	3	0	40	1.18
29050145--29050205	28	2.2	28	82	5	70	54	4	0	40	1.22
29053244--29053272	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
29056462--29056504	21	2.0	21	100	0	86	51	4	4	39	1.44
29056692--29056734	21	2.2	18	84	12	50	60	0	4	34	1.17
29062909--29063297	193	2.0	192	94	0	679	26	13	20	40	1.88
29064107--29064146	14	2.9	14	92	0	62	32	25	10	32	1.89
29068518--29068587	27	2.6	27	88	2	104	30	25	15	28	1.96
29071281--29071401	48	2.5	48	93	1	199	27	15	30	26	1.96
29071232--29071499	48	5.8	45	78	9	179	25	19	30	24	1.98
29073827--29073901	11	7.4	11	68	17	63	37	12	18	32	1.88
29073803--29073906	20	5.2	20	90	2	165	34	10	20	34	1.87
29073951--29074166	24	9.0	24	86	7	280	29	21	21	27	1.99
29073951--29074166	75	3.0	75	86	9	313	29	21	21	27	1.99
29073951--29074167	47	4.5	47	85	8	287	29	21	21	27	1.99
29081446--29081475	8	3.8	8	95	0	51	46	26	23	3	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29081950--29082054	20	5.2	20	95	0	183	33	10	21	34	1.88
29081966--29082042	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
29082100--29082289	24	8.0	24	86	4	251	28	22	22	26	1.99
29082100--29082268	47	3.6	47	87	4	241	28	22	21	26	1.99
29082099--29082268	71	2.4	70	91	2	268	28	22	21	26	1.99
29113818--29113984	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
29117575--29117613	17	2.3	17	95	0	69	23	5	12	58	1.54
29137154--29137349	97	2.0	97	97	0	374	31	12	8	47	1.70
29140479--29140656	51	3.5	52	87	6	233	28	16	28	26	1.97
29141054--29141092	19	2.1	19	95	0	69	28	12	15	43	1.83
29144491--29144692	55	3.7	53	74	9	158	34	18	24	22	1.96
29144549--29144737	53	3.6	54	78	7	167	34	19	25	20	1.96
29144490--29144692	108	1.9	110	83	4	268	33	18	24	22	1.96
29163142--29163792	192	3.4	191	85	5	817	23	28	19	27	1.99
29163141--29163794	143	4.6	146	80	9	581	23	28	20	27	1.99
29172124--29172259	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
29174043--29174328	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
29178086--29178219	26	5.2	26	92	3	218	33	5	24	36	1.78
29178086--29178219	50	2.6	51	95	2	234	33	5	24	36	1.78
29179997--29180271	136	2.0	137	97	0	516	25	19	24	31	1.98
29185688--29185799	27	4.1	26	79	8	107	36	23	23	16	1.94
29187236--29187309	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29194410--29194508	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
29202091--29202189	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
29206882--29206994	28	4.1	28	77	8	83	38	23	22	16	1.93
29206924--29206993	27	2.5	28	86	2	88	35	24	22	17	1.95
29208431--29208503	24	3.0	24	93	0	119	21	41	5	31	1.76
29209487--29209613	66	1.9	66	82	10	161	12	24	16	46	1.82
29213632--29213671	21	1.9	22	85	10	57	45	7	12	35	1.70
29218693--29218746	19	2.9	19	83	8	58	12	20	37	29	1.90
29219278--29219339	33	1.9	32	83	9	81	27	22	22	27	1.99
29221442--29221475	17	1.9	18	94	5	61	14	35	23	26	1.94
29224104--29224188	45	2.0	42	84	11	109	34	7	2	56	1.39
29231428--29231826	127	3.1	126	88	2	559	30	18	23	27	1.98
29231795--29232148	127	2.8	127	90	0	537	29	18	25	27	1.98
29231638--29231998	172	2.1	172	90	1	553	29	18	24	27	1.98
29231496--29232297	299	2.7	299	90	0	1230	29	18	24	27	1.98
29231922--29232405	172	2.8	171	88	1	709	30	19	24	26	1.98
29232709--29232762	28	2.0	28	85	3	74	40	38	5	14	1.70
29236059--29236140	40	2.0	40	97	0	155	34	20	7	37	1.81
29240253--29240315	31	2.0	31	96	0	117	46	14	14	25	1.82
29248769--29248913	29	5.1	28	82	8	168	30	30	13	26	1.93
29248764--29248913	58	2.6	57	84	8	205	30	30	13	26	1.94
