genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  311  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90467060--90467157	36	2.6	37	85	9	126	34	15	10	39	1.81
90469731--90469798	33	2.1	33	100	0	136	35	14	8	41	1.77
90471134--90471197	32	2.0	32	96	0	119	39	9	20	31	1.84
90473944--90474019	37	2.1	37	100	0	152	28	18	28	23	1.98
90477615--90477722	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
90479211--90479263	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
90480882--90480984	42	2.4	43	79	9	104	33	25	15	25	1.95
90480863--90481022	43	3.7	42	79	6	144	31	25	18	24	1.98
90484382--90484432	25	2.0	25	92	0	84	43	13	23	19	1.87
90485942--90485983	21	2.0	21	100	0	84	28	19	14	38	1.90
90487604--90487776	47	3.7	48	76	11	135	27	19	28	24	1.99
90495840--90495989	39	3.8	39	97	0	273	22	20	32	24	1.98
90503823--90503933	39	2.8	39	93	1	177	23	19	31	25	1.98
90505509--90505590	30	2.8	30	94	1	139	30	10	28	30	1.91
90510229--90510444	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
90510179--90510444	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
90515518--90515733	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
90515468--90515733	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
90525554--90525583	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
90526626--90526666	22	1.9	21	85	5	55	12	36	26	24	1.91
90530847--90530934	40	2.2	41	85	4	124	29	2	10	57	1.44
90530982--90531048	34	1.9	35	90	3	109	19	8	8	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90533598--90533768	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
90533593--90533765	46	3.7	46	76	13	192	28	26	21	23	1.99
90535901--90535933	15	2.1	17	88	11	52	75	0	18	6	1.00
90547211--90547364	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
90547211--90547364	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
90547211--90547314	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
90553212--90553380	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
90561218--90561400	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
90566145--90566321	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
90570001--90570164	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
90570001--90570198	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
90574015--90574113	29	3.5	28	83	5	119	28	26	16	29	1.97
90575495--90575551	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
90575483--90575553	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
90575488--90575542	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
90575590--90575637	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
90576877--90577215	27	12.6	27	85	3	407	39	8	23	28	1.84
90576878--90577215	81	4.2	81	86	4	459	39	8	23	28	1.84
90581087--90581137	25	2.0	25	100	0	102	15	11	3	68	1.34
90582663--90582714	24	2.2	24	96	0	95	36	7	23	32	1.83
90583947--90584001	17	3.2	17	100	0	110	21	27	25	25	2.00
90589319--90589401	38	2.2	38	86	0	112	38	28	18	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90594426--90594479	28	1.9	28	88	0	81	11	25	38	24	1.88
90595058--90595112	18	3.0	19	81	5	60	36	18	5	40	1.74
90610353--90610462	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
90614929--90615079	77	1.9	79	90	2	243	24	21	31	22	1.99
90614929--90615079	39	3.9	39	92	2	241	24	21	31	22	1.99
90614929--90615109	39	4.6	39	87	2	220	24	22	30	22	1.99
90617649--90617723	39	1.9	39	100	0	150	20	22	28	29	1.98
90621055--90621143	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
90621055--90621134	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
90621066--90621143	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
90624090--90624261	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90624082--90624257	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
90626755--90626814	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
