genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  250  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71352273--71352511	55	4.5	52	76	9	166	35	17	23	23	1.95
71352592--71352636	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
71352714--71352744	16	1.9	16	93	0	53	41	3	22	32	1.70
71355387--71355522	23	5.8	23	76	9	123	25	24	19	31	1.98
71355387--71355542	46	3.3	46	80	12	174	26	25	19	28	1.99
71360490--71360576	43	2.0	43	97	0	165	37	5	11	44	1.64
71360751--71360794	22	2.0	22	82	8	54	47	2	0	50	1.13
71360761--71360804	22	2.0	22	90	0	70	43	2	2	52	1.26
71366411--71366455	23	2.0	23	81	0	54	51	15	2	31	1.56
71369348--71369412	28	2.3	28	89	0	103	32	27	7	32	1.85
71369518--71369607	27	3.2	27	82	7	110	17	24	25	32	1.97
71369518--71369607	28	3.2	28	83	10	114	17	24	25	32	1.97
71369518--71369632	55	2.1	56	80	11	130	17	24	23	34	1.96
71370061--71370101	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
71376786--71376819	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
71377938--71377985	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71378022--71378064	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
71378029--71378072	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
71378118--71378212	23	4.0	24	86	12	133	29	21	22	27	1.99
71378405--71378468	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
71379662--71379735	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71379719--71379794	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71386480--71386553	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71386537--71386612	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
71393669--71393702	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
71394802--71394849	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71394886--71394928	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
71394893--71394936	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
71394982--71395099	23	5.0	24	85	9	145	28	20	22	28	1.98
71395292--71395355	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71397375--71397419	23	2.0	23	81	0	54	51	15	2	31	1.56
71411143--71411348	40	5.2	40	81	5	204	26	22	25	25	2.00
71419173--71419365	40	4.8	40	84	0	224	27	23	24	24	2.00
71420749--71420979	24	9.6	24	95	0	381	35	25	18	21	1.96
71421430--71421459	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71424110--71424140	11	2.9	11	95	4	55	29	19	16	35	1.93
71426043--71426108	31	2.1	31	86	5	89	16	21	18	43	1.87
71437296--71437371	39	1.9	39	97	0	143	34	35	2	27	1.71
71445775--71446088	157	2.0	157	98	0	601	28	26	27	17	1.98
71451937--71452243	39	7.9	38	84	4	319	30	26	20	22	1.98
71451948--71452243	78	3.8	78	87	2	398	29	26	20	22	1.99
71451948--71452216	117	2.3	117	84	4	362	30	27	21	21	1.98
71457801--71458089	39	7.4	39	90	1	391	30	28	19	21	1.98
71462625--71462766	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71462664--71462792	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
71469569--71469669	28	3.5	28	85	6	105	29	14	26	28	1.95
71477505--71477605	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71482042--71482222	40	4.6	40	84	2	222	26	24	22	26	2.00
71489238--71489417	40	4.6	40	89	3	267	25	26	23	25	2.00
71489238--71489417	79	2.3	80	89	3	267	25	26	23	25	2.00
71491930--71491999	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
71491901--71492011	27	4.0	28	80	10	102	29	13	23	33	1.93
71499846--71499915	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
71499817--71499927	27	4.0	28	80	10	102	29	13	23	33	1.93
71510583--71510628	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
71511463--71511504	21	2.0	21	85	0	57	52	4	0	42	1.22
71520539--71520593	27	2.0	27	100	0	110	18	29	18	34	1.94
71522030--71522312	49	5.7	49	83	7	322	31	25	17	25	1.97
71522054--71522128	25	3.0	25	63	18	66	33	24	14	28	1.94
71522032--71522316	101	2.9	97	83	6	351	30	25	17	25	1.97