29251706--29251773	34	2.0	34	100	0	136	35	14	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29258443--29258484	6	7.2	6	82	12	52	35	0	0	64	0.94
29261218--29261381	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
29261218--29261415	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
29268684--29268847	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
29268684--29268881	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
29290411--29290458	20	2.4	20	96	0	87	4	29	43	22	1.72
29305468--29305568	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
29308156--29308426	3	91.0	3	72	11	150	30	4	3	61	1.33
29308250--29308275	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
29308706--29308817	3	36.3	3	69	18	52	29	9	1	58	1.40
29311165--29311214	10	5.2	10	79	15	61	20	18	12	50	1.78
29311166--29311214	19	2.6	19	84	9	64	20	18	12	48	1.79
29314997--29315099	53	2.0	53	86	1	145	23	13	9	53	1.69
29315804--29315935	66	2.0	66	96	0	246	32	20	11	35	1.88
29315999--29316839	43	19.5	43	70	10	507	34	21	22	21	1.96
29315997--29316891	87	10.3	86	86	3	1003	35	21	22	21	1.96
29315997--29316891	173	5.2	173	85	2	1046	35	21	22	21	1.96
29316031--29316891	345	2.5	346	84	4	1015	35	20	22	21	1.96
29318479--29318786	3	104.0	3	74	9	159	30	6	2	60	1.38
29318609--29318657	20	2.3	20	86	6	62	30	4	2	63	1.24
29320945--29321044	6	19.0	5	69	20	55	73	1	5	21	1.09
29320964--29321031	6	11.0	6	78	6	64	76	1	5	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29320983--29321038	14	4.0	15	75	17	57	75	0	5	19	1.00
29320945--29321044	26	4.0	25	77	13	89	73	1	5	21	1.09
29326398--29326430	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
29327456--29327493	20	1.9	20	88	0	58	5	21	15	57	1.57
29332337--29332421	29	3.0	29	89	1	127	29	30	14	25	1.95
29338089--29338129	20	2.1	19	86	4	55	29	7	12	51	1.66
29340951--29341056	43	2.5	43	92	1	187	36	4	10	48	1.59
29341053--29341331	55	4.9	59	82	7	340	45	3	6	43	1.47
29341053--29341331	114	2.4	117	81	9	358	45	3	6	43	1.47
29341449--29341501	22	2.5	21	81	3	61	60	5	1	32	1.31
29341465--29341507	19	2.1	22	87	12	65	65	6	0	27	1.18
29341574--29341612	10	3.7	11	86	10	55	64	0	0	35	0.94
29341574--29341612	21	1.9	20	89	5	60	64	0	0	35	0.94
29342911--29342974	25	2.6	25	74	0	65	28	23	39	9	1.86
29342980--29343260	76	3.7	76	76	10	209	40	3	35	20	1.70
29345499--29345774	63	4.4	63	78	5	245	23	26	21	28	1.99
29352144--29352204	24	2.7	22	76	16	63	26	1	1	70	1.06
29352832--29352875	21	2.2	20	84	12	54	29	0	4	65	1.12
29352894--29352960	31	2.2	31	86	10	93	50	1	2	44	1.26
29353569--29353598	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
29353563--29353598	11	3.4	11	88	7	56	13	0	2	83	0.76
29353563--29353602	6	7.2	6	91	5	50	15	0	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29356208--29356256	18	2.9	16	80	19	55	28	0	2	69	1.00
29356214--29356278	14	5.0	14	73	21	61	27	1	1	69	1.07
29356786--29356839	27	2.0	27	100	0	108	14	25	29	29	1.95
29356955--29356987	16	2.1	16	88	11	50	75	0	24	0	0.80
29360024--29360175	64	2.4	63	93	1	259	36	4	11	47	1.61
29360273--29360348	38	2.0	37	97	2	143	56	9	2	31	1.45
29360728--29360931	72	2.8	71	88	2	291	35	17	25	22	1.95
29364064--29364101	14	2.7	14	88	8	51	34	2	0	63	1.09
29364064--29364112	17	2.8	17	84	9	55	34	6	0	59	1.22
29364821--29364898	30	2.6	29	76	10	75	39	3	2	53	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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