90626857--90626908	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90634154--90634213	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
90634175--90634236	33	1.9	32	83	3	79	35	20	22	20	1.96
90634254--90634304	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
90634937--90635002	27	2.5	26	78	7	60	25	25	19	28	1.99
90634954--90635008	27	2.0	27	89	0	83	21	21	20	36	1.95
90640722--90640793	36	2.0	36	100	0	144	38	16	13	30	1.88
90652637--90652674	14	2.8	14	84	4	51	47	28	5	18	1.70
90655481--90655518	20	1.9	20	88	0	58	10	28	21	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90660049--90660080	16	2.0	16	93	0	55	46	12	9	31	1.73
90660681--90660831	75	2.0	75	100	0	302	32	15	13	38	1.87
90665098--90665214	55	2.1	55	83	12	143	28	29	27	14	1.95
90671246--90671293	24	2.0	24	100	0	96	25	0	25	50	1.50
90673811--90673869	31	1.9	31	83	13	77	45	1	18	33	1.60
90677331--90677360	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
90683963--90684002	6	6.5	6	91	2	62	15	2	0	82	0.77
90686488--90686525	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
90687405--90687435	8	3.9	8	95	0	53	48	0	12	38	1.42
90687844--90687930	40	2.2	40	85	4	113	21	16	28	33	1.95
90687979--90688040	28	2.2	28	80	5	72	40	8	20	30	1.82
90692608--90692815	50	4.2	50	88	4	296	26	11	20	41	1.86
90706617--90706720	29	3.6	28	84	5	136	27	25	16	29	1.97
90714384--90714423	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
90723527--90723782	40	6.5	40	85	3	297	24	28	23	23	2.00
90725731--90725766	10	3.7	10	96	3	65	55	0	0	44	0.99
90729841--90729916	37	2.1	37	82	9	93	53	2	10	32	1.49
90732189--90732213	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90733987--90734049	32	2.0	32	100	0	126	15	31	3	49	1.61
90737288--90737433	40	3.6	40	83	2	177	22	20	28	28	1.99
90743083--90743151	35	2.0	35	83	11	88	37	1	4	56	1.28
90748231--90748268	18	2.2	17	95	4	67	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90748411--90748457	23	2.0	23	84	15	62	48	6	0	44	1.28
90753647--90753788	50	2.9	50	85	2	180	25	20	24	29	1.99
90756416--90756674	95	2.7	94	84	7	305	27	19	29	23	1.98
90756416--90756724	47	6.6	48	74	10	216	26	19	29	23	1.98
90759941--90760084	50	2.9	50	91	0	225	25	20	25	27	1.99
90762276--90762418	40	3.6	40	91	1	207	25	27	24	22	2.00
90766082--90766156	22	3.4	22	83	3	96	21	25	20	33	1.97
90768064--90768263	71	2.8	70	79	6	224	29	18	22	30	1.97
90784230--90784299	35	2.0	35	100	0	140	28	37	5	28	1.80
90793443--90793597	39	4.0	39	87	0	202	40	25	21	12	1.89
90794785--90794809	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
90798009--90798220	40	5.4	40	80	7	229	24	22	27	25	2.00
90798009--90798220	80	2.7	78	84	5	257	24	22	27	25	2.00
90807577--90807792	40	5.6	40	80	8	232	24	22	27	25	2.00
90815677--90815895	40	5.6	40	81	6	243	24	22	26	25	2.00
90815677--90815895	80	2.8	79	84	6	275	24	22	26	25	2.00
90818590--90818762	46	3.7	46	73	15	167	31	27	19	21	1.97
90822073--90822163	37	2.4	37	94	1	155	25	31	19	23	1.98
90822203--90822450	48	5.2	48	93	0	424	31	27	6	35	1.83
90822442--90822679	49	4.9	49	97	1	444	30	28	8	32	1.87
90826194--90826310	58	2.0	58	98	0	225	29	21	20	28	1.98
90828592--90828649	28	2.1	28	96	0	107	34	8	24	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90831640--90831678	16	2.5	15	84	8	51	43	0	0	56	0.99
90837960--90837991	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
90837960--90837990	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
90843001--90843044	21	2.1	21	91	0	70	50	6	18	25	1.71
90845789--90845858	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
90847522--90847592	33	2.2	33	84	5	90	43	8	8	39	1.65
90847543--90847608	31	2.1	31	83	13	82	45	13	7	33	1.72
90847587--90847648	31	2.1	30	81	6	72	50	12	4	32	1.62
90851934--90851972	20	2.1	18	85	9	51	38	2	15	43	1.60
90861103--90861132	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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