71527940--71528083	39	3.7	39	88	0	216	27	19	29	23	1.98
71527941--71528123	78	2.3	79	87	1	251	25	21	28	24	1.99
71532745--71532930	50	3.7	49	83	7	205	31	25	16	26	1.96
71532748--71532930	101	1.8	101	89	2	287	31	25	16	26	1.96
71535760--71535794	17	2.1	17	94	0	61	40	14	17	28	1.88
71539760--71539932	46	3.7	46	74	13	183	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71539757--71539927	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
71547335--71547507	47	3.7	47	80	13	189	21	21	28	28	1.99
71547335--71547504	92	1.8	93	93	1	297	21	21	28	28	1.99
71547734--71547771	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
71550543--71550612	26	2.7	26	90	0	104	38	15	21	24	1.92
71560005--71560087	27	3.1	27	84	5	114	19	22	20	37	1.94
71566016--71566157	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
71566054--71566183	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
71572198--71572261	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
71572468--71572596	24	5.4	24	95	2	215	27	21	21	29	1.99
71572468--71572596	47	2.7	48	92	3	215	27	21	21	29	1.99
71572653--71572705	9	5.4	9	75	16	52	37	20	9	32	1.85
71572645--71572711	20	3.3	20	89	0	107	34	20	11	32	1.90
71572748--71572795	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71580311--71580373	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
71580580--71580708	24	5.4	24	93	2	206	27	21	20	29	1.98
71580580--71580708	47	2.7	48	91	3	206	27	21	20	29	1.98
71580757--71580823	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
71580757--71580812	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
71580859--71580906	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71583928--71583998	36	2.0	36	85	0	97	43	14	18	23	1.86
71585151--71585213	31	2.0	31	96	0	117	46	14	19	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71594163--71594341	40	4.5	40	90	3	283	27	27	22	22	1.99
71594163--71594337	79	2.2	80	89	4	275	27	28	21	22	1.99
71596536--71596627	27	3.4	27	87	0	139	29	15	19	35	1.92
71596534--71596667	54	2.5	54	83	0	151	29	17	17	34	1.94
71601644--71601821	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
71603903--71603994	27	3.4	27	72	10	80	28	11	20	39	1.88
71605251--71605277	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
71610670--71610957	40	7.2	40	89	1	391	27	28	21	23	1.99
71621475--71621513	19	2.0	20	85	14	55	30	25	5	38	1.78
71622524--71622577	25	2.2	25	93	0	90	42	22	9	25	1.83
71624555--71624582	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
71624831--71624916	25	3.4	25	87	3	111	30	19	22	27	1.98
71624964--71625010	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
71632636--71632663	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
71632650--71632713	31	2.1	31	87	0	92	25	21	14	39	1.91
71632922--71633004	25	3.4	25	85	5	107	32	21	18	27	1.96
71633077--71633123	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
71637014--71637053	18	2.2	18	95	0	71	20	22	37	20	1.94
71639744--71639849	34	3.0	33	72	12	77	25	27	19	27	1.99
71646311--71646482	47	3.7	48	78	10	176	28	16	29	25	1.97
71646311--71646482	94	1.8	94	85	0	245	28	16	29	25	1.97
71651624--71651742	6	19.3	6	67	17	57	50	12	16	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71651647--71651714	25	2.7	25	88	0	109	47	13	20	19	1.82
71651669--71651742	31	2.4	31	81	0	85	48	12	17	21	1.79
71651887--71652028	67	2.1	67	82	5	167	33	21	26	19	1.97
71652244--71652598	27	13.2	27	87	1	453	40	7	22	29	1.82
71652244--71652643	54	7.4	54	83	3	340	38	8	22	31	1.83
71654762--71654871	31	3.4	31	77	14	121	50	11	17	20	1.77
71654741--71654871	12	10.7	12	68	15	54	50	12	16	20	1.77
71654750--71654871	37	3.5	37	74	13	121	50	11	17	20	1.76
71655276--71655630	27	13.2	27	82	2	374	41	7	21	29	1.80
71655608--71655669	27	2.3	27	82	0	79	29	6	22	41	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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