Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  10  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1951641--1951842
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2
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1.63
1951641--1951876
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3.5
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60
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0
0
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2.1
18
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13
10
48
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2010230--2010275
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16
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12
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6
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21
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0
0
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2015727--2015757
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0
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1.14
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3.0
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38
2
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1.13
2016420--2016478
5
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1.70
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0
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0
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38
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1.85
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4.2
18
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22
64
31
13
12
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3.1
16
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15
50
31
13
15
39
1.87
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21
3.2
21
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6
77
38
17
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40
1.69
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109
1.8
108
87
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281
41
14
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15
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0
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2.7
22
84
7
77
54
11
5
28
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.51
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141
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11
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11
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29
1.54
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23
2.0
23
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22
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1.49
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60
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1.40
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22
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0
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26
26
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3
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20
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20
77
13
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7
21
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2091498--2091633
40
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15
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4
8
20
1.35
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10
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9
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5
21
1.22
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51
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0
5
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2
17.5
2
93
0
61
48
0
0
51
1.00
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9
3.3
9
90
0
51
76
0
0
23
0.78
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44
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44
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157
22
19
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20
2.0
20
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2096022--2096096
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0
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0
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0
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379
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2
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0
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0
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1.20
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0
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38
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0
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0
0
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21
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1.23
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20
5.2
20
78
14
101
20
6
3
68
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2201524--2201680
39
4.0
39
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119
22
7
4
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1.37
2201552--2201622
10
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10
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126
2.0
126
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1
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0
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31
0
0
68
0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402