genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  128  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34174077--34174321	85	2.9	84	88	4	341	24	17	25	32	1.97
34177072--34177153	38	2.2	37	84	6	110	23	25	20	30	1.99
34177088--34177164	38	2.0	38	97	0	145	20	24	22	32	1.98
34177308--34177398	46	2.0	46	84	4	121	26	31	6	35	1.82
34177415--34177490	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
34177412--34177625	47	4.6	47	93	0	347	26	28	11	32	1.92
34177378--34177625	94	2.6	94	88	1	354	26	30	11	32	1.91
34177535--34177608	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
34177412--34177656	47	5.2	47	90	2	330	27	29	10	32	1.90
34186475--34186544	27	2.6	27	83	0	95	44	24	7	24	1.78
34187048--34187120	32	2.3	32	82	0	83	28	19	20	31	1.97
34188198--34188255	27	2.1	27	96	0	107	31	13	18	36	1.90
34188198--34188268	27	2.6	27	85	12	85	30	11	19	38	1.87
34194804--34194960	43	3.7	43	72	13	135	24	14	28	33	1.94
34202036--34202257	40	5.6	40	93	1	367	23	23	25	27	2.00
34202484--34202527	22	2.0	21	83	16	54	34	18	11	36	1.86
34205502--34205711	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
34213640--34213849	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
34216213--34216361	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
34216254--34216361	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
34224264--34224412	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
34224305--34224412	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34226557--34226671	27	4.3	26	86	5	149	36	22	21	19	1.95
34226537--34226671	54	2.5	54	81	10	161	35	21	22	20	1.96
34229770--34229941	93	1.8	93	96	0	317	27	30	20	20	1.98
34229762--34229937	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
34232286--34232354	15	4.7	15	83	1	77	56	17	17	8	1.65
34235280--34235451	93	1.8	93	93	2	301	27	29	20	22	1.99
34235272--34235447	46	3.8	46	78	11	207	28	28	20	22	1.98
34237837--34237923	28	3.1	28	86	1	111	25	31	13	29	1.94
34238137--34238179	16	2.7	16	81	0	50	4	18	20	55	1.60
34239397--34239428	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
34247186--34247233	22	2.2	22	85	3	62	54	8	16	20	1.68
34248069--34248195	6	20.7	6	73	19	102	48	16	16	18	1.82
34248069--34248195	19	6.9	18	74	19	102	48	16	16	18	1.82
34248078--34248251	31	5.5	31	90	2	258	50	15	16	18	1.79
34248151--34248206	19	3.3	19	65	31	54	48	16	16	19	1.82
34248588--34248652	22	3.0	22	77	8	78	33	23	23	20	1.97
34249077--34249513	27	16.3	27	85	2	567	23	20	20	35	1.96
34249495--34249865	27	13.7	27	80	3	298	31	8	20	39	1.83
34249605--34249865	27	9.7	27	86	0	333	32	7	19	40	1.79
34249605--34249865	54	4.8	54	88	0	369	32	7	19	40	1.79
34257240--34257278	19	2.1	19	95	0	69	28	20	25	25	1.99
34265795--34265888	24	3.9	23	77	14	84	30	18	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34265820--34265888	24	2.9	23	81	10	86	31	17	24	26	1.97
34272539--34272685	43	3.4	43	72	10	111	34	21	15	28	1.94
34272750--34272780	14	2.2	14	94	0	53	29	22	0	48	1.51
34280169--34280204	6	5.7	6	87	12	54	13	19	0	66	1.24
34280117--34280261	63	2.3	65	83	4	170	25	16	6	51	1.67
34283934--34283992	26	2.3	26	84	0	73	54	5	5	35	1.45
34284387--34284435	21	2.4	21	82	3	55	65	0	4	30	1.11
34288509--34288587	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
34294728--34294806	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
34297171--34297553	50	7.6	50	77	4	358	27	17	24	30	1.97
34297171--34297561	101	3.9	101	74	9	314	27	17	24	30	1.97
34297171--34297561	151	2.6	151	91	0	622	27	17	24	30	1.97
34299737--34299849	56	2.0	56	98	0	217	38	20	15	25	1.92
34302021--34302102	29	2.9	28	77	8	87	62	0	4	32	1.17
34304762--34304832	23	3.1	23	97	0	133	43	2	12	40	1.57
34307563--34307669	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
34310639--34310820	40	4.6	40	89	2	269	26	27	21	24	1.99
34317294--34317363	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
34317294--34317375	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
34325989--34326159	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
34325984--34326156	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
34326578--34326637	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34333518--34333692	45	3.8	49	77	15	174	29	28	21	21	1.99
34333523--34333692	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.98
34334111--34334170	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34335675--34335722	20	2.2	22	85	10	64	41	0	4	54	1.20
34335697--34335726	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
34335916--34335960	20	2.2	20	88	0	63	68	2	0	28	1.01
34337970--34338046	10	7.8	10	72	10	61	38	6	0	54	1.26
34338309--34338381	20	3.7	19	78	8	74	28	2	2	65	1.20
34338328--34338396	30	2.3	30	85	7	86	27	5	1	65	1.24
34338309--34338410	10	10.8	9	69	15	55	29	4	1	63	1.26
34338440--34338565	10	13.3	10	67	19	58	41	3	1	53	1.26
34338499--34338565	27	2.3	29	80	16	70	41	4	1	52	1.31
34338440--34338552	47	2.4	46	80	11	124	40	3	0	54	1.23
34338565--34338635	33	2.2	33	84	5	90	47	15	4	32	1.65
34338572--34338645	33	2.4	30	80	13	78	51	13	5	29	1.63
34339028--34339110	21	4.1	20	72	7	60	31	2	1	65	1.13
34339662--34339753	46	2.0	46	91	0	148	45	9	11	32	1.74
34339830--34339861	14	2.1	16	88	11	50	65	3	0	31	1.08
34342965--34343020	29	1.9	29	85	0	76	32	1	30	35	1.68
34345475--34345606	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
34345475--34345606	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
34356339--34356441	42	2.4	44	82	9	133	32	22	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34358955--34359001	17	2.6	18	80	13	51	6	19	6	68	1.34
34359082--34359137	19	3.2	18	76	18	57	51	7	0	41	1.29
34361475--34361694	79	2.8	79	84	4	266	25	24	26	24	2.00
34361475--34361694	40	5.6	40	82	4	259	25	24	26	24	2.00
34369561--34369781	40	5.6	40	83	2	250	25	23	26	24	2.00
34374743--34374895	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
34378466--34378512	14	3.4	14	96	0	85	34	6	8	51	1.58
34378453--34378515	28	2.2	29	76	21	71	31	4	7	55	1.50
34381434--34381537	6	17.3	6	73	13	63	73	1	4	20	1.12
34381428--34381537	19	6.3	16	72	16	62	72	1	4	20	1.11
34387646--34387706	31	2.0	31	93	0	104	32	19	31	16	1.94
34389841--34390005	43	3.9	42	78	9	172	31	25	17	25	1.97
34389841--34390005	86	1.9	85	84	8	219	31	25	17	25	1.97
34397087--34397188	28	3.5	29	80	6	109	28	27	15	28	1.96
34397167--34397303	42	3.5	42	71	22	154	24	32	13	29	1.94
34397145--34397305	72	2.2	72	98	0	313	24	31	14	29	1.95
34402728--34402817	43	2.1	43	82	10	105	35	22	14	27	1.93
34406651--34406801	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
34406687--34406817	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
34414720--34414870	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
34414756--34414886	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
34422716--34422866	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34422752--34422882	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
34431700--34431729	13	2.3	13	94	0	51	50	26	10	13	1.73
34441504--34441616	27	4.1	27	80	12	99	18	23	22	35	1.96
34441504--34441591	25	3.2	27	82	11	108	19	23	23	32	1.97
34441514--34441618	53	2.0	51	81	10	122	20	24	20	35	1.96
34442670--34442703	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
34447164--34447225	31	2.0	31	100	0	124	19	22	16	41	1.89
34449341--34449428	25	3.2	28	78	14	103	20	23	22	32	1.98
34449341--34449443	53	1.9	53	84	7	138	20	24	20	34	1.96
34456264--34456324	30	2.0	30	87	6	88	36	8	26	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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